PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=668-EP-E55)

Interfaces in PDB 4hon crystal.
Space symmetry group: P 21 21 21. Resolution: 1.80 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN JMJD2D/KDM4D IN COMPLEX WITH AN H3K9ME3 PEPTIDE AND 2-OXOGLUTARATE

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`97`	`23`	`15172`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`101`	`23`	`15314`	`802.8`	`-3.7`	`0.519`	`4`	`10`	`0`	`0.000`
2	`2`		F	`59`	`10`	`1418`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`93`	`34`	`15314`	`653.6`	`-3.1`	`0.746`	`12`	`0`	`0`	`0.329`
3	`3`		G	`40`	`7`	`982`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`73`	`32`	`15172`	`557.4`	`-5.2`	`0.680`	`9`	`1`	`0`	`0.317`
4	`4`		B	`58`	`18`	`15172`	`◊`	A	x,y-1,z	`1_545`	`47`	`13`	`15314`	`476.4`	`-1.5`	`0.553`	`7`	`6`	`0`	`0.000`
5	`5`		B	`37`	`16`	`15172`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`37`	`17`	`15314`	`323.8`	`-1.8`	`0.479`	`3`	`4`	`0`	`0.000`
6	`6`		[AKG]B:401	`10`	`1`	`285`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`32`	`11`	`15172`	`154.6`	`0.0`	`0.407`	`6`	`0`	`0`	`0.097`
	`7`		[AKG]A:401	`10`	`1`	`287`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`31`	`11`	`15314`	`134.8`	`0.2`	`0.408`	`6`	`0`	`0`	`0.097`
	*Average:*													`144.7`	`0.1`	`0.408`	`6`	`0`	`0`	`0.097`
7	`8`		B	`19`	`6`	`15172`	`◊`	A	-x,y-1/2,-z+1/2	`3_545`	`15`	`6`	`15314`	`151.3`	`-0.8`	`0.412`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
8	`9`		B	`17`	`7`	`15172`	`◊`	A	-x-1,y-1/2,-z+1/2	`3_445`	`17`	`6`	`15314`	`150.6`	`-0.7`	`0.414`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`10`		[NO3]A:407	`4`	`1`	`168`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`24`	`10`	`15314`	`116.2`	`1.4`	`0.576`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
10	`11`		[NO3]B:407	`4`	`1`	`168`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`25`	`9`	`15172`	`115.9`	`1.4`	`0.741`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
11	`12`		[SCN]A:405	`3`	`1`	`185`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`25`	`6`	`15314`	`114.9`	`-2.9`	`0.530`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
12	`13`		[SCN]B:404	`3`	`1`	`184`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`22`	`8`	`15172`	`114.7`	`-3.2`	`0.493`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
13	`14`		[PDO]A:416	`5`	`1`	`211`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`19`	`8`	`15314`	`111.7`	`3.0`	`0.074`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
14	`15`		[PDO]B:411	`5`	`1`	`213`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`8`	`15172`	`107.4`	`2.8`	`0.062`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
15	`16`		[PDO]A:417	`5`	`1`	`211`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`7`	`15314`	`99.3`	`2.8`	`0.169`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
16	`17`		[SCN]B:405	`3`	`1`	`185`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`20`	`7`	`15172`	`98.7`	`-2.9`	`0.552`	`1`	`0`	`0`	`0.114`
17	`18`		[NO3]B:410	`4`	`1`	`167`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`16`	`7`	`15172`	`94.7`	`1.6`	`0.610`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
18	`19`		[NO3]A:414	`4`	`1`	`169`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`17`	`7`	`15314`	`93.9`	`0.7`	`0.472`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`20`		[SCN]A:406	`3`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`18`	`9`	`15314`	`93.3`	`-3.0`	`0.559`	`1`	`0`	`0`	`0.133`
20	`21`		[NO3]A:412	`4`	`1`	`167`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`17`	`7`	`15314`	`92.9`	`1.4`	`0.594`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
21	`22`		[NO3]A:409	`4`	`1`	`168`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`5`	`15314`	`91.8`	`1.7`	`0.645`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
22	`23`		[SCN]B:406	`3`	`1`	`184`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`15172`	`85.8`	`-1.8`	`0.614`	`1`	`0`	`0`	`0.077`
23	`24`		[PDO]A:415	`5`	`1`	`212`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`18`	`8`	`15314`	`85.0`	`2.5`	`0.252`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
24	`25`		B	`14`	`4`	`15172`	`f`	[NO3]A:410	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`4`	`1`	`168`	`80.7`	`1.1`	`0.579`	`3`	`0`	`0`	`0.007`
25	`26`		[NO3]A:408	`4`	`1`	`167`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`4`	`15314`	`80.0`	`1.0`	`0.565`	`3`	`0`	`0`	`0.012`
26	`27`		[SCN]A:404	`3`	`1`	`185`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`15314`	`79.7`	`-3.5`	`0.444`	`1`	`0`	`0`	`0.153`
