PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=772-D9-49I)

Interfaces in PDB 6mek crystal.
Space symmetry group: P 21 21 21. Resolution: 3.10 Å

BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODIES AGAINST HCV USE A CDRH3 DISULFIDE MOTIF TO RECOGNIZE AN E2 GLYCOPROTEIN SITE THAT CAN BE TARGETED FOR VACCINE DESIGN

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		L	`205`	`55`	`11625`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`210`	`57`	`12292`	`1953.3`	`-20.1`	`0.201`	`15`	`6`	`0`	`1.000`
	`2`		D	`187`	`56`	`11746`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`204`	`59`	`12038`	`1804.3`	`-23.2`	`0.071`	`14`	`5`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`1878.8`	`-21.7`	`0.136`	`15`	`6`	`0`	`1.000`
2	`3`		I	`173`	`51`	`11528`	`◊`	G	x,y,z	`1_555`	`184`	`52`	`11680`	`1664.2`	`-28.0`	`0.032`	`14`	`0`	`0`	`1.000`
	`4`		F	`160`	`47`	`11448`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`174`	`51`	`11407`	`1597.1`	`-23.9`	`0.100`	`16`	`2`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`1630.6`	`-26.0`	`0.066`	`15`	`1`	`0`	`1.000`
3	`5`		H	`98`	`26`	`12292`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`111`	`23`	`9904`	`979.5`	`-6.7`	`0.621`	`13`	`3`	`0`	`1.000`
	`6`		B	`99`	`28`	`12038`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`110`	`23`	`9517`	`955.9`	`-9.4`	`0.420`	`16`	`3`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`967.7`	`-8.1`	`0.521`	`15`	`3`	`0`	`1.000`
4	`7`		E	`75`	`28`	`11407`	`◊`	D	x-1/2,-y+3/2,-z	`4_465`	`84`	`27`	`11746`	`712.3`	`-3.6`	`0.623`	`9`	`0`	`0`	`0.000`
5	`8`		F	`73`	`15`	`11448`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`72`	`24`	`9904`	`623.7`	`-10.1`	`0.191`	`4`	`0`	`0`	`0.553`
6	`9`		I	`74`	`16`	`11528`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`69`	`24`	`9517`	`615.0`	`-7.7`	`0.336`	`11`	`0`	`0`	`0.367`
7	`10`		L	`59`	`23`	`11625`	`◊`	I	-x,y-1/2,-z-1/2	`3_544`	`55`	`16`	`11528`	`514.0`	`-1.7`	`0.545`	`8`	`0`	`0`	`0.000`
8	`11`		B	`49`	`17`	`12038`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`52`	`16`	`9904`	`465.8`	`-5.1`	`0.421`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`12`		H	`40`	`15`	`12292`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`47`	`14`	`9517`	`412.7`	`-5.1`	`0.350`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`439.2`	`-5.1`	`0.385`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
9	`13`		F	`47`	`19`	`11448`	`◊`	H	x-1/2,-y+1/2,-z	`4_455`	`46`	`12`	`12292`	`438.6`	`-0.2`	`0.748`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
10	`14`		I	`47`	`15`	`11528`	`◊`	E	-x-1/2,-y+1,z-1/2	`2_464`	`46`	`13`	`11407`	`366.9`	`-1.6`	`0.707`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`15`		G	`38`	`12`	`11680`	`◊`	F	-x-1/2,-y+1,z-1/2	`2_464`	`29`	`9`	`11448`	`259.3`	`-3.2`	`0.439`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`313.1`	`-2.4`	`0.573`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
11	`16`		I	`37`	`13`	`11528`	`◊`	F	-x-1/2,-y+1,z-1/2	`2_464`	`35`	`13`	`11448`	`320.0`	`-3.0`	`0.481`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
12	`17`		G	`41`	`15`	`11680`	`◊`	E	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`35`	`14`	`11407`	`291.8`	`-3.2`	`0.503`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`18`		I	`31`	`12`	`11528`	`◊`	F	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`29`	`8`	`11448`	`270.2`	`-0.2`	`0.689`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
14	`19`		G	`28`	`11`	`11680`	`◊`	B	-x+1,y-1/2,-z-1/2	`3_644`	`28`	`8`	`12038`	`230.5`	`-0.4`	`0.704`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
15	`20`		[NAG]A:5408	`12`	`1`	`360`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`17`	`7`	`9517`	`156.8`	`3.9`	`0.476`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
16	`21`		[NAG]C:4312	`12`	`1`	`360`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`24`	`8`	`9904`	`156.7`	`3.7`	`0.425`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`22`		F	`20`	`9`	`11448`	`◊`	L	x-1/2,-y+1/2,-z	`4_455`	`11`	`6`	`11625`	`147.1`	`-1.1`	`0.495`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`23`		E	`15`	`6`	`11407`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`17`	`6`	`9904`	`146.5`	`0.1`	`0.750`	`2`	`2`	`0`	`0.020`
19	`24`		[NAG]A:5402	`13`	`1`	`355`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`18`	`9`	`9517`	`144.6`	`3.4`	`0.375`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`25`		[NAG]C:4305	`13`	`1`	`357`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`18`	`6`	`9904`	`142.6`	`3.3`	`0.352`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
21	`26`		G	`15`	`5`	`11680`	`◊`	C	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`20`	`5`	`9904`	`141.6`	`-0.1`	`0.713`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
