PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=273-4I-636)

Interfaces in PDB 6v08 crystal.
Space symmetry group: C 2 2 21. Resolution: 2.58 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RECOMBINANT BETA-2 GLYCOPROTEIN I (HRB2GPI)

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		A	`117`	`36`	`20671`	`◊`	A	x,-y,-z	`4_555`	`117`	`36`	`20671`	`1110.5`	`-9.1`	`0.386`	`14`	`2`	`0`	`0.072`
2	`2`		A	`54`	`17`	`20671`	`◊`	A	-x+1,y,-z+1/2	`3_655`	`54`	`17`	`20671`	`498.8`	`-6.8`	`0.243`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
3	`3`		A	`40`	`12`	`20671`	`x`	A	-x+1/2,-y+1/2,z-1/2	`6_554`	`40`	`13`	`20671`	`366.3`	`-3.1`	`0.443`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
4	`4`		A	`27`	`9`	`20671`	`◊`	A	-x,y,-z-1/2	`3_554`	`27`	`9`	`20671`	`273.6`	`-5.8`	`0.113`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
5	`5`		[NAG]A:419	`12`	`1`	`365`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`20671`	`127.3`	`3.0`	`0.328`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
6	`6`		[NAG]A:409	`11`	`1`	`365`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`18`	`5`	`20671`	`119.4`	`3.8`	`0.435`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
7	`7`		[SO4]A:435	`5`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`5`	`20671`	`111.0`	`-16.6`	`0.583`	`2`	`0`	`0`	`0.163`
8	`8`		[SO4]A:427	`5`	`1`	`185`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`7`	`20671`	`100.3`	`-16.6`	`0.668`	`2`	`0`	`0`	`0.162`
9	`9`		[NAG]A:405	`10`	`1`	`362`	`◊`	A	-x,y,-z+1/2	`3_555`	`10`	`5`	`20671`	`99.3`	`1.2`	`0.211`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
10	`10`		[SO4]A:426	`5`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`17`	`7`	`20671`	`95.6`	`-14.0`	`0.640`	`0`	`0`	`0`	`0.130`
11	`11`		[SO4]A:431	`5`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`16`	`6`	`20671`	`92.1`	`-12.3`	`0.849`	`4`	`0`	`0`	`0.130`
12	`12`		[NAG]A:410	`9`	`1`	`364`	`cf`	[NAG]A:409	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`365`	`85.5`	`2.5`	`0.116`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`13`		[SO4]A:434	`5`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`20671`	`84.4`	`-12.6`	`0.757`	`2`	`0`	`0`	`0.125`
14	`14`		[NAG]A:417	`9`	`1`	`357`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`11`	`3`	`20671`	`81.7`	`2.8`	`0.433`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`15`		[SO4]A:424	`5`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`15`	`4`	`20671`	`80.4`	`-11.6`	`0.805`	`2`	`0`	`0`	`0.116`
16	`16`		[SO4]A:429	`5`	`1`	`185`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`4`	`20671`	`80.3`	`-10.8`	`0.856`	`2`	`0`	`0`	`0.109`
17	`17`		[SO4]A:432	`5`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`13`	`5`	`20671`	`79.5`	`-11.2`	`0.778`	`5`	`0`	`0`	`0.124`
18	`18`		[SO4]A:425	`5`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`14`	`5`	`20671`	`78.7`	`-11.4`	`0.728`	`2`	`0`	`0`	`0.114`
19	`19`		[NAG]A:402	`10`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]A:401	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`359`	`75.8`	`2.1`	`0.084`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`20`		[NAG]A:418	`9`	`1`	`364`	`cf`	[NAG]A:417	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`357`	`72.9`	`1.9`	`0.104`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`74.4`	`2.0`	`0.094`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
20	`21`		[SO4]A:433	`5`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`12`	`5`	`20671`	`75.7`	`-10.9`	`0.763`	`2`	`0`	`0`	`0.110`
21	`22`		[MAN]A:415	`7`	`1`	`293`	`cf`	[NAG]A:416	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`363`	`72.1`	`2.7`	`0.233`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`23`		[NAG]A:401	`7`	`1`	`359`	`cf`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`20671`	`71.4`	`2.4`	`0.456`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
