PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=331-31-310)

Interfaces in PDB 6kdk crystal.
Space symmetry group: H 3. Resolution: 2.56 Å

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE WITH Q151M/Y115F/F116Y:DNA:DCTP TERNARY COMPLEX

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		D	`301`	`76`	`21343`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`312`	`86`	`28983`	`2858.3`	`-26.7`	`0.177`	`33`	`6`	`0`	`0.677`
	`2`		B	`297`	`75`	`21937`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`316`	`86`	`28427`	`2827.8`	`-25.6`	`0.191`	`32`	`6`	`0`	`0.677`
	*Average:*													`2843.0`	`-26.2`	`0.184`	`33`	`6`	`0`	`0.677`
2	`3`		F	`216`	`24`	`7392`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`232`	`70`	`28983`	`1868.7`	`-14.7`	`0.499`	`18`	`0`	`0`	`0.656`
3	`4`		E	`188`	`23`	`6810`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`219`	`65`	`28427`	`1761.8`	`-16.9`	`0.344`	`16`	`0`	`0`	`0.636`
4	`5`		C	`76`	`27`	`28983`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`75`	`26`	`28427`	`744.8`	`-8.2`	`0.219`	`5`	`2`	`0`	`0.000`
5	`6`		D	`72`	`18`	`21343`	`x`	D	-x+y+5/3,-x+7/3,z+1/3	`6_675`	`62`	`19`	`21343`	`578.6`	`-8.4`	`0.160`	`2`	`1`	`0`	`0.000`
6	`7`		B	`42`	`15`	`21937`	`◊`	A	-y+2,x-y+1,z	`2_765`	`38`	`12`	`28427`	`362.0`	`0.8`	`0.723`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
7	`8`		[DCP]C:601	`27`	`1`	`547`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`48`	`18`	`28983`	`320.0`	`0.3`	`0.594`	`10`	`0`	`0`	`0.120`
	`9`		[DCP]A:601	`27`	`1`	`548`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`48`	`19`	`28427`	`317.5`	`-0.3`	`0.556`	`9`	`0`	`0`	`0.120`
	*Average:*													`318.8`	`-0.0`	`0.575`	`10`	`0`	`0`	`0.120`
8	`10`		A	`35`	`10`	`28427`	`x`	A	x,y,z-1	`1_554`	`33`	`9`	`28427`	`284.9`	`-1.8`	`0.490`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
9	`11`		[SUC]B:703	`20`	`1`	`458`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`35`	`13`	`21937`	`275.2`	`4.7`	`0.699`	`7`	`0`	`0`	`0.000`
10	`12`		F	`27`	`3`	`7392`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`40`	`12`	`28427`	`265.4`	`-2.7`	`0.580`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
11	`13`		[OMC]F:4	`20`	`1`	`472`	`cf`	F	x,y,z	`1_555`	`33`	`5`	`7392`	`243.3`	`4.1`	`0.842`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
12	`14`		[OMC]E:4	`20`	`1`	`470`	`cf`	E	x,y,z	`1_555`	`33`	`5`	`6810`	`243.0`	`4.1`	`0.832`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		[OMC]F:2	`20`	`1`	`473`	`cf`	F	x,y,z	`1_555`	`30`	`5`	`7392`	`241.4`	`3.5`	`0.807`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
14	`16`		[OMC]E:2	`20`	`1`	`469`	`cf`	E	x,y,z	`1_555`	`31`	`5`	`6810`	`238.9`	`3.5`	`0.828`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
15	`17`		C	`28`	`9`	`28983`	`◊`	A	-y+8/3,x-y+4/3,z-2/3	`5_764`	`24`	`7`	`28427`	`231.6`	`-0.3`	`0.658`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
16	`18`		D	`27`	`7`	`21343`	`◊`	A	-x+y+5/3,-x+7/3,z-2/3	`6_674`	`25`	`7`	`28427`	`212.3`	`-1.0`	`0.563`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`19`		B	`19`	`5`	`21937`	`◊`	E	-y+2,x-y+1,z	`2_765`	`25`	`3`	`6810`	`187.3`	`-4.3`	`0.433`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
18	`20`		C	`18`	`5`	`28983`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`19`	`7`	`28427`	`164.4`	`-1.4`	`0.425`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`21`		[OMC]F:2	`13`	`1`	`473`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`22`	`8`	`28983`	`162.4`	`-1.7`	`0.397`	`1`	`0`	`0`	`0.066`
	`22`		[OMC]E:2	`13`	`1`	`469`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`21`	`8`	`28427`	`159.6`	`-2.0`	`0.354`	`1`	`0`	`0`	`0.066`
	*Average:*													`161.0`	`-1.9`	`0.376`	`1`	`0`	`0`	`0.066`
20	`23`		C	`21`	`7`	`28983`	`◊`	B	-y+8/3,x-y+4/3,z-2/3	`5_764`	`17`	`6`	`21937`	`159.4`	`0.5`	`0.742`	`3`	`1`	`0`	`0.000`
21	`24`		E	`22`	`6`	`6810`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`20`	`9`	`21937`	`147.9`	`-3.8`	`0.477`	`0`	`0`	`0`	`0.044`
22	`25`		[DCP]C:601	`16`	`1`	`547`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`18`	`3`	`7392`	`139.1`	`2.5`	`0.776`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
23	`26`		[DCP]A:601	`16`	`1`	`548`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`19`	`3`	`6810`	`138.8`	`2.2`	`0.762`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
24	`27`		F	`18`	`6`	`7392`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`17`	`8`	`21343`	`119.6`	`-4.8`	`0.300`	`0`	`0`	`0`	`0.055`
25	`28`		[GOL]B:701	`6`	`1`	`219`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`24`	`11`	`28427`	`117.7`	`-0.3`	`0.612`	`2`	`0`	`0`	`0.032`
