PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=267-DM-2BM)

Interfaces in PDB 4rq5 crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 2.32 Å

HUMAN DNA POLYMERASE BETA WITH GAPPED DNA CONTAINING AN 8-OXO-7,8- DIHYDRO-GUANINE (8-OXOG)AND DATP SOAKED WITH MGCL2 FOR 60 S

Interfaces

##		Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
`1`		T	`62`	`7`	`3726`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`67`	`24`	`17533`	`543.5`	`-0.1`	`0.622`	`13`	`0`	`0`	`0.052`
`2`		T	`48`	`10`	`3726`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`50`	`11`	`2601`	`473.1`	`-3.8`	`0.630`	`27`	`0`	`0`	`1.000`
`3`		P	`55`	`5`	`2601`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`72`	`29`	`17533`	`433.8`	`-6.3`	`0.374`	`10`	`0`	`0`	`0.107`
`4`		D	`37`	`3`	`1357`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`50`	`17`	`17533`	`376.6`	`-8.1`	`0.364`	`7`	`0`	`0`	`0.121`
`5`		A	`36`	`9`	`17533`	`x`	A	x,y,z-1	`1_554`	`24`	`8`	`17533`	`254.1`	`2.0`	`0.774`	`4`	`1`	`0`	`0.000`
`6`		T	`24`	`5`	`3726`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`23`	`5`	`1357`	`240.1`	`-4.6`	`0.476`	`18`	`0`	`0`	`1.000`
`7`		A	`31`	`9`	`17533`	`◊`	P	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`25`	`2`	`2601`	`222.9`	`1.8`	`0.611`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`8`		A	`21`	`8`	`17533`	`x`	A	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`29`	`10`	`17533`	`218.4`	`-0.9`	`0.478`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
`9`		[DTP]A:410	`28`	`1`	`578`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`48`	`17`	`17533`	`198.7`	`1.0`	`0.559`	`10`	`0`	`0`	`0.038`
`10`		[8OG]T:6	`20`	`1`	`482`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`28`	`10`	`17533`	`198.5`	`-1.5`	`0.358`	`2`	`0`	`0`	`0.021`
`11`		A	`18`	`7`	`17533`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`27`	`10`	`17533`	`185.5`	`3.5`	`0.878`	`4`	`2`	`0`	`0.000`
`12`		A	`27`	`11`	`17533`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`23`	`5`	`3726`	`185.1`	`2.1`	`0.761`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`13`		A	`23`	`8`	`17533`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`22`	`7`	`17533`	`183.7`	`1.7`	`0.725`	`3`	`2`	`0`	`0.000`
`14`		[8OG]T:6	`21`	`1`	`482`	`cf`	T	x,y,z	`1_555`	`22`	`2`	`3726`	`174.4`	`2.5`	`0.657`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`15`		A	`24`	`6`	`17533`	`x`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`14`	`4`	`17533`	`165.0`	`-2.4`	`0.234`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`16`		D	`15`	`1`	`1357`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`18`	`4`	`17533`	`149.1`	`0.8`	`0.674`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`17`		A	`16`	`4`	`17533`	`x`	A	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`18`	`6`	`17533`	`135.2`	`1.6`	`0.702`	`0`	`1`	`0`	`0.000`
`18`		[DTP]A:410	`22`	`1`	`578`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`22`	`2`	`2601`	`133.7`	`1.0`	`0.627`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`19`		[ACT]A:406	`4`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`19`	`9`	`17533`	`120.9`	`-0.8`	`0.590`	`0`	`0`	`0`	`0.009`
`20`		A	`15`	`5`	`17533`	`◊`	T	x-1,y,z	`1_455`	`12`	`3`	`3726`	`108.9`	`-1.5`	`0.432`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`21`		T	`13`	`2`	`3726`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`8`	`2`	`17533`	`97.6`	`1.5`	`0.760`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
`22`		[PPV]A:409	`9`	`1`	`259`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`18`	`10`	`17533`	`83.2`	`-2.7`	`0.649`	`9`	`0`	`0`	`0.073`
`23`		[CL]A:408	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`17533`	`74.5`	`-12.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.132`
`24`		[DTP]A:410	`13`	`1`	`578`	`f`	[PPV]A:409	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`259`	`73.9`	`-2.2`	`0.480`	`0`	`0`	`0`	`0.024`
`25`		[CL]A:407	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`17533`	`64.8`	`-9.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.100`
`26`		[NA]A:404	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`7`	`17533`	`57.6`	`-8.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.095`
`27`		[NA]A:403	`1`	`1`	`125`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`7`	`17533`	`57.1`	`-8.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.091`
`28`		A	`5`	`1`	`17533`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`4`	`2`	`3726`	`56.6`	`-1.7`	`0.306`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`29`		A	`4`	`2`	`17533`	`◊`	P	x-1,y,z	`1_455`	`7`	`2`	`2601`	`48.0`	`-2.4`	`0.309`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`30`		[ACT]A:405	`4`	`1`	`181`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`5`	`17533`	`42.9`	`-0.3`	`0.598`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
`31`		[DTP]A:410	`10`	`1`	`578`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`3726`	`40.2`	`0.9`	`0.604`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`32`		[8OG]T:6	`6`	`1`	`482`	`◊`	[DTP]A:410	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`578`	`40.0`	`1.0`	`0.594`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`33`		[8OG]T:6	`6`	`1`	`482`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`2601`	`39.7`	`0.9`	`0.636`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
`34`		[NA]A:403	`1`	`1`	`125`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`2601`	`38.9`	`-5.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
`35`		[PPV]A:409	`5`	`1`	`259`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`2601`	`36.7`	`-1.4`	`0.475`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
`36`		[NA]A:404	`1`	`1`	`125`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`1357`	`33.9`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.053`
`37`		A	`5`	`4`	`17533`	`◊`	[ACT]A:405	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`3`	`1`	`181`	`28.1`	`0.1`	`0.647`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`38`		[DTP]A:410	`8`	`1`	`578`	`f`	[MG]P:101	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`27.7`	`-4.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.047`
`39`		[ACT]A:405	`1`	`1`	`181`	`f`	T	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`3726`	`24.9`	`-1.2`	`0.425`	`0`	`0`	`0`	`0.107`
`40`		[MG]A:401	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`2601`	`24.8`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.030`
`41`		[MG]A:401	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`5`	`17533`	`23.7`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
`42`		[PPV]A:409	`5`	`1`	`259`	`f`	[MG]P:101	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`22.5`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
`43`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`17533`	`20.4`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
`44`		[DTP]A:410	`5`	`1`	`578`	`f`	[MG]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`20.3`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.034`
`45`		[MG]P:101	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`2601`	`19.9`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.030`
`46`		[DTP]A:410	`4`	`1`	`578`	`f`	[MG]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`18.9`	`-2.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.028`
`47`		[PPV]A:409	`4`	`1`	`259`	`f`	[MG]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`18.1`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.024`
`48`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`2601`	`14.3`	`-2.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.020`
`49`		[CL]A:407	`1`	`1`	`125`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3726`	`8.7`	`-1.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
`50`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`7.5`	`-1.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.016`
`51`		A	`2`	`2`	`17533`	`◊`	P	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`2`	`2`	`2601`	`6.9`	`-0.5`	`0.360`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
`52`		[PPV]A:409	`4`	`1`	`259`	`f`	[MG]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`4.9`	`-0.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
`53`		[MG]P:101	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`4.1`	`-0.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.009`
`54`		[MG]P:101	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`17533`	`2.4`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
`55`		[MG]P:101	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:401	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`0.9`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.002`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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