PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=143-EB-J74)

Interfaces in PDB 3dp8 crystal.
Space symmetry group: P 62. Resolution: 2.50 Å

STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF A PUTATIVE ENDOGENOUS METAL CHELATOR IN THE PERIPLASMIC NICKEL TRANSPORTER NIKA (NICKEL BUTANE-1,2,4- TRICARBOXYLATE FORM)

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		C	`151`	`45`	`20264`	`◊`	C	-x+1,-y,z	`4_655`	`152`	`45`	`20264`	`1297.8`	`-1.8`	`0.648`	`12`	`2`	`0`	`0.000`
	`2`		B	`145`	`41`	`20473`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`143`	`41`	`21259`	`1255.3`	`-4.0`	`0.517`	`12`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`1276.6`	`-2.9`	`0.582`	`12`	`1`	`0`	`0.000`
2	`3`		A	`95`	`25`	`21259`	`◊`	A	-x,-y,z	`4_555`	`94`	`25`	`21259`	`876.4`	`-2.1`	`0.570`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
3	`4`		C	`73`	`24`	`20264`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`70`	`23`	`20473`	`688.3`	`-3.0`	`0.438`	`8`	`0`	`0`	`0.000`
4	`5`		B	`49`	`15`	`20473`	`◊`	A	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`44`	`18`	`21259`	`395.0`	`-0.0`	`0.635`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
5	`6`		A	`31`	`12`	`21259`	`◊`	B	x-y,x,z+1/3	`6_555`	`38`	`12`	`20473`	`335.6`	`-1.0`	`0.405`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
6	`7`		A	`33`	`13`	`21259`	`x`	A	x-y,x,z+1/3	`6_555`	`41`	`12`	`21259`	`304.0`	`-2.6`	`0.332`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
7	`8`		C	`30`	`11`	`20264`	`◊`	B	x-y,x,z+1/3	`6_555`	`26`	`10`	`20473`	`231.1`	`-1.0`	`0.475`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
8	`9`		[HCT]B:511	`13`	`1`	`335`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`45`	`12`	`20473`	`230.4`	`1.2`	`0.385`	`5`	`0`	`0`	`0.005`
	`10`		[HCT]C:509	`13`	`1`	`337`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`48`	`14`	`20264`	`221.0`	`1.1`	`0.364`	`6`	`0`	`0`	`0.005`
	`11`		[HCT]A:511	`13`	`1`	`338`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`40`	`9`	`21259`	`212.8`	`0.7`	`0.390`	`4`	`0`	`0`	`0.005`
	*Average:*													`221.4`	`1.0`	`0.380`	`5`	`0`	`0`	`0.005`
9	`12`		B	`25`	`7`	`20473`	`◊`	A	-x,-y,z	`4_555`	`24`	`8`	`21259`	`173.5`	`0.4`	`0.666`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
10	`13`		C	`18`	`8`	`20264`	`◊`	A	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`18`	`8`	`21259`	`123.8`	`-0.1`	`0.611`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
11	`14`		[ACT]B:506	`4`	`1`	`184`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`24`	`7`	`20473`	`120.9`	`-1.3`	`0.483`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
12	`15`		[ACT]A:504	`4`	`1`	`182`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`23`	`7`	`21259`	`117.6`	`-1.3`	`0.523`	`1`	`0`	`0`	`0.004`
13	`16`		[ACT]C:504	`4`	`1`	`184`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`23`	`9`	`20264`	`116.6`	`-0.5`	`0.635`	`1`	`0`	`0`	`0.003`
14	`17`		[GOL]B:513	`6`	`1`	`221`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`16`	`7`	`20473`	`115.8`	`0.2`	`0.566`	`2`	`0`	`0`	`0.002`
15	`18`		[ACT]B:504	`4`	`1`	`184`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`21`	`10`	`20473`	`111.6`	`-1.2`	`0.500`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
16	`19`		[ACT]B:507	`4`	`1`	`181`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`10`	`20473`	`102.8`	`-0.7`	`0.586`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
17	`20`		[GOL]A:513	`6`	`1`	`218`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`7`	`21259`	`102.0`	`-0.5`	`0.515`	`3`	`0`	`0`	`0.004`
18	`21`		[GOL]A:512	`6`	`1`	`221`	`◊`	A	-x,-y,z	`4_555`	`16`	`5`	`21259`	`96.1`	`0.9`	`0.608`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
19	`22`		[GOL]A:514	`6`	`1`	`221`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`20473`	`95.2`	`-0.4`	`0.472`	`2`	`0`	`0`	`0.003`
20	`23`		A	`12`	`4`	`21259`	`◊`	C	x-y-1,x-1,z+1/3	`6_445`	`14`	`6`	`20264`	`94.3`	`-1.2`	`0.367`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`24`		B	`10`	`3`	`20473`	`x`	B	x-y,x,z+1/3	`6_555`	`14`	`5`	`20473`	`92.9`	`1.5`	`0.808`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
22	`25`		[ACT]C:505	`4`	`1`	`182`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`14`	`5`	`20264`	`90.3`	`-0.7`	`0.562`	`3`	`0`	`0`	`0.006`
23	`26`		[GOL]B:512	`6`	`1`	`218`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`4`	`20473`	`90.1`	`-0.5`	`0.475`	`3`	`0`	`0`	`0.004`
24	`27`		B	`15`	`6`	`20473`	`f`	[GOL]A:515	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`5`	`1`	`220`	`89.3`	`0.2`	`0.588`	`3`	`0`	`0`	`0.003`
25	`28`		[ACT]C:506	`4`	`1`	`184`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`20264`	`88.4`	`-0.9`	`0.508`	`3`	`0`	`0`	`0.006`
26	`29`		[GOL]A:512	`6`	`1`	`221`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`21259`	`88.3`	`-0.1`	`0.542`	`2`	`0`	`0`	`0.002`
27	`30`		[ACT]A:507	`4`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`21259`	`87.0`	`-0.3`	`0.644`	`1`	`0`	`0`	`0.002`
28	`31`		[GOL]B:515	`6`	`1`	`222`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`20473`	`86.6`	`-0.1`	`0.549`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
29	`32`		[ACT]A:506	`4`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`21259`	`81.0`	`0.3`	`0.704`	`2`	`0`	`0`	`0.001`
30	`33`		[CL]B:509	`1`	`1`	`125`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`18`	`8`	`20473`	`80.9`	`-12.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.027`
31	`34`		[SO4]A:508	`4`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`21259`	`71.3`	`-10.1`	`0.765`	`2`	`0`	`0`	`0.026`
