PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=512-E5-4JA)

Interfaces in PDB 5n09 crystal.
Space symmetry group: P 2 21 21. Resolution: 3.90 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF L107C/A313C COVALENTLY LINKED DENGUE 2 VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN DIMER IN COMPLEX WITH THE FAB FRAGMENT OF THE BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		M	`209`	`56`	`11408`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`211`	`59`	`11487`	`1925.4`	`-25.5`	`0.096`	`22`	`3`	`0`	`1.000`
	`2`		L	`207`	`57`	`11386`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`208`	`59`	`11716`	`1891.8`	`-25.4`	`0.080`	`21`	`4`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`1908.6`	`-25.5`	`0.088`	`22`	`4`	`0`	`1.000`
2	`3`		B	`192`	`57`	`19727`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`193`	`59`	`19885`	`1723.6`	`-14.8`	`0.151`	`26`	`3`	`2`	`0.505`
3	`4`		A	`120`	`40`	`19885`	`◊`	A	x,-y,-z	`2_555`	`120`	`40`	`19885`	`1116.4`	`4.0`	`0.855`	`14`	`4`	`0`	`0.000`
4	`5`		A	`106`	`33`	`19885`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`108`	`32`	`19727`	`983.5`	`-4.7`	`0.415`	`13`	`6`	`0`	`0.000`
5	`6`		H	`58`	`15`	`11716`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`61`	`19`	`19885`	`551.8`	`3.1`	`0.866`	`10`	`4`	`0`	`0.027`
6	`7`		I	`55`	`15`	`11487`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`62`	`19`	`19727`	`511.6`	`2.0`	`0.851`	`12`	`2`	`0`	`0.053`
7	`8`		A	`54`	`17`	`19885`	`◊`	L	-x+2,-y+1/2,z-1/2	`4_754`	`48`	`15`	`11386`	`417.0`	`-4.3`	`0.315`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		M	`47`	`16`	`11408`	`◊`	B	-x+2,-y+1/2,z-1/2	`4_754`	`58`	`15`	`19727`	`412.3`	`-3.9`	`0.361`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`414.6`	`-4.1`	`0.338`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
8	`10`		M	`25`	`9`	`11408`	`◊`	I	x,-y+1,-z	`2_565`	`21`	`7`	`11487`	`212.0`	`-1.8`	`0.461`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`11`		A	`24`	`9`	`19885`	`◊`	H	-x+2,y-1/2,-z+1/2	`3_745`	`17`	`6`	`11716`	`159.9`	`-2.4`	`0.306`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
10	`12`		I	`22`	`8`	`11487`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`11716`	`157.7`	`-0.5`	`0.605`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
11	`13`		H	`20`	`6`	`11716`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`16`	`6`	`19727`	`150.4`	`-2.0`	`0.301`	`2`	`0`	`0`	`0.041`
12	`14`		I	`19`	`6`	`11487`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`19885`	`146.8`	`-1.0`	`0.480`	`3`	`0`	`0`	`0.034`
13	`15`		[NAG]B:501	`12`	`1`	`361`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`24`	`7`	`19727`	`124.5`	`2.6`	`0.351`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		[NAG]A:501	`11`	`1`	`361`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`24`	`8`	`19885`	`123.0`	`2.8`	`0.412`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
15	`17`		[FUC]A:502	`7`	`1`	`280`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`19885`	`111.0`	`2.1`	`0.376`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
16	`18`		[FUC]B:502	`8`	`1`	`281`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`19727`	`108.8`	`1.9`	`0.345`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`19`		B	`16`	`4`	`19727`	`◊`	I	-x+2,y-1/2,-z+1/2	`3_745`	`10`	`3`	`11487`	`106.2`	`-1.5`	`0.354`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`20`		M	`13`	`5`	`11408`	`◊`	L	-x+2,-y+1/2,z-1/2	`4_754`	`14`	`5`	`11386`	`100.5`	`-0.4`	`0.585`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
19	`21`		[NAG]B:501	`10`	`1`	`361`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`17`	`4`	`11716`	`100.3`	`1.6`	`0.333`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`22`		[NAG]A:501	`9`	`1`	`361`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`18`	`5`	`11487`	`97.4`	`1.7`	`0.373`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`98.9`	`1.6`	`0.353`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
20	`23`		B	`13`	`4`	`19727`	`◊`	H	-x+3,y-1/2,-z+1/2	`3_845`	`12`	`5`	`11716`	`90.0`	`0.2`	`0.618`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`24`		[NAG]B:507	`10`	`1`	`354`	`cf`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`19727`	`86.5`	`2.7`	`0.299`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`25`		[MAN]B:506	`6`	`1`	`289`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`11716`	`84.5`	`0.9`	`0.358`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`26`		[NAG]B:503	`11`	`1`	`364`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`11716`	`84.3`	`0.6`	`0.164`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`27`		[NAG]A:503	`11`	`1`	`363`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`14`	`3`	`11487`	`79.5`	`0.4`	`0.140`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
25	`28`		[BMA]B:504	`6`	`1`	`293`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`11386`	`78.7`	`0.8`	`0.320`	`3`	`0`	`0`	`0.008`
26	`29`		L	`10`	`4`	`11386`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`11487`	`76.0`	`-0.3`	`0.577`	`1`	`0`	`0`	`0.010`
27	`30`		[MAN]A:505	`6`	`1`	`293`	`◊`	M	x,y,z	`1_555`	`9`	`5`	`11408`	`74.6`	`2.1`	`0.476`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`31`		[MAN]B:505	`6`	`1`	`292`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`11386`	`69.7`	`2.0`	`0.482`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`72.1`	`2.1`	`0.479`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`32`		[BMA]A:504	`7`	`1`	`295`	`◊`	M	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`11408`	`74.2`	`0.9`	`0.289`	`3`	`0`	`0`	`0.007`
