PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=644-7H-F62)

Interfaces in PDB 5y85 crystal.
Space symmetry group: P 21 21 2. Resolution: 2.00 Å

STRUCTURE-BASED INSIGHTS INTO SELF-CLEAVAGE BY A FOUR-WAY JUNCTIONAL TWISTER-SISTER RIBOZYME

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`162`	`23`	`9495`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`140`	`18`	`4283`	`1283.2`	`-12.6`	`0.993`	`54`	`0`	`0`	`0.311`
	`2`		D	`162`	`23`	`9444`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`139`	`18`	`4287`	`1271.2`	`-11.2`	`0.995`	`58`	`0`	`0`	`0.311`
	*Average:*													`1277.2`	`-11.9`	`0.994`	`56`	`0`	`0`	`0.311`
2	`3`		B	`57`	`11`	`9495`	`◊`	B	-x+2,-y,z	`2_755`	`56`	`11`	`9495`	`435.3`	`-15.3`	`0.747`	`0`	`0`	`0`	`0.112`
	`4`		D	`56`	`10`	`9444`	`◊`	D	-x+2,-y+1,z	`2_765`	`56`	`10`	`9444`	`417.3`	`-15.4`	`0.731`	`2`	`0`	`0`	`0.112`
	*Average:*													`426.3`	`-15.3`	`0.739`	`1`	`0`	`0`	`0.112`
3	`5`		D	`41`	`9`	`9444`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`42`	`9`	`9495`	`324.1`	`-9.4`	`0.769`	`1`	`0`	`0`	`0.068`
4	`6`		D	`13`	`2`	`9444`	`x`	D	-x+2,-y+1,z-1	`2_764`	`14`	`4`	`9444`	`94.4`	`-4.5`	`0.536`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`7`		B	`12`	`2`	`9495`	`x`	B	-x+2,-y,z-1	`2_754`	`12`	`3`	`9495`	`92.9`	`-4.4`	`0.508`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`93.7`	`-4.4`	`0.522`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
5	`8`		A	`14`	`1`	`4283`	`◊`	D	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`14`	`1`	`9444`	`89.7`	`1.2`	`0.879`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		B	`14`	`1`	`9495`	`◊`	C	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`14`	`1`	`4287`	`89.2`	`0.7`	`0.859`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`89.4`	`0.9`	`0.869`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
6	`10`		C	`8`	`2`	`4287`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`3`	`4283`	`84.8`	`-2.7`	`0.542`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
7	`11`		A	`12`	`1`	`4283`	`◊`	C	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`13`	`1`	`4287`	`81.3`	`3.5`	`0.938`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
8	`12`		D	`10`	`1`	`9444`	`◊`	A	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`11`	`1`	`4283`	`81.2`	`2.0`	`0.898`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
9	`13`		D	`13`	`1`	`9444`	`◊`	B	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`13`	`1`	`9495`	`78.9`	`1.5`	`0.904`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
10	`14`		[MG]B:103	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9495`	`58.8`	`-8.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.131`
	`15`		[MG]D:102	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9444`	`57.2`	`-8.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.131`
	*Average:*													`58.0`	`-8.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.131`
11	`16`		[MG]B:105	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`6`	`9495`	`57.2`	`-9.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.132`
	`17`		[MG]D:103	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`9444`	`56.4`	`-8.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.132`
	*Average:*													`56.8`	`-8.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.132`
12	`18`		[MG]B:108	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`9495`	`50.9`	`-6.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
	`19`		[MG]D:104	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`9444`	`48.7`	`-6.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
	*Average:*													`49.8`	`-6.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
13	`20`		[MG]A:101	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`4283`	`50.5`	`-8.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.069`
	`21`		[MG]C:101	`1`	`1`	`98`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`8`	`3`	`4287`	`45.2`	`-6.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.069`
	*Average:*													`47.8`	`-7.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.069`
14	`22`		C	`8`	`1`	`4287`	`◊`	B	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`7`	`1`	`9495`	`48.8`	`0.6`	`0.768`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`23`		[MG]D:107	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`9444`	`46.7`	`-6.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
16	`24`		[MG]D:106	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`9444`	`46.3`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.079`
	`25`		[MG]B:107	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`9495`	`37.8`	`-4.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.079`
	*Average:*													`42.0`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.079`
17	`26`		[MG]D:108	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9444`	`41.0`	`-6.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.096`
	`27`		[MG]B:102	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`9495`	`40.6`	`-6.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.096`
	*Average:*													`40.8`	`-6.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.096`
18	`28`		[MG]B:101	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`9495`	`40.1`	`-6.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
	`29`		[MG]D:109	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`9444`	`39.1`	`-6.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
	*Average:*													`39.6`	`-6.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
19	`30`		[MG]B:109	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`9495`	`36.8`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.085`
	`31`		[MG]D:105	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`9444`	`35.3`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.085`
	*Average:*													`36.1`	`-5.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.085`
20	`32`		B	`6`	`2`	`9495`	`◊`	[MG]B:102	-x+2,-y,z-1	`2_754`	`1`	`1`	`98`	`36.2`	`-5.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`33`		D	`6`	`2`	`9444`	`◊`	[MG]D:108	-x+2,-y+1,z-1	`2_764`	`1`	`1`	`98`	`34.8`	`-5.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`35.5`	`-5.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`34`		B	`7`	`2`	`9495`	`◊`	[MG]B:101	-x+2,-y,z-1	`2_754`	`1`	`1`	`98`	`34.3`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`35`		D	`6`	`2`	`9444`	`◊`	[MG]D:109	-x+2,-y+1,z-1	`2_764`	`1`	`1`	`98`	`34.2`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`34.2`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`36`		[MG]C:102	`1`	`1`	`98`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`4287`	`32.7`	`-3.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