32	`35`		[GOL]B:514	`6`	`1`	`220`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`20473`	`70.6`	`-0.5`	`0.387`	`2`	`0`	`0`	`0.003`
33	`36`		[GOL]A:514	`6`	`1`	`221`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`21259`	`66.4`	`-0.7`	`0.393`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
34	`37`		[CL]A:510	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`6`	`21259`	`66.0`	`-8.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.020`
35	`38`		[GOL]B:515	`6`	`1`	`222`	`f`	A	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`10`	`4`	`21259`	`63.8`	`0.1`	`0.593`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
36	`39`		C	`10`	`4`	`20264`	`◊`	A	x-y,x,z-2/3	`6_554`	`10`	`5`	`21259`	`59.2`	`1.0`	`0.781`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`40`		[ACT]A:505	`4`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`21259`	`56.3`	`-0.5`	`0.519`	`1`	`0`	`0`	`0.002`
38	`41`		[GOL]B:513	`6`	`1`	`221`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`20264`	`52.7`	`0.5`	`0.609`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`42`		[NI]C:503	`1`	`1`	`115`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`16`	`7`	`20264`	`52.3`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
	`43`		[NI]B:503	`1`	`1`	`115`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`20473`	`51.9`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
	`44`		[NI]A:503	`1`	`1`	`115`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`21259`	`42.2`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
	*Average:*													`48.8`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
40	`45`		[CL]B:510	`1`	`1`	`125`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`20473`	`51.6`	`-5.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
41	`46`		C	`7`	`2`	`20264`	`◊`	[ACT]A:507	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`4`	`1`	`184`	`51.2`	`-0.6`	`0.647`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`47`		[GOL]B:515	`5`	`1`	`222`	`◊`	[GOL]A:515	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`5`	`1`	`220`	`49.4`	`0.2`	`0.559`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`48`		[CL]C:507	`1`	`1`	`125`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`20264`	`47.6`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.017`
44	`49`		C	`10`	`4`	`20264`	`f`	[CL]A:509	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`1`	`1`	`125`	`46.7`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.017`
	`50`		[CL]B:508	`1`	`1`	`125`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`20473`	`46.0`	`-6.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.017`
	*Average:*													`46.3`	`-6.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.017`
45	`51`		[HCT]A:511	`7`	`1`	`338`	`f`	[NI]A:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`42.9`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	`52`		[HCT]B:511	`7`	`1`	`335`	`f`	[NI]B:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`41.5`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	`53`		[HCT]C:509	`7`	`1`	`337`	`f`	[NI]C:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`39.2`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	*Average:*													`41.2`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
46	`54`		[CL]C:508	`1`	`1`	`125`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`8`	`2`	`20264`	`41.0`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
47	`55`		[ACT]B:505	`3`	`1`	`183`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`20473`	`38.1`	`-0.1`	`0.666`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`56`		[ACT]A:506	`3`	`1`	`183`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`20473`	`34.6`	`-0.4`	`0.644`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`57`		[CL]A:509	`1`	`1`	`125`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`21259`	`34.5`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`58`		[GOL]A:515	`3`	`1`	`220`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`21259`	`33.9`	`0.0`	`0.568`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`59`		[ACT]B:505	`3`	`1`	`183`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`20264`	`31.5`	`0.8`	`0.888`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
52	`60`		[CL]C:508	`1`	`1`	`125`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`20473`	`29.7`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`61`		[HCT]A:511	`5`	`1`	`338`	`f`	[CL]A:510	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`125`	`21.4`	`-1.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.004`
54	`62`		[HCT]C:509	`3`	`1`	`337`	`f`	[ACT]C:506	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`184`	`20.8`	`0.1`	`0.452`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`63`		[CL]A:510	`1`	`1`	`125`	`f`	[NI]A:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`14.3`	`-2.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.007`
56	`64`		B	`1`	`1`	`20473`	`◊`	[GOL]A:513	-y,x-y,z-1/3	`2_554`	`2`	`1`	`218`	`8.2`	`0.1`	`0.713`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`65`		B	`1`	`1`	`20473`	`◊`	B	-x,-y-1,z	`4_545`	`1`	`1`	`20473`	`5.8`	`0.4`	`0.885`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`66`		[ACT]C:506	`3`	`1`	`184`	`f`	[NI]C:503	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`4.9`	`-0.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.002`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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Bringing Structure to Biology

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