22	`27`		I	`16`	`3`	`11528`	`◊`	E	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`14`	`5`	`11407`	`114.6`	`-0.6`	`0.627`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`28`		[NAG]C:4302	`11`	`1`	`360`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`9904`	`114.1`	`2.2`	`0.324`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`29`		D	`16`	`5`	`11746`	`x`	D	x-1/2,-y+3/2,-z	`4_465`	`13`	`7`	`11746`	`113.2`	`-1.7`	`0.317`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`30`		[NAG]C:4310	`9`	`1`	`352`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`14`	`3`	`9904`	`107.6`	`2.3`	`0.370`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
26	`31`		[NAG]C:4301	`8`	`1`	`361`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`9904`	`90.1`	`1.7`	`0.347`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
27	`32`		[NAG]A:5406	`7`	`1`	`355`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`9517`	`86.4`	`2.1`	`0.422`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`33`		[NAG]A:5401	`10`	`1`	`358`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`9517`	`86.1`	`1.9`	`0.330`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`34`		G	`11`	`5`	`11680`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`10`	`5`	`9517`	`84.4`	`0.7`	`0.751`	`1`	`2`	`0`	`0.000`
30	`35`		[NAG]C:4306	`8`	`1`	`352`	`cf`	[NAG]C:4305	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`357`	`80.8`	`2.0`	`0.104`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
31	`36`		L	`9`	`2`	`11625`	`◊`	G	-x,y-1/2,-z-1/2	`3_544`	`10`	`2`	`11680`	`77.2`	`0.9`	`0.806`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
32	`37`		[NAG]A:5409	`10`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]A:5408	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`360`	`75.9`	`1.8`	`0.087`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
33	`38`		[NAG]C:4311	`10`	`1`	`361`	`cf`	[NAG]C:4310	x,y,z	`1_555`	`8`	`1`	`352`	`73.7`	`2.1`	`0.066`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`39`		[NAG]C:4303	`9`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]C:4302	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`360`	`73.7`	`2.0`	`0.115`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`40`		[NAG]A:5407	`8`	`1`	`362`	`cf`	[NAG]A:5406	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`355`	`72.7`	`2.0`	`0.115`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`41`		[NAG]A:5403	`9`	`1`	`350`	`cf`	[NAG]A:5402	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`355`	`71.6`	`1.4`	`0.091`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
37	`42`		[NAG]C:4313	`9`	`1`	`359`	`cf`	[NAG]C:4312	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`360`	`70.8`	`1.9`	`0.096`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`43`		[BMA]A:5404	`5`	`1`	`294`	`cf`	[NAG]A:5403	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`350`	`65.2`	`1.7`	`0.171`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`44`		[NAG]C:4302	`5`	`1`	`360`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`10`	`3`	`11448`	`64.9`	`1.3`	`0.407`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
40	`45`		[BMA]C:4307	`5`	`1`	`289`	`cf`	[NAG]C:4306	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`352`	`61.9`	`1.1`	`0.146`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`46`		[MAN]C:4308	`6`	`1`	`291`	`cf`	[BMA]C:4307	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`289`	`61.2`	`3.0`	`0.253`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`47`		[BMA]C:4314	`6`	`1`	`292`	`cf`	[NAG]C:4313	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`359`	`59.4`	`1.1`	`0.107`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`48`		[MAN]C:4309	`7`	`1`	`294`	`cf`	[BMA]C:4307	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`289`	`59.4`	`2.7`	`0.182`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`49`		C	`4`	`1`	`9904`	`◊`	D	x-1/2,-y+3/2,-z	`4_465`	`3`	`2`	`11746`	`58.9`	`-0.5`	`0.386`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
45	`50`		[MAN]A:5405	`6`	`1`	`296`	`cf`	[BMA]A:5404	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`294`	`58.1`	`2.5`	`0.257`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`51`		[BMA]C:4304	`7`	`1`	`296`	`cf`	[NAG]C:4303	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`363`	`57.9`	`1.4`	`0.115`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`52`		[NAG]C:4313	`6`	`1`	`359`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`9904`	`56.6`	`0.5`	`0.248`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`53`		[NAG]C:4301	`8`	`1`	`361`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`11625`	`56.1`	`1.4`	`0.289`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`54`		[BMA]A:5410	`7`	`1`	`299`	`cf`	[NAG]A:5409	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`363`	`56.0`	`1.2`	`0.104`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`55`		[NAG]A:5401	`3`	`1`	`358`	`◊`	I	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`11528`	`51.0`	`1.3`	`0.512`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`56`		[NAG]A:5406	`7`	`1`	`355`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`11746`	`48.0`	`1.8`	