	`37`		[MG]A:102	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`4283`	`29.4`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
	*Average:*													`31.1`	`-3.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
23	`38`		[MG]B:104	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`9495`	`31.4`	`-3.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.058`
24	`39`		[MG]D:107	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`9495`	`30.5`	`-4.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.032`
25	`40`		D	`7`	`3`	`9444`	`◊`	C	-x+2,-y+1,z-1	`2_764`	`4`	`2`	`4287`	`29.4`	`-2.7`	`0.379`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`41`		B	`7`	`2`	`9495`	`◊`	A	-x+2,-y,z-1	`2_754`	`6`	`3`	`4283`	`26.7`	`-1.7`	`0.543`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`28.0`	`-2.2`	`0.461`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`42`		[MG]C:101	`1`	`1`	`98`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`9444`	`28.8`	`-4.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
	`43`		[MG]A:101	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`9495`	`15.5`	`-2.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
	*Average:*													`22.2`	`-3.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.038`
27	`44`		[MG]B:110	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`9495`	`27.6`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.053`
28	`45`		D	`5`	`1`	`9444`	`f`	[MG]D:110	-x+2,-y+1,z-1	`2_764`	`1`	`1`	`98`	`26.3`	`-3.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
	`46`		B	`3`	`1`	`9495`	`f`	[MG]B:111	-x+2,-y,z-1	`2_754`	`1`	`1`	`98`	`15.9`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
	*Average:*													`21.1`	`-3.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.052`
29	`47`		[MG]B:111	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4283`	`25.1`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`48`		[MG]D:110	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`4287`	`18.4`	`-2.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`21.7`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`49`		[MG]D:101	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`9444`	`24.9`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.050`
	`50`		[MG]B:106	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`9495`	`24.5`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.050`
	*Average:*													`24.7`	`-3.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.050`
31	`51`		C	`4`	`1`	`4287`	`◊`	D	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`1`	`1`	`9444`	`21.6`	`0.1`	`0.697`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
32	`52`		[MG]D:111	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9444`	`21.4`	`-3.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.043`
33	`53`		[MG]B:111	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9495`	`19.5`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`54`		[MG]D:110	`1`	`1`	`98`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`9444`	`17.7`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`18.6`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`55`		[MG]B:110	`1`	`1`	`98`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`9444`	`16.4`	`-2.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.017`
35	`56`		[MG]D:111	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`9495`	`15.6`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.013`
36	`57`		[MG]B:104	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4283`	`13.3`	`-2.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.017`
37	`58`		[MG]A:102	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`9495`	`13.0`	`-1.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
	`59`		[MG]C:102	`1`	`1`	`98`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`9444`	`7.6`	`-1.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
	*Average:*													`10.3`	`-1.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
38	`60`		[MG]D:102	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4287`	`12.1`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	`61`		[MG]B:103	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4283`	`11.6`	`-1.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	*Average:*													`11.8`	`-1.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
39	`62`		B	`1`	`1`	`9495`	`◊`	D	-x+5/2,y-1/2,-z+2	`3_747`	`1`	`1`	`9444`	`11.8`	`-1.3`	`0.202`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`63`		[MG]D:109	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`4287`	`11.0`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
	`64`		[MG]B:101	`1`	`1`	`98`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`4283`	`9.8`	`-1.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
	*Average:*													`10.4`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
41	`65`		[MG]D:111	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4287`	`10.3`	`-1.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
42	`66`		[MG]B:104	`1`	`1`	`98`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`9444`	`7.8`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.004`
43	`67`		[MG]D:107	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`4287`	`7.7`	`-0.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
44	`68`		B	`1`	`1`	`9495`	`◊`	D	-x+3/2,y-1/2,-z+2	`3_647`	`2`	`1`	`9444`	`5.4`	`-0.6`	`0.300`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`69`		[MG]C:102	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x-1/2,-y+1/2,-z+3	`4_458`	`2`	`1`	`9495`	`3.5`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`70`		[MG]D:106	`1`	`1`	`98`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`4287`	`2.4`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
47	`71`		D	`2`	`1`	`9444`	`◊`	A	x-1/2,-y+1/2,-z+2	`4_457`	`1`	`1`	`4283`	`1.7`	`-0.1`	`0.389`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`72`		D	`1`	`1`	`9444`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`4283`	`1.5`	`-0.0`	`0.411`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`73`		B	`1`	`1`	`9495`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`1`	`1`	`4283`	`1.3`	`-0.0`	`0.423`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`74`		D	`1`	`1`	`9444`	`◊`	C	x,y,z-1	`1_554`	`1`	`1`	`4287`	`0.3`	`-0.0`	`0.426`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`0.8`	`-0.0`	`0.425`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`75`		D	`1`	`1`	`9444`	`x`	D	x,y,z-1	`1_554`	`1`	`1`	`9444`	`1.2`	`0.1`	`0.576`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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