PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=261-G3-4FL)

Interfaces in PDB 3skt crystal.
Space symmetry group: C 1 2 1. Resolution: 3.10 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF THE 2'- DEOXYGUANOSINE RIBOSWITCH BOUND TO 2'- DEOXYGUANOSINE, MANGANESE SOAK

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`49`	`6`	`10695`	`◊`	B	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`49`	`6`	`10695`	`396.2`	`-11.4`	`0.810`	`6`	`0`	`0`	`0.087`
2	`2`		A	`50`	`6`	`10711`	`◊`	A	-x,y,-z	`2_555`	`49`	`6`	`10711`	`375.2`	`-10.0`	`0.859`	`6`	`0`	`0`	`0.126`
3	`3`		B	`49`	`12`	`10695`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`47`	`10`	`10711`	`323.5`	`-8.5`	`0.795`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
4	`4`		[GNG]B:89	`19`	`1`	`411`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`49`	`13`	`10695`	`290.0`	`5.5`	`0.665`	`8`	`0`	`0`	`0.000`
	`5`		[GNG]A:89	`19`	`1`	`413`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`45`	`12`	`10711`	`287.8`	`5.4`	`0.693`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`288.9`	`5.5`	`0.679`	`7`	`0`	`0`	`0.000`
5	`6`		A	`36`	`9`	`10711`	`x`	A	x,y-1,z	`1_545`	`33`	`8`	`10711`	`253.3`	`-9.6`	`0.703`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`7`		B	`26`	`7`	`10695`	`x`	B	x,y-1,z	`1_545`	`31`	`9`	`10695`	`205.5`	`-6.6`	`0.702`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`229.4`	`-8.1`	`0.703`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
6	`8`		[GTP]B:23	`20`	`1`	`608`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`26`	`4`	`10695`	`161.6`	`-0.4`	`0.826`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
7	`9`		[CCC]B:88	`15`	`1`	`490`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`21`	`2`	`10695`	`140.8`	`2.4`	`0.732`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
8	`10`		[CCC]A:88	`14`	`1`	`479`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`22`	`2`	`10711`	`133.9`	`2.4`	`0.760`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`11`		[GTP]A:23	`15`	`1`	`609`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`20`	`3`	`10711`	`128.9`	`0.8`	`0.836`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
10	`12`		B	`20`	`6`	`10695`	`x`	B	-x+1/2,y-1/2,-z+1	`4_546`	`20`	`6`	`10695`	`105.2`	`-4.2`	`0.723`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`13`		[CCC]B:88	`11`	`1`	`490`	`◊`	[GTP]A:23	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`18`	`1`	`609`	`98.8`	`0.9`	`0.590`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
12	`14`		B	`11`	`4`	`10695`	`x`	B	x-1/2,y-1/2,z	`3_445`	`11`	`4`	`10695`	`95.1`	`-4.7`	`0.451`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		[GTP]B:23	`14`	`1`	`608`	`◊`	[GTP]A:23	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`14`	`1`	`609`	`90.9`	`3.1`	`0.855`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		[GTP]B:23	`15`	`1`	`608`	`◊`	[CCC]A:88	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`10`	`1`	`479`	`80.2`	`0.5`	`0.582`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
15	`17`		[MN]B:204	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`10695`	`78.0`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.072`
16	`18`		[CCC]B:88	`7`	`1`	`490`	`◊`	B	x-1/2,y-1/2,z	`3_445`	`13`	`3`	`10695`	`77.1`	`-2.1`	`0.465`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`19`		[MN]A:209	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`10711`	`74.1`	`-6.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.136`
	`20`		[MN]B:205	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`5`	`10695`	`59.0`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.136`
	*Average:*													`66.6`	`-6.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.136`
18	`21`		[MN]A:207	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`6`	`10711`	`67.1`	`-6.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.132`
19	`22`		[MN]A:201	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`16`	`4`	`10711`	`66.7`	`-4.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.087`
20	`23`		[MN]A:208	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`8`	`10711`	`64.7`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.111`
21	`24`		B	`7`	`2`	`10695`	`◊`	[GTP]A:23	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`7`	`1`	`609`	`61.1`	`-0.8`	`0.605`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`25`		[MN]B:206	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`10695`	`59.4`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.073`
23	`26`		[MN]B:203	`1`	`1`	`123`	`f`	[GTP]B:23	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`608`	`59.1`	`-5.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.065`