`0.380`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`57`		[NAG]A:5406	`5`	`1`	`355`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`12038`	`47.0`	`0.8`	`0.278`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`58`		[NAG]A:5403	`5`	`1`	`350`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`3`	`9517`	`45.4`	`-0.0`	`0.283`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`59`		G	`5`	`4`	`11680`	`◊`	D	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`5`	`1`	`11746`	`44.3`	`-0.9`	`0.330`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`60`		[NAG]C:4301	`4`	`1`	`361`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`12292`	`42.6`	`0.7`	`0.381`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`61`		[NAG]A:5409	`3`	`1`	`363`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`9517`	`36.2`	`0.2`	`0.302`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`62`		[NAG]A:5407	`4`	`1`	`362`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`11746`	`35.2`	`0.4`	`0.262`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`63`		[MAN]A:5405	`3`	`1`	`296`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`2`	`9517`	`31.8`	`0.2`	`0.397`	`1`	`0`	`0`	`0.011`
59	`64`		[NAG]A:5407	`3`	`1`	`362`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`9517`	`31.0`	`0.6`	`0.454`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`65`		[MAN]C:4309	`2`	`1`	`294`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`2`	`2`	`12038`	`25.2`	`0.9`	`0.502`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`66`		[MAN]A:5405	`4`	`1`	`296`	`f`	[NAG]A:5403	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`350`	`23.7`	`0.7`	`0.161`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
62	`67`		[BMA]C:4314	`3`	`1`	`292`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`11746`	`23.4`	`0.5`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`68`		L	`2`	`1`	`11625`	`◊`	[MAN]A:5405	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`1`	`296`	`23.1`	`0.7`	`0.340`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
64	`69`		[MAN]C:4309	`5`	`1`	`294`	`f`	[NAG]C:4306	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`352`	`21.6`	`0.4`	`0.146`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
65	`70`		G	`3`	`1`	`11680`	`◊`	E	-x-1/2,-y+1,z-1/2	`2_464`	`1`	`1`	`11407`	`19.4`	`0.4`	`0.833`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
66	`71`		[NAG]C:4303	`1`	`1`	`363`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`3`	`3`	`9904`	`16.5`	`0.4`	`0.616`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
67	`72`		[BMA]C:4314	`2`	`1`	`292`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`2`	`2`	`12292`	`16.4`	`0.4`	`0.436`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
68	`73`		[NAG]C:4306	`3`	`1`	`352`	`f`	C	x,y,z	`1_555`	`5`	`3`	`9904`	`15.4`	`0.3`	`0.384`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
69	`74`		L	`3`	`2`	`11625`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9904`	`12.6`	`0.2`	`0.713`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`75`		D	`2`	`2`	`11746`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`9517`	`8.3`	`0.0`	`0.657`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`10.5`	`0.1`	`0.685`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
70	`76`		[BMA]A:5404	`3`	`1`	`294`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`9517`	`12.4`	`0.2`	`0.333`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
71	`77`		[BMA]A:5410	`1`	`1`	`299`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`12292`	`10.8`	`0.2`	`0.389`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
72	`78`		[MAN]C:4308	`3`	`1`	`291`	`f`	[NAG]C:4306	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`352`	`10.8`	`0.5`	`0.300`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
73	`79`		[MAN]C:4308	`3`	`1`	`291`	`◊`	B	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`12038`	`10.6`	`0.0`	`0.245`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
74	`80`		A	`2`	`1`	`9517`	`◊`	E	-x+1/2,-y+1,z-1/2	`2_564`	`2`	`1`	`11407`	`9.6`	`-0.1`	`0.518`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
75	`81`		L	`1`	`1`	`11625`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`9517`	`5.1`	`-0.0`	`0.497`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
76	`82`		[NAG]C:4313	`1`	`1`	`359`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`11746`	`1.8`	`-0.0`	`0.317`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
77	`83`		[BMA]A:5404	`1`	`1`	`294`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`12038`	`1.8`	`0.0`	`0.362`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
78	`84`		E	`1`	`1`	`11407`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`11746`	`1.7`	`0.1`	`0.736`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
79	`85`		L	`1`	`1`	`11625`	`◊`	[BMA]A:5404	x-1,y,z	`1_455`	`1`	`1`	`294`	`0.4`	`0.0`	`0.342`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

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