PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=385-4L-O47)

Interfaces in PDB 1n56 crystal.
Space symmetry group: P 21 21 21. Resolution: 2.40 Å

Y-FAMILY DNA POLYMERASE DPO4 IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING ABASIC LESION

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		F	`105`	`11`	`4010`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`116`	`38`	`17813`	`946.5`	`-15.2`	`0.428`	`18`	`0`	`0`	`0.251`
2	`2`		D	`100`	`10`	`4010`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`100`	`35`	`17918`	`930.0`	`-12.5`	`0.452`	`16`	`0`	`0`	`0.442`
3	`3`		F	`80`	`13`	`4010`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`62`	`14`	`3307`	`660.2`	`-5.3`	`0.711`	`41`	`0`	`0`	`1.000`
4	`4`		E	`78`	`10`	`3307`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`82`	`33`	`17813`	`657.5`	`-12.6`	`0.205`	`14`	`0`	`0`	`0.203`
5	`5`		D	`68`	`13`	`4010`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`57`	`14`	`3271`	`585.2`	`-8.0`	`0.604`	`40`	`0`	`0`	`1.000`
6	`6`		C	`67`	`10`	`3271`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`71`	`26`	`17918`	`556.8`	`-13.3`	`0.217`	`14`	`0`	`0`	`0.455`
7	`7`		[ATP]A:1803	`28`	`1`	`575`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`47`	`21`	`17918`	`302.5`	`0.3`	`0.491`	`10`	`0`	`0`	`0.097`
	`8`		[ATP]B:1804	`26`	`1`	`574`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`45`	`20`	`17813`	`283.9`	`0.3`	`0.506`	`10`	`0`	`0`	`0.097`
	*Average:*													`293.2`	`0.3`	`0.498`	`10`	`0`	`0`	`0.097`
8	`9`		A	`27`	`9`	`17918`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z+3/2	`3_646`	`27`	`9`	`17813`	`289.0`	`-4.1`	`0.146`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`10`		A	`28`	`10`	`17918`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z+1/2	`3_645`	`33`	`9`	`17813`	`282.0`	`-4.3`	`0.154`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
10	`11`		B	`32`	`9`	`17813`	`x`	B	x-1/2,-y+3/2,-z+1	`4_466`	`29`	`8`	`17813`	`251.9`	`-0.3`	`0.540`	`4`	`5`	`0`	`0.000`
	`12`		A	`25`	`8`	`17918`	`x`	A	x-1/2,-y+1/2,-z+1	`4_456`	`28`	`10`	`17918`	`228.7`	`2.2`	`0.758`	`7`	`5`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`240.3`	`1.0`	`0.649`	`6`	`5`	`0`	`0.000`
11	`13`		A	`30`	`9`	`17918`	`◊`	F	x,y-1,z	`1_545`	`29`	`3`	`4010`	`248.1`	`0.7`	`0.710`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
12	`14`		D	`25`	`4`	`4010`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`30`	`9`	`17813`	`233.5`	`1.3`	`0.730`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		A	`21`	`7`	`17918`	`◊`	E	x,y-1,z	`1_545`	`20`	`2`	`3307`	`198.2`	`0.4`	`0.591`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		C	`19`	`2`	`3271`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`22`	`7`	`17813`	`196.7`	`0.7`	`0.631`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
15	`17`		A	`22`	`5`	`17918`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z+1/2	`3_645`	`26`	`10`	`17918`	`187.3`	`-0.4`	`0.493`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
16	`18`		B	`17`	`5`	`17813`	`x`	B	-x+1,y-1/2,-z+3/2	`3_646`	`24`	`10`	`17813`	`164.4`	`-0.4`	`0.477`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`19`		[3DR]F:1906	`11`	`1`	`313`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`27`	`9`	`17813`	`154.7`	`-0.9`	`0.455`	`4`	`0`	`0`	`0.029`
18	`20`		[3DR]D:1906	`11`	`1`	`314`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`21`	`9`	`17918`	`149.0`	`-1.1`	`0.442`	`3`	`0`	`0`	`0.054`
19	`21`		D	`19`	`3`	`4010`	`◊`	B	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`15`	`4`	`17813`	`148.9`	`1.5`	`0.789`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
20	`22`		[3DR]D:1906	`11`	`1`	`314`	`cf`	D	x,y,z	`1_555`	`14`	`2`	`4010`	`136.3`	`1.6`	`0.669`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`23`		[3DR]F:1906	`10`	`1`	`313`	`cf`	F	x,y,z	`1_555`	`14`	`2`	`4010`	`129.4`	`1.4`	`0.676`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`24`		B	`14`	`5`	`17813`	`◊`	A	x-1/2,-y+1/2,-z+1	`4_456`	`17`	`6`	`17918`	`125.6`	`4.4`	`0.911`	`0`	`6`	`0`	`0.000`
23	`25`		[ATP]B:1804	`18`	`1`	`574`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`17`	`1`	`3307`	`113.3`	`3.0`	`0.695`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`26`		[ATP]A:1803	`16`	`1`	`575`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`17`	`1`	`3271`	`95.3`	`1.3`	`0.612`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`27`		A	`9`	`5`	`17918`	`◊`	F	-x+3/2,-y+1,z-1/2	`2_664`	`12`	`2`	`4010`	`64.9`	`1.3`	`0.779`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`28`		D	`9`	`2`	`4010`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z+3/2	`3_646`	`5`	`2`	`17813`	`58.0`	`-1.2`	`0.535`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`29`		[ATP]A:1803	`4`	`1`	`575`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`4010`	`48.0`	`-0.6`	`0.411`	`1`	`0`	`0`	`0.024`
