PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=362-5N-314)

Interfaces in PDB 6dvm crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 1.47 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF DANIO RERIO HISTONE DEACETYLASE 6 CATALYTIC DOMAIN 2 IN COMPLEX WITH DDK-122

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`64`	`21`	`13211`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`66`	`19`	`13191`	`592.8`	`-7.2`	`0.128`	`6`	`2`	`0`	`0.000`
2	`2`		D	`51`	`17`	`13255`	`◊`	C	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`49`	`14`	`13252`	`449.3`	`1.5`	`0.771`	`7`	`7`	`0`	`0.000`
3	`3`		D	`37`	`15`	`13255`	`◊`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`41`	`16`	`13191`	`338.3`	`1.0`	`0.720`	`8`	`2`	`0`	`0.000`
	`4`		C	`35`	`14`	`13252`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`37`	`12`	`13211`	`319.0`	`1.6`	`0.782`	`7`	`1`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`328.7`	`1.3`	`0.751`	`8`	`2`	`0`	`0.001`
4	`5`		D	`39`	`9`	`13255`	`◊`	C	x,y-1,z	`1_545`	`37`	`14`	`13252`	`324.9`	`-0.8`	`0.550`	`4`	`5`	`0`	`0.000`
5	`6`		D	`31`	`8`	`13255`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`35`	`14`	`13211`	`317.3`	`1.0`	`0.732`	`8`	`9`	`0`	`0.000`
	`7`		C	`29`	`8`	`13252`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`36`	`14`	`13191`	`317.1`	`1.4`	`0.754`	`7`	`9`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`317.2`	`1.2`	`0.743`	`8`	`9`	`0`	`0.000`
6	`8`		[HBJ]A:804	`27`	`1`	`738`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`42`	`19`	`13191`	`312.6`	`-6.7`	`0.344`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
	`9`		[HBJ]C:804	`26`	`1`	`732`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`45`	`19`	`13252`	`308.4`	`-6.7`	`0.352`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
	`10`		[HBJ]D:804	`26`	`1`	`737`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`43`	`19`	`13255`	`307.2`	`-6.7`	`0.359`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
	`11`		[HBJ]B:804	`27`	`1`	`736`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`44`	`19`	`13211`	`306.3`	`-7.5`	`0.228`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
	*Average:*													`308.6`	`-6.9`	`0.321`	`0`	`0`	`0`	`0.005`
7	`12`		D	`38`	`13`	`13255`	`◊`	C	-x+1,y-1/2,-z-1	`2_644`	`37`	`13`	`13252`	`308.2`	`-2.6`	`0.370`	`4`	`4`	`0`	`0.000`
8	`13`		D	`28`	`10`	`13255`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z-1	`2_644`	`24`	`11`	`13211`	`243.0`	`-1.1`	`0.476`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`14`		C	`24`	`8`	`13252`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`28`	`10`	`13191`	`233.7`	`-1.3`	`0.432`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`238.4`	`-1.2`	`0.454`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`15`		D	`36`	`16`	`13255`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`25`	`11`	`13211`	`219.1`	`3.9`	`0.928`	`5`	`4`	`0`	`0.000`
10	`16`		B	`26`	`8`	`13211`	`◊`	C	-x+1,y-1/2,-z-1	`2_644`	`14`	`5`	`13252`	`192.2`	`0.4`	`0.465`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`17`		D	`19`	`6`	`13255`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`13191`	`169.3`	`2.0`	`0.815`	`4`	`6`	`0`	`0.000`
12	`18`		[HBJ]C:804	`17`	`1`	`732`	`◊`	[HBJ]B:804	x,y,z	`1_555`	`17`	`1`	`736`	`140.8`	`-4.4`	`0.940`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
	`19`		[HBJ]D:804	`17`	`1`	`737`	`◊`	[HBJ]A:804	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`17`	`1`	`738`	`138.6`	`-4.4`	`0.939`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
	*Average:*													`139.7`	`-4.4`	`0.940`	`0`	`0`	`0`	`0.001`
13	`20`		D	`23`	`9`	`13255`	`◊`	[BTB]C:810	x,y-1,z	`1_545`	`10`	`1`	`350`	`136.1`	`4.3`	`0.331`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
14	`21`		B	`16`	`4`	`13211`	`◊`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`11`	`3`	`13191`	`124.6`	`1.1`	`0.753`	`4`	`4`	`0`	`0.000`
15	`22`		A	`14`	`4`	`13191`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`17`	`6`	`13211`	`115.6`	`-0.9`	`0.420`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
16	`23`		[K]C:803	`1`	`1`	`216`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`17`	`9`	`13252`	`115.3`	`-108.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
	`24`		[K]A:803	`1`	`1`	`216`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`8`	`13191`	`115.2`	`-108.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
	`25`		[K]D:803	`1`	`1`	`216`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`14`	`8`	`13255`	`115.0`	`-108.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
	`26`		[K]B:803	`1`	`1`	`216`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`7`	`13211`	`114.7`	`-108.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
	*Average:*													`115.0`	`-108.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.074`
17	`27`		[HBJ]D:804	`9`	`1`	`737`	`◊`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`12`	`5`	`13191`	`107.3`	`-3.0`	`0.402`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
	`28`		[HBJ]B:804	`9`	`1`	`736`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`13252`	`105.1`	`-2.9`	`0.413`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
	`29`		D	`12`	`5`	`13255`	`◊`	[HBJ]A:804	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`9`	`1`	`738`	`103.4`	`-2.9`	`0.416`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
	`30`		[HBJ]C:804	`9`	`1`	`732`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`13211`	`103.2`	`-2.8`	`0.446`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
	*Average:*													`104.8`	`-2.9`	`0.419`	`0`	`0`	`0`	`0.002`
18	`31`		[EDO]D:808	`4`	`1`	`184`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`17`	`8`	`13255`	`106.3`	`2.0`	`0.370`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
19	`32`		A	`12`	`4`	`13191`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`9`	`5`	`13211`	`102.3`	`0.1`	`0.536`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
20	`33`		[EDO]B:805	`4`	`1`	`183`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`16`	`9`	`13211`	`99.9`	`2.9`	`0.421`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
