PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=695-9B-4B1)

Interfaces in PDB 3qsi crystal.
Space symmetry group: C 1 2 1. Resolution: 3.08 Å

NICKEL BINDING DOMAIN OF NIKR FROM HELICOBACTER PYLORI DISCLOSING PARTIAL METAL OCCUPANCY

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		D	`87`	`21`	`4751`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`80`	`23`	`5010`	`782.0`	`-2.6`	`0.578`	`15`	`8`	`0`	`0.497`
	`2`		J	`83`	`21`	`4699`	`◊`	I	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`80`	`22`	`4949`	`773.1`	`-3.2`	`0.646`	`16`	`8`	`0`	`0.497`
	`3`		B	`84`	`21`	`5052`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`77`	`23`	`4813`	`760.7`	`-3.1`	`0.667`	`12`	`4`	`0`	`0.497`
	`4`		F	`82`	`19`	`4790`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`78`	`23`	`4923`	`754.0`	`-2.7`	`0.605`	`13`	`9`	`0`	`0.497`
	`5`		H	`79`	`19`	`4869`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`79`	`24`	`4826`	`750.6`	`-3.6`	`0.681`	`12`	`4`	`0`	`0.497`
	*Average:*													`764.1`	`-3.0`	`0.635`	`14`	`7`	`0`	`0.497`
2	`6`		H	`66`	`24`	`4869`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`71`	`23`	`4923`	`761.3`	`-18.3`	`0.008`	`1`	`0`	`0`	`0.720`
	`7`		C	`56`	`20`	`5010`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`54`	`23`	`5052`	`675.6`	`-18.8`	`0.000`	`2`	`0`	`0`	`0.720`
	`8`		G	`55`	`19`	`4826`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`54`	`22`	`4790`	`674.5`	`-18.2`	`0.002`	`1`	`0`	`0`	`0.720`
	`9`		D	`53`	`21`	`4751`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`57`	`18`	`4813`	`670.1`	`-18.6`	`0.001`	`1`	`0`	`0`	`0.720`
	`10`		J	`51`	`22`	`4699`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`54`	`19`	`4949`	`662.4`	`-18.1`	`0.002`	`2`	`0`	`0`	`0.720`
	*Average:*													`688.8`	`-18.4`	`0.003`	`1`	`0`	`0`	`0.720`
3	`11`		E	`71`	`18`	`4923`	`◊`	C	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`79`	`20`	`5010`	`687.7`	`0.3`	`0.795`	`17`	`10`	`0`	`0.000`
	`12`		A	`65`	`17`	`4813`	`◊`	I	x-1/2,y-1/2,z	`3_445`	`70`	`16`	`4949`	`640.8`	`-0.9`	`0.778`	`12`	`4`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`664.3`	`-0.3`	`0.786`	`15`	`7`	`0`	`0.000`
4	`13`		H	`37`	`12`	`4869`	`◊`	I	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`32`	`10`	`4949`	`316.3`	`0.7`	`0.777`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	`14`		E	`32`	`9`	`4923`	`◊`	J	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`31`	`11`	`4699`	`306.3`	`-1.1`	`0.673`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`311.3`	`-0.2`	`0.725`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
5	`15`		F	`29`	`6`	`4790`	`◊`	G	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`34`	`11`	`4826`	`274.8`	`1.8`	`0.829`	`6`	`5`	`0`	`0.000`
6	`16`		H	`39`	`12`	`4869`	`◊`	B	-x,y,-z	`2_555`	`28`	`7`	`5052`	`266.8`	`1.8`	`0.895`	`5`	`3`	`0`	`0.000`
	`17`		J	`29`	`11`	`4699`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`23`	`6`	`4751`	`218.6`	`1.1`	`0.857`	`6`	`3`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`242.7`	`1.5`	`0.876`	`6`	`3`	`0`	`0.000`
7	`18`		E	`26`	`5`	`4923`	`◊`	G	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`18`	`5`	`4826`	`187.1`	`-1.9`	`0.450`	`1`	`2`	`0`	`0.000`
8	`19`		G	`15`	`7`	`4826`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`20`	`8`	`5010`	`184.4`	`-0.3`	`0.654`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
9	`20`		J	`17`	`5`	`4699`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`21`	`4`	`5010`	`158.0`	`-0.5`	`0.638`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
	`21`		H	`14`	`4`	`4869`	`◊`	A	-x,y,-z	`2_555`	`20`	`5`	`4813`	`148.1`	`-1.4`	`0.500`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`153.0`	`-1.0`	`0.569`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
10	`22`		G	`16`	`5`	`4826`	`◊`	B	-x,y,-z	`2_555`	`18`	`7`	`5052`	`122.2`	`0.4`	`0.777`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
11	`23`		I	`13`	`5`	`4949`	`◊`	D	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`16`	`6`	`4751`	`120.6`	`1.2`	`0.812`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
12	`24`		F	`13`	`4`	`4790`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`5052`	`97.9`	`0.5`	`0.744`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
13	`25`		[SO4]G:1	`5`	`1`	`186`	`f`	G	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`4826`	`83.0`	`-11.4`	`0.801`	`1`	`0`	`0`	`0.235`
14	`26`		[SO4]C:5	`5`	`1`	`185`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`5010`	`82.1`	`-10.6`	`0.894`	`3`	`0`	`0`	`0.260`
15	`27`		D	`8`	`4`	`4751`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`5052`	`60.1`	`-1.9`	`0.115`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
	`28`		J	`7`	`4`	`4699`	`◊`	J	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`7`	`4`	`4699`	`59.2`	`-2.2`	`0.082`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
	`29`		H	`7`	`3`	`4869`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`4790`	`57.0`	`-1.9`	`0.089`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
	*Average:*													`58.8`	`-2.0`	`0.096`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
16	`30`		[NI]F:6	`1`	`1`	`115`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4790`	`50.0`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.216`
	`31`		[NI]B:5	`1`	`1`	`115`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`5052`	`49.9`	`-7.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.216`