28	`30`		[ATP]B:1804	`3`	`1`	`574`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`4010`	`46.9`	`-0.8`	`0.414`	`1`	`0`	`0`	`0.013`
29	`31`		[MG]A:401	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`5`	`17918`	`36.7`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
30	`32`		A	`3`	`2`	`17918`	`◊`	F	-x+1,y-1/2,-z+1/2	`3_645`	`6`	`1`	`4010`	`33.4`	`-1.4`	`0.468`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`33`		[MG]B:404	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`7`	`17813`	`31.5`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
	`34`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`7`	`17918`	`31.3`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
	*Average:*													`31.4`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
32	`35`		[ATP]A:1803	`7`	`1`	`575`	`f`	[MG]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`31.3`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.097`
	`36`		[ATP]B:1804	`6`	`1`	`574`	`f`	[MG]B:404	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.6`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.097`
	*Average:*													`31.0`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.097`
33	`37`		B	`3`	`1`	`17813`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`17918`	`30.1`	`0.8`	`0.706`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`38`		A	`1`	`1`	`17918`	`◊`	B	x,y-1,z	`1_545`	`1`	`1`	`17813`	`14.0`	`0.7`	`0.894`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`22.1`	`0.7`	`0.800`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`39`		[ATP]A:1803	`6`	`1`	`575`	`f`	[MG]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`26.5`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.081`
35	`40`		D	`3`	`1`	`4010`	`◊`	A	x-1/2,-y+1/2,-z+1	`4_456`	`2`	`1`	`17918`	`26.3`	`-0.8`	`0.499`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
36	`41`		[CA]B:403	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`17813`	`24.4`	`-5.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.059`
37	`42`		[CA]B:403	`1`	`1`	`85`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`3307`	`21.7`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.043`
38	`43`		[CA]B:403	`1`	`1`	`85`	`f`	[ATP]B:1804	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`574`	`20.4`	`-3.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.040`
39	`44`		[3DR]D:1906	`2`	`1`	`314`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`3271`	`19.6`	`1.1`	`0.656`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`45`		[3DR]F:1906	`1`	`1`	`313`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3307`	`14.6`	`1.0`	`0.742`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`46`		A	`3`	`1`	`17918`	`◊`	C	x-1/2,-y+1/2,-z+1	`4_456`	`1`	`1`	`3271`	`14.4`	`-0.6`	`0.334`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`47`		[3DR]D:1906	`1`	`1`	`314`	`◊`	[ATP]A:1803	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`575`	`11.6`	`0.8`	`0.618`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`48`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`11.4`	`-2.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.053`
44	`49`		[CA]B:403	`1`	`1`	`85`	`f`	[MG]B:404	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`9.9`	`-2.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.027`
45	`50`		[MG]A:401	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`3271`	`9.9`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.027`
46	`51`		[3DR]F:1906	`2`	`1`	`313`	`◊`	[ATP]B:1804	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`574`	`9.3`	`0.6`	`0.561`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`52`		B	`1`	`1`	`17813`	`◊`	F	x-1/2,-y+3/2,-z+1	`4_466`	`1`	`1`	`4010`	`8.0`	`-0.3`	`0.391`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`53`		A	`2`	`1`	`17918`	`◊`	B	-x+3/2,-y+1,z-1/2	`2_664`	`2`	`1`	`17813`	`6.6`	`0.2`	`0.708`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`54`		A	`1`	`1`	`17918`	`◊`	B	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`1`	`1`	`17813`	`4.9`	`0.2`	`0.816`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`55`		E	`1`	`1`	`3307`	`◊`	B	x-1/2,-y+3/2,-z+1	`4_466`	`1`	`1`	`17813`	`2.3`	`0.1`	`0.424`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`56`		[MG]B:404	`1`	`1`	`98`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3307`	`1.6`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.003`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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