PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=245-91-6CL)

Interfaces in PDB 3rbe crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.80 Å

DPO4 EXTENSION TERNARY COMPLEX WITH 3'-TERMINAL PRIMER T BASE OPPOSITE THE 3-METHYLCYTOSINE (M3C) LESION

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		E	`103`	`11`	`4505`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`106`	`39`	`17892`	`974.4`	`-9.5`	`0.395`	`22`	`0`	`0`	`0.361`
2	`2`		A	`84`	`27`	`17892`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`92`	`29`	`19063`	`838.1`	`-2.0`	`0.463`	`5`	`1`	`0`	`0.000`
3	`3`		J	`63`	`7`	`2422`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`82`	`29`	`19063`	`685.1`	`-11.7`	`0.243`	`14`	`0`	`0`	`0.336`
4	`4`		E	`58`	`13`	`4505`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`52`	`12`	`2855`	`542.9`	`-6.8`	`0.539`	`34`	`0`	`0`	`1.000`
5	`5`		D	`58`	`8`	`2855`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`62`	`22`	`17892`	`532.4`	`-14.6`	`0.214`	`15`	`0`	`0`	`0.379`
6	`6`		H	`56`	`7`	`2281`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`54`	`21`	`19063`	`449.9`	`-8.1`	`0.389`	`10`	`0`	`0`	`0.264`
7	`7`		J	`38`	`8`	`2422`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`37`	`9`	`2281`	`379.6`	`-1.5`	`0.640`	`20`	`0`	`0`	`1.000`
8	`8`		A	`30`	`9`	`17892`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`33`	`9`	`17892`	`312.4`	`-6.2`	`0.063`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		B	`30`	`9`	`19063`	`x`	B	x-1,y,z	`1_455`	`32`	`11`	`19063`	`307.8`	`-4.9`	`0.128`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`310.1`	`-5.5`	`0.096`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
9	`10`		A	`37`	`13`	`17892`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`32`	`10`	`19063`	`311.3`	`-0.4`	`0.535`	`3`	`1`	`0`	`0.000`
10	`11`		[DGT]B:1414	`27`	`1`	`584`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`45`	`20`	`19063`	`292.4`	`0.1`	`0.522`	`5`	`0`	`0`	`0.057`
	`12`		[DGT]A:414	`29`	`1`	`584`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`45`	`19`	`17892`	`290.3`	`0.1`	`0.539`	`7`	`0`	`0`	`0.057`
	*Average:*													`291.3`	`0.1`	`0.531`	`6`	`0`	`0`	`0.057`
11	`13`		A	`31`	`10`	`17892`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`23`	`6`	`17892`	`236.0`	`1.5`	`0.664`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
12	`14`		[ME6]E:906	`20`	`1`	`465`	`cf`	E	x,y,z	`1_555`	`26`	`2`	`4505`	`208.9`	`4.4`	`0.752`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		[ME6]J:1906	`19`	`1`	`457`	`cf`	J	x,y,z	`1_555`	`24`	`2`	`2422`	`206.1`	`4.0`	`0.752`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		E	`20`	`3`	`4505`	`◊`	A	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`27`	`7`	`17892`	`180.2`	`-2.6`	`0.396`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
15	`17`		[ME6]J:1906	`14`	`1`	`457`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`27`	`9`	`19063`	`175.6`	`-0.8`	`0.438`	`6`	`0`	`0`	`0.064`
	`18`		[ME6]E:906	`13`	`1`	`465`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`25`	`10`	`17892`	`164.1`	`0.2`	`0.514`	`6`	`0`	`0`	`0.064`
	*Average:*													`169.9`	`-0.3`	`0.476`	`6`	`0`	`0`	`0.064`
16	`19`		E	`20`	`4`	`4505`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`22`	`6`	`19063`	`171.7`	`1.0`	`0.660`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
17	`20`		A	`18`	`6`	`17892`	`x`	A	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`14`	`3`	`17892`	`157.1`	`-0.4`	`0.371`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
18	`21`		D	`17`	`2`	`2855`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`17`	`4`	`19063`	`124.8`	`3.4`	`0.870`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`22`		[2DT]H:1814	`16`	`1`	`429`	`cf`	H	x,y,z	`1_555`	`15`	`1`	`2281`	`113.4`	`2.4`	`0.618`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`23`		[2DT]D:814	`15`	`1`	`423`	`cf`	D	x,y,z	`1_555`	`15`	`1`	`2855`	`112.7`	`2.6`	`0.591`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`24`		[2DT]H:1814	`15`	`1`	`429`	`◊`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`18`	`1`	`584`	`108.7`	`2.1`	`0.530`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`25`		[2DT]D:814	`13`	`1`	`423`	`◊`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`13`	`1`	`584`	`86.5`	`1.9`	`0.492`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
23	`26`		[2DT]D:814	`6`	`1`	`423`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`16`	`8`	`17892`	`84.4`	`0.9`	`0.558`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`27`		[2DT]H:1814	`9`	`1`	`429`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`9`	`19063`	`80.2`	`-0.0`	`0.485`	`1`	`0`	`0`	`0.010`
25	`28`		[DGT]A:414	`5`	`1`	`584`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`4505`	`51.2`	`-0.3`	`0.439`	`3`	`0`	`0`	`0.030`
26	`29`		[DGT]B:1414	`4`	`1`	`584`	`◊`	J	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`2422`	`49.1`	`-0.0`	`0.485`	`3`	`0`	`0`	`0.025`
