PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=861-EA-JB3)

Interfaces in PDB 5y87 crystal.
Space symmetry group: P 21 21 2. Resolution: 2.13 Å

STRUCTURE-BASED INSIGHTS INTO SELF-CLEAVAGE BY A FOUR-WAY JUNCTIONAL TWISTER-SISTER RIBOZYME

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`164`	`23`	`9395`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`139`	`18`	`4254`	`1290.0`	`-12.1`	`0.994`	`60`	`0`	`0`	`0.382`
	`2`		D	`164`	`23`	`9372`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`133`	`18`	`4274`	`1283.4`	`-10.8`	`0.996`	`60`	`0`	`0`	`0.382`
	*Average:*													`1286.7`	`-11.4`	`0.995`	`60`	`0`	`0`	`0.382`
2	`3`		D	`43`	`9`	`9372`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`40`	`9`	`9395`	`317.8`	`-9.7`	`0.765`	`0`	`0`	`0`	`0.097`
3	`4`		C	`9`	`2`	`4274`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`3`	`4254`	`89.8`	`-3.0`	`0.545`	`0`	`0`	`0`	`0.014`
4	`5`		[MN]D:103	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9372`	`74.3`	`-7.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.138`
	`6`		[MN]B:106	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9395`	`73.3`	`-7.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.138`
	*Average:*													`73.8`	`-7.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.138`
5	`7`		[MN]C:101	`1`	`1`	`123`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`4274`	`71.0`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
	`8`		[MN]A:101	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`4254`	`69.7`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
	*Average:*													`70.4`	`-5.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
6	`9`		[MN]B:107	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`6`	`9395`	`69.5`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.114`
	`10`		[MN]D:102	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`6`	`9372`	`69.4`	`-5.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.114`
	*Average:*													`69.4`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.114`
7	`11`		[MN]D:101	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`9372`	`67.9`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.098`
	`12`		[MN]B:109	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`9395`	`67.4`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.098`
	*Average:*													`67.6`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.098`
8	`13`		[MN]D:107	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`13`	`5`	`9372`	`63.9`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.096`
	`14`		[MN]B:104	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`9395`	`61.3`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.096`
	*Average:*													`62.6`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.096`
9	`15`		[MN]B:105	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`9395`	`60.9`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
	`16`		[MN]D:108	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`12`	`4`	`9372`	`58.2`	`-4.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
	*Average:*													`59.6`	`-4.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.094`
10	`17`		[MN]D:105	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9372`	`56.7`	`-5.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.101`
	`18`		[MN]B:102	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9395`	`56.2`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.101`
	*Average:*													`56.5`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.101`
11	`19`		[MN]D:109	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`11`	`3`	`9372`	`52.4`	`-4.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.080`
	`20`		[MN]B:108	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`9395`	`52.3`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.080`
	*Average:*													`52.4`	`-4.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.080`
12	`21`		[MN]B:103	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`9395`	`51.4`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
	`22`		[MN]D:106	`1`	`1`	`123`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9372`	`50.1`	`-4.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
	*Average:*													`50.8`	`-4.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.092`
13	`23`		[MN]A:102	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`4254`	`43.2`	`-2.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.027`
14	`24`		[MN]B:110	`1`	`1`	`123`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`9395`	`38.2`	`-2.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.020`
15	`25`		[MN]D:108	`1`	`1`	`123`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`9395`	`37.0`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.033`
16	`26`		[MN]B:101	`1`	`1`	`123`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4254`	`28.9`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
	`27`		[MN]D:104	`1`	`1`	`123`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4274`	`26.8`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
	*Average:*													`27.8`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.026`
17	`28`		[MN]D:109	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4274`	`28.6`	`-2.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
	`29`		[MN]B:108	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4254`	`27.4`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
	*Average:*													`28.0`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.029`
18	`30`		[MN]B:105	`1`	`1`	`123`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9372`	`26.4`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.022`
19	`31`		[MN]D:104	`1`	`1`	`123`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`9372`	`26.0`	`-1.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.019`
	`32`		[MN]B:101	`1`	`1`	`123`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`9395`	`24.3`	`-1.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.019`
	*Average:*													`25.2`	`-1.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.019`
20	`33`		[MN]D:103	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4274`	`21.0`	`-2.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.021`
	`34`		[MN]B:106	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`4254`	`19.2`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.021`
	*Average:*													`20.1`	`-1.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.021`
21	`35`		[MN]D:107	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4274`	`17.8`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
	`36`		[MN]B:104	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`4254`	`17.8`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
	*Average:*													`17.8`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
22	`37`		[MN]D:105	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`4274`	`17.3`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	`38`		[MN]B:102	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`4254`	`16.2`	`-1.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
	*Average:*													`16.8`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.012`
23	`39`		[MN]A:102	`1`	`1`	`123`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`9395`	`17.3`	`-1.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.010`
24	`40`		[MN]A:101	`1`	`1`	`123`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`3`	`9395`	`15.4`	`-1.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	`41`		[MN]C:101	`1`	`1`	`123`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`9372`	`13.1`	`-1.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
	*Average:*													`14.3`	`-1.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.015`
25	`42`		[MN]B:105	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`4254`	`13.4`	`-0.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
	`43`		[MN]D:108	`1`	`1`	`123`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`4274`	`11.6`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
	*Average:*													`12.5`	`-0.5`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
26	`44`		[MN]D:106	`1`	`1`	`123`	`f`	[MN]D:105	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`7.6`	`-0.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
27	`45`		[MN]B:103	`1`	`1`	`123`	`f`	[MN]B:102	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`7.0`	`-0.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.007`
28	`46`		[MN]D:105	`1`	`1`	`123`	`◊`	[MN]D:104	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`5.8`	`-0.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
29	`47`		[MN]B:102	`1`	`1`	`123`	`◊`	[MN]B:101	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`123`	`4.2`	`-0.4`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.004`
30	`48`		[MN]B:110	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`3`	`4254`	`4.1`	`-0.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.003`
31	`49`		[MN]D:108	`1`	`1`	`123`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`4254`	`1.0`	`-0.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`50`		D	`1`	`1`	`9372`	`x`	D	x,y,z-1	`1_554`	`1`	`1`	`9372`	`0.9`	`0.1`	`0.560`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`51`		D	`1`	`1`	`9372`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`4254`	`0.5`	`-0.0`	`0.426`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

PDBePISA

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