PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=234-45-IF5)

Interfaces in PDB 4dj4 crystal.
Space symmetry group: H 3. Resolution: 2.35 Å

X-RAY STRUCTURE OF MUTANT N211D OF BIFUNCTIONAL NUCLEASE TBN1 FROM SOLANUM LYCOPERSICUM (TOMATO)

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`99`	`26`	`12032`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`87`	`20`	`12517`	`799.7`	`-5.1`	`0.363`	`11`	`8`	`0`	`0.049`
2	`2`		A	`53`	`12`	`12517`	`◊`	B	-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/3	`6_455`	`52`	`18`	`12032`	`413.7`	`-3.9`	`0.324`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
3	`3`		B	`32`	`9`	`12032`	`◊`	A	-y,x-y,z	`2_555`	`48`	`15`	`12517`	`370.0`	`1.7`	`0.657`	`7`	`8`	`0`	`0.000`
4	`4`		B	`35`	`12`	`12032`	`x`	B	-y,x-y+1,z	`2_565`	`30`	`11`	`12032`	`252.5`	`-1.5`	`0.492`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
5	`5`		A	`22`	`6`	`12517`	`◊`	B	x+2/3,y+1/3,z+1/3	`4_555`	`25`	`8`	`12032`	`211.1`	`2.0`	`0.755`	`4`	`11`	`0`	`0.000`
6	`6`		[NAG]A:501	`13`	`1`	`365`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`32`	`13`	`12517`	`206.8`	`4.2`	`0.384`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`7`		[NAG]B:501	`13`	`1`	`365`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`28`	`11`	`12032`	`201.7`	`3.9`	`0.364`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`204.3`	`4.1`	`0.374`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
7	`8`		A	`13`	`5`	`12517`	`x`	A	-y,x-y,z	`2_555`	`19`	`6`	`12517`	`154.3`	`0.2`	`0.633`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
8	`9`		[NAG]A:502	`11`	`1`	`363`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`21`	`5`	`12517`	`128.3`	`1.7`	`0.244`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`10`		[NAG]B:502	`11`	`1`	`363`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`18`	`4`	`12032`	`105.0`	`0.9`	`0.194`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`116.7`	`1.3`	`0.219`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
9	`11`		[NAG]B:511	`11`	`1`	`362`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`12032`	`106.7`	`2.9`	`0.313`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`12`		[NAG]A:511	`11`	`1`	`359`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`12517`	`106.2`	`2.8`	`0.307`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`106.5`	`2.8`	`0.310`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
10	`13`		[NAG]A:512	`7`	`1`	`365`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`12517`	`105.8`	`2.7`	`0.487`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`14`		[NAG]B:512	`6`	`1`	`364`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`12032`	`104.2`	`2.8`	`0.542`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`105.0`	`2.8`	`0.515`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
11	`15`		[NAG]A:511	`7`	`1`	`359`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`12032`	`90.3`	`2.6`	`0.439`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
12	`16`		A	`11`	`5`	`12517`	`◊`	[NAG]B:511	-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/3	`6_455`	`7`	`1`	`362`	`85.5`	`2.6`	`0.474`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
13	`17`		[NAG]A:502	`9`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]A:501	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`365`	`76.4`	`1.7`	`0.092`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`18`		[NAG]B:502	`9`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]B:501	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`365`	`76.2`	`1.8`	`0.108`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`76.3`	`1.8`	`0.100`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`19`		[NAG]B:512	`9`	`1`	`364`	`cf`	[NAG]B:511	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`362`	`72.5`	`1.8`	`0.091`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`20`		[NAG]A:512	`9`	`1`	`365`	`cf`	[NAG]A:511	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`359`	`69.6`	`1.6`	`0.086`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`71.1`	`1.7`	`0.089`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`21`		[MAN]B:514	`6`	`1`	`291`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`2`	`12517`	`71.4`	`-0.6`	`0.124`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
16	`22`		[MAN]A:514	`6`	`1`	`292`	`cf`	[BMA]A:513	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`291`	`60.0`	`2.7`	`0.266`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`23`		[MAN]B:504	`6`	`1`	`290`	`cf`	[BMA]B:503	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`293`	`59.1`	`2.5`	`0.292`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`24`		[MAN]B:515	`5`	`1`	`294`	`cf`	[BMA]B:513	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`289`	`59.1`	`2.8`	`0.244`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`25`		[BMA]B:513	`6`	`1`	`289`	`cf`	[NAG]B:512	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`364`	`58.4`	`1.0`	`0.127`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`26`		[BMA]A:513	`7`	`1`	`291`	`cf`	[NAG]A:512	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`365`	`58.3`	`1.0`	`0.105`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`27`		[MAN]B:514	`6`	`1`	`291`	`cf`	[BMA]B:513	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`289`	`58.3`	`2.6`	`0.266`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`28`		[BMA]B:503	`7`	`1`	`293`	`cf`	[NAG]B:502	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`363`	`57.0`	`1.4`	`0.131`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`29`		[MAN]A:515	`7`	`1`	`292`	`cf`	[BMA]A:513	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`291`	`56.7`	`2.6`	`0.232`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`30`		[NA]B:602	`1`	`1`	`125`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`12032`	`50.5`	`-6.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.030`
25	`31`		[CL]A:601	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`12517`	`49.9`	`-6.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
	`32`		[CL]B:601	`1`	`1`	`125`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`12032`	`46.7`	`-5.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
	*Average:*													`48.3`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