23	`24`		[NAG]A:420	`10`	`1`	`362`	`cf`	[NAG]A:419	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`365`	`68.7`	`1.4`	`0.065`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`25`		[NAG]A:409	`7`	`1`	`365`	`◊`	A	x,-y,-z	`4_555`	`7`	`3`	`20671`	`65.9`	`0.7`	`0.266`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
25	`26`		[SO4]A:428	`5`	`1`	`183`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`20671`	`65.1`	`-8.9`	`0.810`	`2`	`0`	`0`	`0.091`
26	`27`		[MAN]A:404	`5`	`1`	`290`	`cf`	[NAG]A:405	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`362`	`64.6`	`3.1`	`0.199`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`28`		[MAN]A:406	`6`	`1`	`286`	`◊`	A	-x,y,-z+1/2	`3_555`	`14`	`6`	`20671`	`64.3`	`1.1`	`0.414`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`29`		[MAN]A:406	`6`	`1`	`286`	`cf`	[NAG]A:405	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`362`	`62.8`	`0.5`	`0.095`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`30`		[MAN]A:412	`5`	`1`	`291`	`cf`	[NAG]A:413	x,y,z	`1_555`	`9`	`1`	`365`	`62.8`	`2.3`	`0.150`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`31`		[MAN]A:423	`5`	`1`	`298`	`cf`	[MAN]A:421	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`291`	`62.1`	`2.5`	`0.305`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`32`		[MAN]A:421	`6`	`1`	`291`	`cf`	[BMA]A:422	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`295`	`60.8`	`1.8`	`0.184`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`33`		[MAN]A:407	`6`	`1`	`293`	`cf`	[NAG]A:408	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`364`	`60.3`	`2.7`	`0.183`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
33	`34`		[MAN]A:421	`5`	`1`	`291`	`cf`	[NAG]A:420	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`362`	`60.2`	`1.2`	`0.134`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`35`		[MAN]A:404	`6`	`1`	`290`	`cf`	[BMA]A:403	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`296`	`59.1`	`2.5`	`0.264`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`36`		[BMA]A:403	`5`	`1`	`296`	`cf`	[NAG]A:402	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`363`	`58.3`	`0.4`	`0.078`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`37`		[BMA]A:411	`6`	`1`	`293`	`cf`	[NAG]A:410	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`364`	`56.8`	`1.4`	`0.163`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`38`		[MAN]A:412	`6`	`1`	`291`	`cf`	[BMA]A:411	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`293`	`55.1`	`2.5`	`0.255`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`39`		[MAN]A:415	`6`	`1`	`293`	`cf`	[BMA]A:411	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`293`	`55.0`	`2.4`	`0.325`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`40`		[BMA]A:414	`5`	`1`	`295`	`cf`	[NAG]A:413	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`365`	`52.6`	`1.0`	`0.137`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`41`		[NAG]A:410	`5`	`1`	`364`	`◊`	A	x,-y,-z	`4_555`	`7`	`3`	`20671`	`50.2`	`1.9`	`0.498`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`42`		[BMA]A:403	`6`	`1`	`296`	`f`	[NAG]A:405	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`362`	`50.2`	`2.0`	`0.225`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`43`		[MAN]A:407	`4`	`1`	`293`	`cf`	[BMA]A:403	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`296`	`48.9`	`2.2`	`0.257`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`44`		A	`6`	`2`	`20671`	`◊`	[NAG]A:405	-x,-y,z-1/2	`2_554`	`4`	`1`	`362`	`48.3`	`1.4`	`0.454`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
44	`45`		[SO4]A:430	`5`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`20671`	`47.6`	`-5.8`	`0.934`	`1`	`0`	`0`	`0.058`
