PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=783-DE-KDH)

Interfaces in PDB 1s0v crystal.
Space symmetry group: P 1. Resolution: 3.20 Å

STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE SELECTION BY T7 RNA POLYMERASE

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		H	`118`	`14`	`4103`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`122`	`42`	`41385`	`1059.8`	`-10.7`	`0.629`	`16`	`0`	`0`	`0.528`
	`2`		N	`125`	`14`	`4088`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`120`	`41`	`41636`	`1009.9`	`-10.2`	`0.579`	`14`	`0`	`0`	`0.528`
	`3`		E	`123`	`13`	`4124`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`124`	`42`	`41471`	`987.1`	`-8.3`	`0.574`	`10`	`0`	`0`	`0.528`
	`4`		K	`123`	`13`	`4046`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`118`	`43`	`41356`	`967.3`	`-9.0`	`0.461`	`8`	`0`	`0`	`0.528`
	*Average:*													`1006.0`	`-9.6`	`0.561`	`12`	`0`	`0`	`0.528`
2	`5`		B	`96`	`23`	`41385`	`◊`	A	x,y-1,z	`1_545`	`100`	`27`	`41471`	`886.1`	`-9.7`	`0.185`	`6`	`2`	`0`	`0.000`
	`6`		D	`86`	`24`	`41636`	`◊`	C	x,y,z-1	`1_554`	`94`	`24`	`41356`	`860.0`	`-11.1`	`0.120`	`6`	`1`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`873.1`	`-10.4`	`0.152`	`6`	`2`	`0`	`0.000`
3	`7`		F	`75`	`8`	`1963`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`71`	`24`	`41471`	`649.2`	`-9.2`	`0.748`	`8`	`0`	`0`	`0.356`
	`8`		L	`72`	`8`	`1953`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`72`	`24`	`41356`	`639.9`	`-5.9`	`0.838`	`8`	`0`	`0`	`0.356`
	`9`		O	`71`	`8`	`1937`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`81`	`25`	`41636`	`638.3`	`-7.7`	`0.760`	`7`	`0`	`0`	`0.356`
	`10`		I	`69`	`8`	`1915`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`79`	`28`	`41385`	`624.7`	`-7.7`	`0.738`	`7`	`0`	`0`	`0.356`
	*Average:*													`638.0`	`-7.6`	`0.771`	`8`	`0`	`0`	`0.356`
4	`11`		F	`44`	`8`	`1963`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`45`	`8`	`4124`	`397.3`	`-4.5`	`0.730`	`20`	`0`	`0`	`1.000`
	`12`		I	`44`	`8`	`1915`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`46`	`8`	`4103`	`386.0`	`-4.8`	`0.717`	`21`	`0`	`0`	`1.000`
	`13`		L	`42`	`8`	`1953`	`◊`	K	x,y,z	`1_555`	`47`	`8`	`4046`	`384.7`	`-4.1`	`0.748`	`22`	`0`	`0`	`1.000`
	`14`		O	`44`	`8`	`1937`	`◊`	N	x,y,z	`1_555`	`46`	`8`	`4088`	`382.0`	`-4.3`	`0.742`	`21`	`0`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`387.5`	`-4.4`	`0.734`	`21`	`0`	`0`	`1.000`
5	`15`		B	`43`	`17`	`41385`	`x`	B	x-1,y,z	`1_455`	`49`	`17`	`41385`	`384.2`	`-2.1`	`0.527`	`4`	`2`	`0`	`0.000`
6	`16`		G	`37`	`9`	`2160`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`41`	`8`	`4124`	`381.4`	`-6.9`	`0.486`	`17`	`0`	`0`	`1.000`
	`17`		P	`40`	`9`	`2149`	`◊`	N	x,y,z	`1_555`	`40`	`8`	`4088`	`380.8`	`-5.9`	`0.536`	`17`	`0`	`0`	`1.000`
	`18`		M	`37`	`9`	`2146`	`◊`	K	x,y,z	`1_555`	`41`	`8`	`4046`	`370.9`	`-6.1`	`0.533`	`18`	`0`	`0`	`1.000`
	`19`		J	`37`	`9`	`2148`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`39`	`8`	`4103`	`367.7`	`-6.3`	`0.535`	`19`	`0`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`375.2`	`-6.3`	`0.522`	`18`	`0`	`0`	`1.000`
7	`20`		C	`41`	`11`	`41356`	`x`	C	x-1,y-1,z	`1_445`	`44`	`14`	`41356`	`338.5`	`-0.9`	`0.617`	`1`	`3`	`0`	`0.000`
8	`21`		D	`46`	`18`	`41636`	`x`	D	x-1,y,z	`1_455`	`35`	`10`	`41636`	`325.4`	`0.9`	`0.761`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`22`		D	`39`	`15`	`41636`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`41`	`16`	`41471`	`295.0`	`-0.9`	`0.582`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
10	`23`		C	`34`	`11`	`41356`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`34`	`13`	`41385`	`278.9`	`-2.4`	`0.340`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
11	`24`		[APC]B:2001	`27`	`1`	`641`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`29`	`10`	`41385`	`276.4`	`1.7`	`0.743`	`3`	`0`	`0`	`0.012`
	`25`		[APC]C:2002	`23`	`1`	`637`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`28`	`11`	`41356`	`268.1`	`2.3`	`0.805`	`6`	`0`	`0`	`0.012`
	*Average:*													`272.3`	`2.0`	`0.774`	`5`	`0`	`0`	`0.012`
12	`26`		C	`40`	`13`	`41356`	`x`	C	x-1,y,z	`1_455`	`27`	`7`	`41356`	`275.2`	`0.1`	`0.560`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`27`		P	`35`	`8`	`2149`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`28`	`12`	`41636`	`256.5`	`1.9`	`0.846`	`3`	`0`	`0`	`0.033`