29	`33`		[NAG]A:503	`7`	`1`	`363`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`2`	`19885`	`71.0`	`2.6`	`0.454`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`34`		[NAG]B:503	`5`	`1`	`364`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`2`	`19727`	`63.0`	`1.2`	`0.388`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`67.0`	`1.9`	`0.421`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`35`		[MAN]A:506	`6`	`1`	`288`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`9`	`6`	`11487`	`67.7`	`0.7`	`0.357`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`36`		[BMA]B:504	`6`	`1`	`293`	`cf`	[NAG]B:503	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`364`	`65.9`	`1.3`	`0.138`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`37`		[BMA]A:504	`6`	`1`	`295`	`cf`	[NAG]A:503	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`363`	`64.8`	`1.4`	`0.138`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`65.4`	`1.4`	`0.138`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`38`		[NAG]B:503	`9`	`1`	`364`	`cf`	[NAG]B:501	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`361`	`61.0`	`1.7`	`0.123`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`39`		[NAG]A:503	`9`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]A:501	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`361`	`59.3`	`1.6`	`0.121`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`60.1`	`1.7`	`0.122`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`40`		M	`9`	`4`	`11408`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`11716`	`58.4`	`0.1`	`0.672`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`41`		[NAG]B:507	`8`	`1`	`354`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`11487`	`58.3`	`1.1`	`0.260`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`42`		I	`5`	`2`	`11487`	`◊`	I	x,-y+1,-z	`2_565`	`5`	`2`	`11487`	`58.2`	`-0.1`	`0.616`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
36	`43`		[MAN]B:506	`5`	`1`	`289`	`cf`	[BMA]B:504	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`57.0`	`1.6`	`0.208`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`44`		[MAN]A:506	`5`	`1`	`288`	`cf`	[BMA]A:504	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`295`	`57.0`	`1.5`	`0.212`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`57.0`	`1.6`	`0.210`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`45`		[MAN]A:505	`6`	`1`	`293`	`cf`	[BMA]A:504	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`295`	`56.0`	`2.1`	`0.235`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`46`		[MAN]B:505	`6`	`1`	`292`	`cf`	[BMA]B:504	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`293`	`53.9`	`2.2`	`0.247`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`55.0`	`2.1`	`0.241`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`47`		M	`5`	`2`	`11408`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`19727`	`52.0`	`0.3`	`0.691`	`1`	`0`	`0`	`0.002`
39	`48`		[FUC]A:502	`4`	`1`	`280`	`cf`	[NAG]A:501	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`361`	`50.2`	`2.3`	`0.280`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`49`		[FUC]A:502	`5`	`1`	`280`	`f`	[NAG]A:503	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`363`	`48.4`	`2.5`	`0.241`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`50`		L	`4`	`2`	`11386`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`19885`	`47.0`	`0.2`	`0.656`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`51`		[FUC]B:502	`4`	`1`	`281`	`f`	[NAG]B:503	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`364`	`45.9`	`2.2`	`0.267`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`52`		[FUC]B:502	`4`	`1`	`281`	`cf`	[NAG]B:501	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`361`	`45.8`	`2.3`	`0.312`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`53`		[MAN]B:506	`5`	`1`	`289`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`11386`	`45.8`	`0.8`	`0.386`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
45	`54`		A	`6`	`2`	`19885`	`◊`	B	x-1,-y,-z	`2_455`	`4`	`3`	`19727`	`43.2`	`0.0`	`0.597`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`55`		B	`3`	`2`	`19727`	`◊`	L	-x+2,y-1/2,-z+1/2	`3_745`	`5`	`2`	`11386`	`38.9`	`1.1`	`0.869`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`56`		[MAN]A:506	`5`	`1`	`288`	`◊`	M	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`11408`	`36.0`	`0.8`	`0.385`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
48	`57`		[BMA]A:504	`5`	`1`	`295`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`11487`	`34.9`	`0.9`	`0.411`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`58`		[BMA]B:504	`5`	`1`	`293`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`11716`	`30.6`	`0.8`	`0.386`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`32.8`	`0.8`	`0.399`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`59`		[NAG]A:501	`3`	`1`	`361`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`19727`	`28.4`	`0.9`	`0.566`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`60`		[NAG]B:501	`2`	`1`	`361`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`19885`	`25.1`	`0.7`	`0.592`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`26.8`	`0.8`	`0.579`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`61`		[MAN]B:506	`3`	`1`	`289`	`f`	[NAG]B:503	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`364`	`23.1`	`0.7`	`0.260`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`62`		[MAN]A:506	`3`	`1`	`288`	`f`	[NAG]A:503	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`363`	`22.1`	`0.7`	`0.252`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`22.6`	`0.7`	`0.256`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`63`		[MAN]A:505	`2`	`1`	`293`	`f`	[NAG]A:503	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`363`	`18.5`	`0.6`	`0.249`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`64`		[MAN]B:505	`1`	`1`	`292`	`f`	[NAG]B:503	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`364`	`16.0`	`0.5`	`0.207`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`17.3`	`0.5`	`0.228`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
52	`65`		[MAN]B:505	`1`	`1`	`292`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`19727`	`2.2`	`0.1`	`0.380`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`66`		[MAN]A:505	`1`	`1`	`293`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`19885`	`0.8`	`0.0`	`0.362`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`67`		B	`1`	`1`	`19727`	`◊`	M	-x+3,y-1/2,-z+1/2	`3_845`	`1`	`1`	`11408`	`0.3`	`0.0`	`0.647`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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