45	`46`		A	`6`	`2`	`20671`	`◊`	[MAN]A:404	-x,-y,z-1/2	`2_554`	`6`	`1`	`290`	`45.2`	`-0.2`	`0.158`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`47`		[BMA]A:403	`5`	`1`	`296`	`f`	[NAG]A:408	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`364`	`41.8`	`2.1`	`0.299`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`48`		[NAG]A:410	`4`	`1`	`364`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`20671`	`35.3`	`0.9`	`0.406`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`49`		[NAG]A:408	`4`	`1`	`364`	`◊`	A	-x,y,-z+1/2	`3_555`	`4`	`2`	`20671`	`35.0`	`-0.1`	`0.237`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`50`		[BMA]A:411	`3`	`1`	`293`	`f`	[NAG]A:413	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`365`	`25.4`	`0.7`	`0.179`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`51`		[SO4]A:431	`4`	`1`	`183`	`◊`	A	x,-y,-z	`4_555`	`3`	`1`	`20671`	`23.6`	`-2.5`	`0.892`	`0`	`0`	`0`	`0.023`
51	`52`		[NAG]A:408	`4`	`1`	`364`	`f`	[NAG]A:405	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`362`	`23.5`	`1.0`	`0.235`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`53`		A	`1`	`1`	`20671`	`◊`	[MAN]A:406	-x,-y,z-1/2	`2_554`	`3`	`1`	`286`	`23.4`	`-0.1`	`0.269`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
53	`54`		[MAN]A:404	`4`	`1`	`290`	`f`	[NAG]A:402	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`363`	`23.3`	`0.9`	`0.160`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`55`		[MAN]A:404	`3`	`1`	`290`	`◊`	A	-x,y,-z+1/2	`3_555`	`3`	`2`	`20671`	`22.1`	`-0.0`	`0.273`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`56`		[BMA]A:411	`2`	`1`	`293`	`f`	[NAG]A:416	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`363`	`21.5`	`1.1`	`0.253`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`57`		[BMA]A:422	`3`	`1`	`295`	`f`	[NAG]A:420	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`362`	`20.2`	`0.2`	`0.197`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`58`		[MAN]A:407	`4`	`1`	`293`	`◊`	A	-x,y,-z+1/2	`3_555`	`2`	`2`	`20671`	`18.5`	`-0.0`	`0.164`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`59`		[NAG]A:420	`3`	`1`	`362`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`20671`	`16.2`	`0.1`	`0.182`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
59	`60`		[MAN]A:407	`3`	`1`	`293`	`f`	[NAG]A:405	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`362`	`16.0`	`1.0`	`0.488`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`61`		[SO4]A:434	`2`	`1`	`184`	`f`	[SO4]A:430	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`184`	`13.7`	`-3.2`	`0.976`	`0`	`0`	`0`	`0.030`
61	`62`		[NAG]A:408	`2`	`1`	`364`	`f`	[NAG]A:402	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`363`	`13.1`	`0.4`	`0.176`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`63`		[SO4]A:433	`1`	`1`	`183`	`◊`	[SO4]A:433	-x,y,-z-1/2	`3_554`	`1`	`1`	`183`	`9.4`	`-2.3`	`0.800`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`64`		[NAG]A:418	`2`	`1`	`364`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`20671`	`9.2`	`0.3`	`0.388`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`65`		[MAN]A:423	`1`	`1`	`298`	`f`	[BMA]A:422	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`295`	`8.6`	`0.4`	`0.219`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
65	`66`		[MAN]A:415	`2`	`1`	`293`	`f`	[NAG]A:413	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`365`	`7.7`	`0.2`	`0.275`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
66	`67`		[BMA]A:403	`3`	`1`	`296`	`◊`	A	-x,y,-z+1/2	`3_555`	`1`	`1`	`20671`	`6.9`	`-0.2`	`0.219`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
67	`68`		[MAN]A:412	`1`	`1`	`291`	`f`	[NAG]A:410	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`364`	`5.7`	`0.2`	`0.193`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
68	`69`		[MAN]A:404	`1`	`1`	`290`	`f`	[NAG]A:408	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`364`	`4.0`	`0.2`	`0.161`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
69	`70`		[MAN]A:423	`1`	`1`	`298`	`f`	[NAG]A:420	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`362`	`0.3`	`0.0`	`0.197`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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Bringing Structure to Biology

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