27	`30`		[ME6]E:906	`11`	`1`	`465`	`◊`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`584`	`47.1`	`0.9`	`0.556`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`31`		[CA]A:417	`1`	`1`	`85`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`17892`	`40.3`	`-8.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.158`
	`32`		[CA]B:1417	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`5`	`19063`	`36.8`	`-7.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.158`
	*Average:*													`38.5`	`-7.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.158`
29	`33`		[ME6]J:1906	`7`	`1`	`457`	`◊`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`584`	`36.1`	`0.7`	`0.555`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`34`		[2DT]H:1814	`6`	`1`	`429`	`◊`	J	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`2422`	`35.6`	`0.5`	`0.518`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`35`		[ME6]J:1906	`3`	`1`	`457`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`2281`	`32.9`	`-0.7`	`0.432`	`0`	`0`	`0`	`0.165`
32	`36`		[ME6]J:1906	`2`	`1`	`457`	`◊`	[2DT]H:1814	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`429`	`31.5`	`0.1`	`0.406`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`37`		[ME6]E:906	`3`	`1`	`465`	`◊`	[2DT]D:814	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`423`	`30.0`	`-0.1`	`0.392`	`0`	`0`	`0`	`0.007`
34	`38`		[CA]B:1415	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`19063`	`27.9`	`-6.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.133`
	`39`		[CA]A:415	`1`	`1`	`85`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`17892`	`25.4`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.133`
	*Average:*													`26.7`	`-6.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.133`
35	`40`		[CA]B:1416	`1`	`1`	`85`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`19063`	`27.8`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.123`
	`41`		[CA]A:416	`1`	`1`	`85`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`6`	`17892`	`27.4`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.123`
	*Average:*													`27.6`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.123`
36	`42`		[CA]B:1416	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`584`	`27.6`	`-6.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.129`
	`43`		[CA]A:416	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`584`	`26.3`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.129`
	*Average:*													`26.9`	`-6.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.129`
37	`44`		[ME6]E:906	`2`	`1`	`465`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`2855`	`22.5`	`-0.7`	`0.402`	`0`	`0`	`0`	`0.047`
38	`45`		[CA]B:1415	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]B:1414	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`584`	`21.1`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.084`
	`46`		[CA]A:415	`1`	`1`	`85`	`f`	[DGT]A:414	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`584`	`21.1`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.084`
	*Average:*													`21.1`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.084`
39	`47`		[2DT]D:814	`5`	`1`	`423`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`4505`	`20.2`	`0.3`	`0.469`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`48`		[2DT]D:814	`3`	`1`	`423`	`◊`	[CA]A:415	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`85`	`18.2`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.033`
41	`49`		[2DT]H:1814	`4`	`1`	`429`	`◊`	[CA]B:1415	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`85`	`14.2`	`-1.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.039`
42	`50`		[CA]A:417	`1`	`1`	`85`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`2855`	`11.0`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.039`
43	`51`		[CA]B:1417	`1`	`1`	`85`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`2281`	`10.9`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.046`
44	`52`		[CA]B:1416	`1`	`1`	`85`	`f`	[CA]B:1415	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`85`	`10.1`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.064`
45	`53`		[CA]A:416	`1`	`1`	`85`	`f`	[CA]A:415	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`85`	`9.0`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.050`
46	`54`		B	`2`	`2`	`19063`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`17892`	`8.0`	`0.3`	`0.729`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`55`		A	`4`	`2`	`17892`	`◊`	E	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`4505`	`3.4`	`-0.2`	`0.339`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`56`		H	`1`	`1`	`2281`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`1`	`1`	`19063`	`2.2`	`-0.1`	`0.414`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`57`		B	`1`	`1`	`19063`	`x`	B	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`1`	`1`	`19063`	`0.3`	`-0.0`	`0.653`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank
in Europe