24	`27`		[MG]B:302	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`10695`	`57.5`	`-8.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.102`
25	`28`		[MN]A:210	`1`	`1`	`123`	`x`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`10711`	`57.2`	`-5.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.169`
26	`29`		[MG]B:307	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`7`	`10695`	`53.9`	`-8.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.110`
27	`30`		[MN]A:202	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`10711`	`52.0`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.080`
28	`31`		[MG]B:305	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`5`	`10695`	`51.3`	`-8.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.106`
29	`32`		[MG]B:309	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`10695`	`49.4`	`-7.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.098`
30	`33`		[CCC]B:88	`4`	`1`	`490`	`f`	[GTP]B:23	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`608`	`48.2`	`0.8`	`0.541`	`4`	`0`	`0`	`0.012`
31	`34`		[CCC]A:88	`4`	`1`	`479`	`f`	[GTP]A:23	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`609`	`45.8`	`0.7`	`0.543`	`4`	`0`	`0`	`0.021`
32	`35`		[MG]B:306	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`10695`	`42.4`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
33	`36`		[MN]A:210	`1`	`1`	`123`	`f`	[MN]A:210	-x,y,-z	`2_555`	`1`	`1`	`123`	`41.3`	`-4.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.100`
34	`37`		[MG]A:308	`1`	`1`	`98`	`f`	[GTP]A:23	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`609`	`39.0`	`-6.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.129`
35	`38`		[MG]A:303	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`10711`	`39.0`	`-5.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.113`
36	`39`		[MG]B:304	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`6`	`2`	`10711`	`36.7`	`-5.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`40`		[GTP]B:23	`5`	`1`	`608`	`◊`	A	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`4`	`1`	`10711`	`35.7`	`-2.2`	`0.337`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`41`		[MG]B:301	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`10695`	`30.2`	`-3.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.046`
39	`42`		[MG]B:304	`1`	`1`	`98`	`f`	[GTP]B:23	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`608`	`30.0`	`-4.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
40	`43`		[MN]A:208	`1`	`1`	`123`	`f`	[MN]A:201	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`29.0`	`-2.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.058`
41	`44`		[MG]A:308	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`10711`	`23.3`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.069`
42	`45`		A	`4`	`2`	`10711`	`x`	A	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`3`	`2`	`10711`	`22.6`	`-2.2`	`0.366`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`46`		[MG]B:309	`1`	`1`	`98`	`f`	[MN]B:205	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`21.2`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.040`
44	`47`		[MG]B:305	`1`	`1`	`98`	`f`	[MN]B:206	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`17.9`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.034`
45	`48`		[MG]A:303	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	-x,y,-z	`2_555`	`4`	`2`	`10711`	`15.9`	`-2.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.047`
46	`49`		[MG]B:304	`1`	`1`	`98`	`◊`	[CCC]A:88	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`1`	`1`	`479`	`8.0`	`-0.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`50`		[MG]B:304	`1`	`1`	`98`	`◊`	[GTP]A:23	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`1`	`1`	`609`	`5.0`	`-0.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`51`		A	`1`	`1`	`10711`	`x`	A	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`1`	`1`	`10711`	`3.3`	`-0.4`	`0.245`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`52`		[MN]B:203	`1`	`1`	`123`	`◊`	[CCC]A:88	x-1/2,y+1/2,z	`3_455`	`1`	`1`	`479`	`2.6`	`-0.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`53`		[MN]B:203	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`10695`	`2.5`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
51	`54`		[MG]B:304	`1`	`1`	`98`	`f`	[MN]B:203	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`2.1`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.004`
52	`55`		[MG]A:303	`1`	`1`	`98`	`x`	[MN]A:210	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`1.9`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.009`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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