	`28`		G	`36`	`8`	`2160`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`25`	`12`	`41471`	`218.4`	`0.9`	`0.819`	`3`	`0`	`0`	`0.033`
	`29`		J	`25`	`6`	`2148`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`22`	`9`	`41385`	`194.3`	`-1.2`	`0.631`	`1`	`0`	`0`	`0.033`
	`30`		M	`27`	`5`	`2146`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`21`	`9`	`41356`	`183.5`	`0.9`	`0.808`	`1`	`0`	`0`	`0.033`
	*Average:*													`213.2`	`0.6`	`0.776`	`2`	`0`	`0`	`0.033`
14	`31`		[APC]D:2003	`24`	`1`	`620`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`26`	`11`	`41636`	`255.6`	`2.9`	`0.832`	`10`	`0`	`0`	`0.047`
15	`32`		[APC]A:2000	`25`	`1`	`627`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`26`	`12`	`41471`	`253.9`	`1.3`	`0.756`	`6`	`0`	`0`	`0.043`
16	`33`		B	`22`	`9`	`41385`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`22`	`9`	`41471`	`195.0`	`-0.5`	`0.578`	`0`	`1`	`0`	`0.000`
17	`34`		B	`18`	`5`	`41385`	`x`	B	x,y-1,z	`1_545`	`25`	`10`	`41385`	`182.3`	`-3.2`	`0.163`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
18	`35`		[APC]C:2002	`9`	`1`	`637`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`13`	`2`	`1953`	`91.2`	`-3.1`	`0.461`	`1`	`0`	`0`	`0.109`
	`36`		[APC]B:2001	`6`	`1`	`641`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`12`	`1`	`1915`	`61.8`	`-2.0`	`0.427`	`0`	`0`	`0`	`0.109`
	*Average:*													`76.5`	`-2.5`	`0.444`	`1`	`0`	`0`	`0.109`
19	`37`		[APC]B:2001	`6`	`1`	`641`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`9`	`2`	`4103`	`81.2`	`0.7`	`0.640`	`1`	`0`	`0`	`0.006`
	`38`		[APC]D:2003	`5`	`1`	`620`	`◊`	N	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4088`	`67.5`	`0.7`	`0.602`	`2`	`0`	`0`	`0.006`
	`39`		[APC]A:2000	`6`	`1`	`627`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`4124`	`67.4`	`0.8`	`0.651`	`2`	`0`	`0`	`0.006`
	`40`		[APC]C:2002	`5`	`1`	`637`	`◊`	K	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4046`	`61.8`	`1.3`	`0.688`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
	*Average:*													`69.5`	`0.9`	`0.645`	`1`	`0`	`0`	`0.006`
20	`41`		C	`8`	`4`	`41356`	`x`	C	x,y-1,z	`1_545`	`10`	`4`	`41356`	`79.2`	`1.0`	`0.759`	`0`	`1`	`0`	`0.000`
21	`42`		[APC]A:2000	`8`	`1`	`627`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`13`	`2`	`1963`	`72.5`	`-3.0`	`0.445`	`1`	`0`	`0`	`0.094`
22	`43`		D	`8`	`4`	`41636`	`◊`	A	x-1,y-1,z	`1_445`	`11`	`3`	`41471`	`66.1`	`-0.9`	`0.384`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`44`		[APC]D:2003	`8`	`1`	`620`	`◊`	O	x,y,z	`1_555`	`11`	`1`	`1937`	`59.6`	`-2.0`	`0.488`	`1`	`0`	`0`	`0.074`
24	`45`		A	`4`	`2`	`41471`	`◊`	E	x-1,y,z	`1_455`	`9`	`3`	`4124`	`54.9`	`0.2`	`0.655`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
25	`46`		A	`12`	`5`	`41471`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`6`	`3`	`41385`	`52.7`	`0.2`	`0.625`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`47`		[APC]C:2002	`5`	`1`	`637`	`f`	[MG]C:3003	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`44.7`	`-6.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.243`
	`48`		[APC]A:2000	`4`	`1`	`627`	`f`	[MG]A:3001	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`43.8`	`-6.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.243`
	`49`		[APC]D:2003	`4`	`1`	`620`	`f`	[MG]D:3004	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`42.4`	`-6.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.243`
	`50`		[APC]B:2001	`5`	`1`	`641`	`f`	[MG]B:3002	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`40.6`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.243`
	*Average:*													`42.9`	`-6.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.243`
27	`51`		A	`9`	`3`	`41471`	`◊`	G	x-1,y,z	`1_455`	`3`	`1`	`2160`	`43.6`	`-0.7`	`0.440`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`52`		C	`5`	`2`	`41356`	`◊`	J	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`1`	`2148`	`41.8`	`-0.1`	`0.605`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
29	`53`		[MG]C:3007	`1`	`1`	`98`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`41356`	`35.5`	`-3.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.135`
