Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), as doenças virais continuam a surgir e representam uma séria ameaça à saúde global. Epidemias virais, como Zika, Dengue, Chicungunha, H1N1, e, as atuais, síndrome respiratória aguda grave (SARS) e síndrome respiratória do Oriente Médio (MERS) ilustram claramente o grave perigo representado por estes patógenos. O surgimento de um novo coronavírus até então desconhecido (SARS-CoV-2), confirmado pela primeira vez na cidade de Wuhan, na China, em dezembro de 2019, vem causando sérios problemas de saúde pública e econômicos devido à sua rápida disseminação em todo o mundo. Embora a comunidade científica tenha se dedicado a compreender sobre o comportamento e atuação desse vírus, muitas perguntas ainda precisam ser respondidas. Principalmente no Brasil em que o vírus se mantém em altas taxas de infecção, não sem que houvesse diminuição real da taxa de contaminados pelo Covid-19.Para tanto, estudaremos a partir da filogenia e filogeografia as amostras doadas da Maré da Marinha provenientes de amostras de vigilância com associação ao aplicativo Dados do Bem. Para compreender o comportamento do novo coronavírus na região metropolitana do Rio de Janeiro. Serão usados o genoma viral completo de 197 pacientes comprovadamente infectados, a fim de catalogar a diversidade genética do Sars-CoV-2 no Rio de Janeiro prospectivamente buscando associações com a patogênese do novo vírus. Totalizando 197 amostras, 97 da maré e 100 da marinha.