26	`33`		[MAN]B:515	`6`	`1`	`294`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`12032`	`49.5`	`-0.0`	`0.177`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`34`		[MAN]A:515	`4`	`1`	`292`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`12517`	`49.5`	`0.7`	`0.315`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`35`		[ZN]A:403	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`12517`	`48.9`	`-33.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.262`
	`36`		[ZN]B:403	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`4`	`12032`	`37.9`	`-26.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.262`
	*Average:*													`43.4`	`-29.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.262`
29	`37`		A	`6`	`3`	`12517`	`◊`	[NAG]B:512	-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/3	`6_455`	`7`	`1`	`364`	`46.8`	`1.7`	`0.277`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`38`		[ZN]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`6`	`12517`	`44.5`	`-33.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.289`
	`39`		[ZN]B:402	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`5`	`12032`	`42.8`	`-32.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.289`
	*Average:*													`43.6`	`-32.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.289`
31	`40`		[ZN]A:401	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`5`	`12517`	`40.8`	`-31.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.275`
	`41`		[ZN]B:401	`1`	`1`	`98`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`4`	`12032`	`40.2`	`-31.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.275`
	*Average:*													`40.5`	`-31.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.275`
32	`42`		[NAG]A:512	`6`	`1`	`365`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`12032`	`40.8`	`1.6`	`0.273`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
33	`43`		[MAN]B:504	`3`	`1`	`290`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`12032`	`40.5`	`0.5`	`0.393`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`44`		[CL]B:601	`1`	`1`	`125`	`f`	[NAG]B:512	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`364`	`38.7`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.031`
	`45`		[CL]A:601	`1`	`1`	`125`	`f`	[NAG]A:512	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`365`	`35.5`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.031`
	*Average:*													`37.1`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.031`
35	`46`		[BMA]A:513	`4`	`1`	`291`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`12517`	`38.0`	`0.0`	`0.274`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`47`		[BMA]B:513	`3`	`1`	`289`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`12032`	`35.1`	`0.2`	`0.325`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`48`		[MAN]A:514	`3`	`1`	`292`	`◊`	B	-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/3	`6_455`	`7`	`2`	`12032`	`33.7`	`-0.9`	`0.134`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`49`		[ZN]B:403	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`12517`	`27.8`	`-11.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
39	`50`		[MAN]B:504	`4`	`1`	`290`	`◊`	[NAG]A:512	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`365`	`26.2`	`0.9`	`0.257`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`51`		[CL]B:601	`1`	`1`	`125`	`f`	[NAG]B:511	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`362`	`22.5`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
	`52`		[CL]A:601	`1`	`1`	`125`	`f`	[NAG]A:511	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`359`	`21.7`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
	*Average:*													`22.1`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
41	`53`		[MAN]B:504	`3`	`1`	`290`	`◊`	[MAN]A:514	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`292`	`19.2`	`0.2`	`0.221`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`54`		[ZN]B:402	`1`	`1`	`98`	`f`	[ZN]B:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`16.1`	`-12.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.057`
43	`55`		[ZN]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	[ZN]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`16.0`	`-12.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.056`
44	`56`		[MAN]A:514	`3`	`1`	`292`	`f`	[NAG]A:512	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`365`	`13.3`	`0.3`	`0.213`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`57`		[MAN]A:515	`2`	`1`	`292`	`f`	[NAG]A:512	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`365`	`12.0`	`0.5`	`0.307`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`58`		[MAN]B:504	`2`	`1`	`290`	`f`	[NAG]B:502	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`363`	`12.0`	`0.4`	`0.232`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`59`		[BMA]B:503	`2`	`1`	`293`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`12032`	`11.8`	`0.2`	`0.331`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`60`		[MAN]B:504	`1`	`1`	`290`	`◊`	[BMA]A:513	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`291`	`9.4`	`0.1`	`0.218`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`61`		[BMA]B:513	`1`	`1`	`289`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`12517`	`9.3`	`-0.6`	`0.146`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
50	`62`		[MAN]B:515	`2`	`1`	`294`	`f`	[NAG]B:512	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`364`	`8.7`	`0.4`	`0.275`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`63`		[MAN]B:514	`4`	`1`	`291`	`f`	[NAG]B:512	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`364`	`7.9`	`-0.0`	`0.116`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`64`		[ZN]A:403	`1`	`1`	`98`	`f`	[ZN]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`5.8`	`-4.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.020`
53	`65`		[ZN]B:403	`1`	`1`	`98`	`f`	[ZN]B:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`4.5`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
54	`66`		[CL]B:601	`1`	`1`	`125`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`12517`	`2.1`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
55	`67`		[MAN]B:504	`1`	`1`	`290`	`◊`	[NAG]A:511	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`359`	`1.6`	`0.0`	`0.161`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`68`		[NA]B:602	`1`	`1`	`125`	`◊`	B	-y,x-y+1,z	`2_565`	`1`	`1`	`12032`	`0.3`	`-0.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`69`		[ZN]B:402	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`12517`	`0.2`	`-0.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

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