27	`28`		[NO3]A:411	`4`	`1`	`169`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`15314`	`78.7`	`1.4`	`0.514`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
28	`29`		[PDO]A:418	`3`	`1`	`211`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`15172`	`75.8`	`2.5`	`0.457`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
29	`30`		[PDO]A:418	`4`	`1`	`211`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`15314`	`74.8`	`2.0`	`0.110`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`31`		[NO3]B:408	`4`	`1`	`168`	`◊`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`19`	`5`	`15314`	`72.7`	`0.3`	`0.400`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`32`		[NO3]B:409	`4`	`1`	`168`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`18`	`5`	`15172`	`71.6`	`0.4`	`0.405`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`33`		[NO3]B:409	`4`	`1`	`168`	`f`	A	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`10`	`3`	`15314`	`69.1`	`0.7`	`0.434`	`2`	`0`	`0`	`0.007`
33	`34`		[NO3]B:408	`4`	`1`	`168`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`3`	`15172`	`69.0`	`0.7`	`0.440`	`2`	`0`	`0`	`0.006`
34	`35`		[PDO]A:415	`5`	`1`	`212`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`1418`	`66.0`	`1.6`	`0.140`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
35	`36`		[NO3]A:413	`4`	`1`	`169`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`7`	`15314`	`64.2`	`0.6`	`0.412`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`37`		B	`7`	`2`	`15172`	`f`	[PDO]A:416	x,y-1,z	`1_545`	`4`	`1`	`211`	`60.2`	`1.2`	`0.500`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`38`		[NO3]A:411	`4`	`1`	`169`	`f`	F	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`1418`	`59.7`	`0.4`	`0.462`	`2`	`0`	`0`	`0.100`
38	`39`		B	`6`	`3`	`15172`	`◊`	[NO3]A:408	x-1/2,-y-1/2,-z	`4_445`	`4`	`1`	`167`	`54.5`	`0.3`	`0.608`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`40`		[NO3]A:410	`2`	`1`	`168`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`15314`	`53.0`	`0.2`	`0.552`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`41`		[AKG]B:401	`7`	`1`	`285`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`982`	`43.8`	`0.0`	`0.433`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`42`		[SCN]B:406	`3`	`1`	`184`	`◊`	A	-x,y-1/2,-z+1/2	`3_545`	`5`	`1`	`15314`	`41.6`	`-0.4`	`0.607`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`43`		[NI]B:402	`1`	`1`	`115`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`12`	`6`	`15172`	`41.0`	`-6.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.236`
	`44`		[NI]A:402	`1`	`1`	`115`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`6`	`15314`	`34.7`	`-6.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.236`
	*Average:*													`37.9`	`-6.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.236`
43	`45`		[AKG]A:401	`8`	`1`	`287`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`1418`	`39.7`	`-0.1`	`0.386`	`0`	`0`	`0`	`0.004`
44	`46`		[SCN]A:406	`3`	`1`	`184`	`f`	[SCN]A:404	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`185`	`33.7`	`-1.4`	`0.642`	`0`	`0`	`0`	`0.054`
45	`47`		[NI]B:402	`1`	`1`	`115`	`f`	[AKG]B:401	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`285`	`32.6`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.143`
	`48`		[NI]A:402	`1`	`1`	`115`	`f`	[AKG]A:401	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`287`	`29.3`	`-3.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.143`
	*Average:*													`31.0`	`-3.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.143`
46	`49`		[PDO]A:415	`2`	`1`	`212`	`f`	[AKG]A:401	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`287`	`29.4`	`0.7`	`0.299`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`50`		[NO3]B:410	`1`	`1`	`167`	`f`	[SCN]B:406	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`184`	`14.9`	`-0.4`	`0.816`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
48	`51`		[NI]B:402	`1`	`1`	`115`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`982`	`14.7`	`-1.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
49	`52`		[PDO]A:415	`3`	`1`	`212`	`f`	[NI]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`115`	`14.2`	`-1.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.040`
50	`53`		[NI]A:402	`1`	`1`	`115`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`1418`	`13.2`	`-1.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
51	`54`		A	`2`	`1`	`15314`	`x`	A	-x,y-1/2,-z+1/2	`3_545`	`1`	`1`	`15314`	`3.8`	`-0.1`	`0.469`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

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