PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=244-D9-75P)

Interfaces in PDB 3rji crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.30 Å

TERNARY COMPLEX OF DNA POLYMERASE BETA WITH A GAPPED DNA CONTAINING 8ODG AT TEMPLATE POSITION PAIRED WITH NON-HYDROLYZABLE DCTP ANALOG (DCMP(CF2)PP)

Interfaces

##		Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
`1`		T	`60`	`7`	`3722`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`62`	`23`	`17076`	`569.7`	`-1.9`	`0.659`	`13`	`0`	`0`	`0.113`
`2`		P	`45`	`10`	`2431`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`49`	`10`	`3722`	`461.5`	`-6.3`	`0.542`	`25`	`0`	`0`	`1.000`
`3`		D	`38`	`4`	`1368`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`46`	`17`	`17076`	`378.0`	`-7.3`	`0.433`	`11`	`0`	`0`	`0.160`
`4`		P	`34`	`4`	`2431`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`42`	`22`	`17076`	`347.6`	`-5.4`	`0.320`	`6`	`0`	`0`	`0.111`
`5`		[6CF]A:401	`28`	`1`	`538`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`46`	`18`	`17076`	`262.8`	`0.6`	`0.505`	`8`	`0`	`0`	`0.044`
`6`		A	`22`	`9`	`17076`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`28`	`9`	`17076`	`239.1`	`5.1`	`0.943`	`4`	`6`	`0`	`0.000`
`7`		A	`24`	`8`	`17076`	`x`	A	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`28`	`10`	`17076`	`233.2`	`-1.6`	`0.366`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`8`		D	`22`	`5`	`1368`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`24`	`5`	`3722`	`230.1`	`-3.3`	`0.572`	`16`	`0`	`0`	`1.000`
`9`		A	`30`	`7`	`17076`	`x`	A	x,y,z-1	`1_554`	`24`	`7`	`17076`	`229.7`	`2.4`	`0.788`	`6`	`1`	`0`	`0.000`
`10`		[8OG]T:6	`21`	`1`	`489`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`33`	`12`	`17076`	`217.8`	`-1.5`	`0.344`	`1`	`0`	`0`	`0.029`
`11`		A	`23`	`8`	`17076`	`◊`	P	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`22`	`2`	`2431`	`194.1`	`1.7`	`0.519`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
`12`		[8OG]T:6	`21`	`1`	`489`	`cf`	T	x,y,z	`1_555`	`20`	`2`	`3722`	`179.2`	`1.6`	`0.615`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`13`		A	`15`	`8`	`17076`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`17`	`2`	`3722`	`155.5`	`-0.3`	`0.525`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
`14`		A	`15`	`9`	`17076`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`18`	`7`	`17076`	`137.4`	`3.3`	`0.878`	`2`	`2`	`0`	`0.000`
`15`		D	`15`	`1`	`1368`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`13`	`3`	`17076`	`107.6`	`2.3`	`0.792`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`16`		[6CF]A:401	`15`	`1`	`538`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`16`	`1`	`2431`	`105.4`	`1.0`	`0.522`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`17`		A	`11`	`5`	`17076`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`9`	`2`	`17076`	`90.0`	`-0.7`	`0.411`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`18`		T	`16`	`2`	`3722`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`10`	`3`	`17076`	`85.0`	`-0.3`	`0.620`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`19`		A	`6`	`2`	`17076`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`8`	`2`	`3722`	`66.9`	`-2.1`	`0.210`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`20`		[CL]A:407	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`6`	`17076`	`65.1`	`-9.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.133`
`21`		[CL]A:406	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`17076`	`64.1`	`-9.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.146`
`22`		[NA]A:405	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`7`	`17076`	`57.4`	`-8.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.128`
`23`		[NA]A:404	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`7`	`17076`	`57.1`	`-8.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.129`
`24`		[8OG]T:6	`4`	`1`	`489`	`◊`	[6CF]A:401	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`538`	`49.4`	`0.8`	`0.523`	`3`	`0`	`0`	`0.007`
`25`		[8OG]T:6	`6`	`1`	`489`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`2431`	`40.7`	`1.4`	`0.649`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`26`		[NA]A:404	`1`	`1`	`125`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`2431`	`35.9`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.070`
`27`		[NA]A:405	`1`	`1`	`125`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`1368`	`35.3`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.066`
`28`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`17076`	`32.2`	`-4.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.061`
`29`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	[6CF]A:401	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`538`	`30.3`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.069`
`30`		[MG]A:403	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`17076`	`28.0`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.062`
`31`		[MG]A:403	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`2431`	`24.1`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.037`
`32`		D	`2`	`1`	`1368`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`1`	`1`	`3722`	`23.4`	`-0.3`	`0.334`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`33`		[MG]A:403	`1`	`1`	`98`	`f`	[6CF]A:401	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`538`	`23.4`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.045`
`34`		A	`4`	`3`	`17076`	`◊`	T	x-1,y,z	`1_455`	`2`	`1`	`3722`	`16.9`	`-0.9`	`0.389`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`35`		[CL]A:406	`1`	`1`	`125`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`1368`	`15.0`	`-1.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.025`
`36`		[6CF]A:401	`4`	`1`	`538`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`3722`	`11.3`	`-0.2`	`0.428`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
`37`		[MG]A:403	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`10.9`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.032`
`38`		[CL]A:406	`1`	`1`	`125`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3722`	`6.6`	`-0.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
`39`		[CL]A:407	`1`	`1`	`125`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3722`	`4.2`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
`40`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`2431`	`3.2`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
`41`		A	`1`	`1`	`17076`	`◊`	P	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`2431`	`2.6`	`-0.1`	`0.394`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`42`		A	`1`	`1`	`17076`	`x`	A	x-1,y,z-1	`1_454`	`1`	`1`	`17076`	`1.0`	`-0.0`	`0.506`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

Protein Data Bank
in Europe