	`32`		[NI]D:7	`1`	`1`	`115`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4751`	`49.6`	`-7.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.216`
	`33`		[NI]H:9	`1`	`1`	`115`	`f`	H	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`4869`	`40.6`	`-6.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.216`
	*Average:*													`47.5`	`-7.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.216`
17	`34`		[NI]I:1	`1`	`1`	`115`	`f`	I	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`4949`	`42.9`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.318`
	`35`		[NI]A:3	`1`	`1`	`115`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`4813`	`42.4`	`-7.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.318`
	`36`		[NI]G:2	`1`	`1`	`115`	`f`	G	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`4826`	`41.7`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.318`
	`37`		[NI]C:4	`1`	`1`	`115`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`5010`	`41.3`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.318`
	`38`		[NI]E:8	`1`	`1`	`115`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`4923`	`41.1`	`-7.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.318`
	*Average:*													`41.9`	`-7.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.318`
18	`39`		[NI]D:7	`1`	`1`	`115`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`5010`	`41.5`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`40`		[NI]B:5	`1`	`1`	`115`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`4813`	`40.9`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`41`		[NI]F:6	`1`	`1`	`115`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4923`	`40.5`	`-4.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`42`		[NI]A:3	`1`	`1`	`115`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`5052`	`38.5`	`-4.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`43`		[NI]C:4	`1`	`1`	`115`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4751`	`38.0`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`44`		[NI]I:1	`1`	`1`	`115`	`◊`	J	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`5`	`2`	`4699`	`37.9`	`-4.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`45`		[NI]E:8	`1`	`1`	`115`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4790`	`36.9`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`46`		[NI]G:2	`1`	`1`	`115`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`4869`	`36.3`	`-4.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	`47`		[NI]H:9	`1`	`1`	`115`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`4826`	`31.6`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
	*Average:*													`38.0`	`-4.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.256`
19	`48`		[SO4]F:2	`5`	`1`	`185`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4790`	`41.2`	`-3.8`	`0.965`	`3`	`0`	`0`	`0.126`
20	`49`		H	`2`	`1`	`4869`	`◊`	J	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`8`	`5`	`4699`	`41.0`	`-0.0`	`0.704`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`50`		[SO4]G:1	`4`	`1`	`186`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`4869`	`37.1`	`-4.8`	`0.538`	`0`	`0`	`0`	`0.091`
22	`51`		G	`4`	`2`	`4826`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4923`	`35.5`	`-1.5`	`0.071`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	`52`		C	`4`	`2`	`5010`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4813`	`31.4`	`-1.4`	`0.101`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	`53`		I	`5`	`3`	`4949`	`◊`	I	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`5`	`3`	`4949`	`22.3`	`-1.0`	`0.272`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	*Average:*													`29.7`	`-1.3`	`0.148`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
23	`54`		F	`3`	`1`	`4790`	`◊`	[SO4]G:1	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`4`	`1`	`186`	`32.8`	`-2.5`	`0.953`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`55`		[SO4]C:5	`3`	`1`	`185`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`3`	`5052`	`30.7`	`-4.0`	`0.592`	`0`	`0`	`0`	`0.075`
25	`56`		[SO4]G:1	`4`	`1`	`186`	`◊`	[NI]H:9	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`24.7`	`-5.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.099`
26	`57`		[SO4]E:3	`1`	`1`	`185`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`4923`	`22.4`	`-2.0`	`0.871`	`1`	`0`	`0`	`0.071`
27	`58`		[SO4]B:4	`3`	`1`	`186`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`5052`	`22.3`	`-3.1`	`0.549`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
28	`59`		F	`1`	`1`	`4790`	`◊`	H	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`4`	`3`	`4869`	`7.6`	`-0.0`	`0.673`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`60`		F	`3`	`1`	`4790`	`◊`	[NI]H:9	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`1`	`1`	`115`	`7.3`	`-0.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`61`		[SO4]C:5	`1`	`1`	`185`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`4826`	`5.3`	`-0.5`	`0.812`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`62`		[SO4]B:4	`1`	`1`	`186`	`◊`	H	-x,y,-z	`2_555`	`1`	`1`	`4869`	`1.0`	`-0.1`	`0.742`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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in Europe

Bringing Structure to Biology

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