26	`29`		[GOL]C:602	`6`	`1`	`218`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`22`	`9`	`28983`	`110.8`	`0.4`	`0.702`	`4`	`0`	`0`	`0.040`
27	`30`		[GOL]D:501	`6`	`1`	`218`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`15`	`7`	`21343`	`108.6`	`-0.2`	`0.609`	`4`	`0`	`0`	`0.100`
28	`31`		[GOL]B:702	`6`	`1`	`216`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`15`	`7`	`21937`	`107.5`	`-0.2`	`0.614`	`3`	`0`	`0`	`0.100`
29	`32`		B	`13`	`3`	`21937`	`◊`	C	-y+2,x-y+1,z	`2_765`	`13`	`4`	`28983`	`99.7`	`-0.5`	`0.541`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`33`		D	`10`	`4`	`21343`	`◊`	F	-x+y+5/3,-x+7/3,z+1/3	`6_675`	`15`	`3`	`7392`	`92.9`	`-1.9`	`0.493`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
31	`34`		[GOL]B:702	`6`	`1`	`216`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`3`	`28427`	`86.7`	`-1.1`	`0.351`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
32	`35`		[GOL]D:501	`6`	`1`	`218`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`11`	`3`	`28983`	`86.5`	`-1.4`	`0.310`	`0`	`0`	`0`	`0.023`
33	`36`		[OMC]F:4	`12`	`1`	`472`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`28983`	`85.8`	`0.3`	`0.493`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`37`		[OMC]E:4	`12`	`1`	`470`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`4`	`28427`	`85.8`	`0.3`	`0.461`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`85.8`	`0.3`	`0.477`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`38`		D	`9`	`4`	`21343`	`◊`	C	-x+y+5/3,-x+7/3,z-2/3	`6_674`	`8`	`3`	`28983`	`71.0`	`-1.0`	`0.385`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`39`		[GOL]C:602	`5`	`1`	`218`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`21343`	`67.2`	`-0.8`	`0.418`	`1`	`0`	`0`	`0.020`
36	`40`		D	`6`	`1`	`21343`	`◊`	E	-x+y+5/3,-x+7/3,z-2/3	`6_674`	`12`	`1`	`6810`	`64.2`	`1.0`	`0.795`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
37	`41`		[GOL]B:701	`5`	`1`	`219`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`21937`	`64.1`	`-0.2`	`0.487`	`2`	`0`	`0`	`0.019`
38	`42`		D	`5`	`3`	`21343`	`◊`	B	-y+8/3,x-y+4/3,z-2/3	`5_764`	`9`	`2`	`21937`	`41.8`	`0.3`	`0.723`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`43`		[MG]A:602	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`7`	`28427`	`35.6`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.149`
	`44`		[MG]C:603	`1`	`1`	`98`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`11`	`7`	`28983`	`34.6`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.149`
	*Average:*													`35.1`	`-5.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.149`
40	`45`		[MG]C:603	`1`	`1`	`98`	`f`	[DCP]C:601	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`547`	`33.0`	`-4.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.140`
	`46`		[MG]A:602	`1`	`1`	`98`	`f`	[DCP]A:601	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`548`	`32.6`	`-5.0`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.140`
	*Average:*													`32.8`	`-4.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.140`
41	`47`		C	`4`	`1`	`28983`	`◊`	D	-x+y+5/3,-x+7/3,z+1/3	`6_675`	`2`	`1`	`21343`	`31.1`	`0.2`	`0.685`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`48`		[OMC]E:4	`3`	`1`	`470`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`21937`	`28.4`	`-0.7`	`0.441`	`1`	`0`	`0`	`0.018`
	`49`		[OMC]F:4	`3`	`1`	`472`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`21343`	`28.2`	`-1.6`	`0.255`	`0`	`0`	`0`	`0.018`
	*Average:*													`28.3`	`-1.1`	`0.348`	`1`	`0`	`0`	`0.018`
43	`50`		B	`8`	`3`	`21937`	`◊`	A	x,y,z-1	`1_554`	`6`	`2`	`28427`	`25.4`	`-0.1`	`0.616`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`51`		D	`2`	`1`	`21343`	`x`	D	-x+y+5/3,-x+7/3,z-2/3	`6_674`	`3`	`2`	`21343`	`20.2`	`0.2`	`0.538`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`52`		[SUC]B:703	`1`	`1`	`458`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`6810`	`15.1`	`-1.1`	`0.187`	`0`	`0`	`0`	`0.030`
46	`53`		[OMC]F:4	`2`	`1`	`472`	`◊`	[GOL]D:501	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`218`	`5.9`	`0.1`	`0.548`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`54`		[OMC]E:4	`1`	`1`	`470`	`◊`	[GOL]B:702	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`216`	`3.6`	`0.1`	`0.463`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`55`		[MG]C:603	`1`	`1`	`98`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`7392`	`1.9`	`-0.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.006`
49	`56`		[MG]A:602	`1`	`1`	`98`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`6810`	`0.6`	`-0.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.002`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

Protein Data Bank
in Europe

Bringing Structure to Biology

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