	`54`		[MG]F:3005	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`41471`	`33.1`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.135`
	`55`		[MG]B:3006	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`41385`	`30.3`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.135`
	`56`		[MG]D:3008	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`41636`	`29.0`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.135`
	*Average:*													`32.0`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.135`
30	`57`		[MG]B:3002	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`41385`	`35.1`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
	`58`		[MG]D:3004	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`41636`	`28.4`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
	`59`		[MG]C:3003	`1`	`1`	`98`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`41356`	`27.3`	`-2.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
	`60`		[MG]A:3001	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`41471`	`26.1`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
	*Average:*													`29.2`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
31	`61`		K	`6`	`2`	`4046`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`1`	`41385`	`34.1`	`-0.2`	`0.505`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`62`		B	`5`	`3`	`41385`	`◊`	C	x,y-1,z	`1_545`	`5`	`3`	`41356`	`34.0`	`0.2`	`0.671`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`63`		[APC]C:2002	`5`	`1`	`637`	`f`	[MG]C:3007	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.3`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.125`
	`64`		[APC]B:2001	`5`	`1`	`641`	`f`	[MG]B:3006	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.3`	`-3.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.125`
	`65`		[APC]D:2003	`4`	`1`	`620`	`f`	[MG]D:3008	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`28.7`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.125`
	`66`		[APC]A:2000	`4`	`1`	`627`	`f`	[MG]F:3005	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`27.2`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.125`
	*Average:*													`29.1`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.125`
34	`67`		C	`5`	`2`	`41356`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`2`	`41385`	`29.4`	`0.3`	`0.732`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`68`		[MG]F:3005	`1`	`1`	`98`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`1963`	`28.4`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
	`69`		[MG]D:3008	`1`	`1`	`98`	`◊`	O	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`1937`	`27.4`	`-2.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
	`70`		[MG]B:3006	`1`	`1`	`98`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`1915`	`26.6`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
	`71`		[MG]C:3007	`1`	`1`	`98`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`1953`	`23.2`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
	*Average:*													`26.4`	`-2.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
36	`72`		[MG]F:3005	`1`	`1`	`98`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`4124`	`12.7`	`-0.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
	`73`		[MG]D:3008	`1`	`1`	`98`	`◊`	N	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4088`	`12.3`	`-1.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
	`74`		[MG]B:3006	`1`	`1`	`98`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4103`	`9.6`	`-0.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
	`75`		[MG]C:3007	`1`	`1`	`98`	`◊`	K	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4046`	`4.1`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
	*Average:*													`9.7`	`-0.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
37	`76`		N	`1`	`1`	`4088`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`2`	`1`	`41636`	`7.2`	`-0.5`	`0.262`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`77`		B	`2`	`2`	`41385`	`◊`	A	x-1,y-1,z	`1_445`	`2`	`2`	`41471`	`6.8`	`-0.0`	`0.606`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`78`		D	`1`	`1`	`41636`	`x`	D	x,y-1,z	`1_545`	`2`	`1`	`41636`	`3.5`	`-0.1`	`0.452`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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