21	`34`		[EDO]D:809	`4`	`1`	`184`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`13255`	`93.6`	`2.4`	`0.360`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`35`		[EDO]C:808	`4`	`1`	`184`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`12`	`6`	`13252`	`92.1`	`3.6`	`0.559`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
23	`36`		[EDO]D:810	`4`	`1`	`183`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`12`	`7`	`13255`	`91.9`	`2.9`	`0.435`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`37`		[EDO]C:807	`4`	`1`	`185`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`13252`	`90.0`	`2.6`	`0.339`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`38`		[EDO]C:806	`4`	`1`	`183`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`13252`	`89.1`	`2.5`	`0.477`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
26	`39`		[EDO]D:806	`4`	`1`	`183`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`16`	`7`	`13255`	`85.6`	`2.0`	`0.262`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
27	`40`		[EDO]D:807	`4`	`1`	`184`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`14`	`4`	`13255`	`79.5`	`2.6`	`0.512`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
28	`41`		[BTB]C:810	`6`	`1`	`350`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`13252`	`77.4`	`1.9`	`0.219`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
29	`42`		[EDO]C:805	`4`	`1`	`184`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`8`	`3`	`13252`	`75.4`	`2.8`	`0.489`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`43`		[EDO]A:805	`4`	`1`	`185`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`13211`	`74.5`	`1.5`	`0.199`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`44`		[EDO]A:805	`4`	`1`	`185`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`13191`	`74.0`	`1.6`	`0.193`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`45`		[EDO]D:805	`4`	`1`	`184`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`13255`	`65.5`	`0.7`	`0.163`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
33	`46`		D	`10`	`4`	`13255`	`◊`	[EDO]C:806	-x,y-1/2,-z-1	`2_544`	`4`	`1`	`183`	`65.5`	`1.4`	`0.241`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`47`		[EDO]C:805	`4`	`1`	`184`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`14`	`5`	`13211`	`58.1`	`1.6`	`0.774`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
35	`48`		[EDO]D:807	`4`	`1`	`184`	`f`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`13`	`5`	`13191`	`57.8`	`1.4`	`0.784`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
36	`49`		[EDO]C:809	`4`	`1`	`185`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`13252`	`54.9`	`1.0`	`0.733`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
37	`50`		[EDO]D:805	`3`	`1`	`184`	`f`	[HBJ]D:804	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`737`	`49.3`	`0.5`	`0.335`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`51`		D	`3`	`1`	`13255`	`◊`	A	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`3`	`1`	`13191`	`43.3`	`1.7`	`0.930`	`2`	`4`	`0`	`0.000`
	`52`		C	`1`	`1`	`13252`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`13211`	`4.7`	`0.2`	`0.818`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`24.0`	`0.9`	`0.874`	`1`	`2`	`0`	`0.000`
39	`53`		[EDO]D:806	`3`	`1`	`183`	`◊`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`5`	`2`	`13191`	`42.9`	`1.0`	`0.667`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`54`		[ZN]B:801	`1`	`1`	`98`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`7`	`13211`	`37.6`	`-27.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
	`55`		[ZN]C:801	`1`	`1`	`98`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`7`	`13252`	`37.6`	`-27.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
	`56`		[ZN]D:801	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`7`	`7`	`13255`	`37.5`	`-26.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
	`57`		[ZN]A:801	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`7`	`13191`	`37.3`	`-27.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
	*Average:*													`37.5`	`-27.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
41	`58`		[HBJ]B:804	`3`	`1`	`736`	`cf`	[ZN]B:801	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.9`	`-11.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
	`59`		[HBJ]C:804	`4`	`1`	`732`	`cf`	[ZN]C:801	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.3`	`-12.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
	`60`		[HBJ]D:804	`4`	`1`	`737`	`cf`	[ZN]D:801	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.2`	`-11.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
	`61`		[HBJ]A:804	`4`	`1`	`738`	`cf`	[ZN]A:801	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`30.1`	`-11.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
	*Average:*													`30.4`	`-11.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.008`
42	`62`		[EDO]D:805	`3`	`1`	`184`	`◊`	[HBJ]A:804	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`2`	`1`	`738`	`29.4`	`0.2`	`0.726`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`63`		[EDO]D:807	`4`	`1`	`184`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`4`	`3`	`13211`	`25.3`	`0.3`	`0.566`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`64`		[EDO]C:805	`3`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`13191`	`24.1`	`0.0`	`0.620`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`65`		[EDO]D:806	`3`	`1`	`183`	`f`	[EDO]D:805	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`184`	`20.9`	`1.2`	`1.000`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`66`		[EDO]D:805	`2`	`1`	`184`	`◊`	A	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`2`	`1`	`13191`	`15.5`	`0.6`	`0.905`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`67`		[EDO]D:808	`1`	`1`	`184`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`13211`	`5.4`	`0.1`	`0.830`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`68`		[EDO]D:806	`1`	`1`	`183`	`f`	[HBJ]D:804	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`737`	`3.4`	`-0.0`	`0.870`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`69`		[EDO]D:810	`2`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`13191`	`2.0`	`0.1`	`0.888`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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