PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=551-7H-L1E)

Interfaces in PDB 6vg6 crystal.
Space symmetry group: P 1 21 1. Resolution: 3.08 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF DPO4 WITH 8-OXOADENINE (OXOA) AND DGTP*

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		C	`91`	`10`	`3797`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`105`	`39`	`17680`	`890.9`	`-13.1`	`0.408`	`14`	`0`	`0`	`0.499`
	`2`		T	`88`	`10`	`3791`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`104`	`38`	`17905`	`867.5`	`-11.8`	`0.433`	`18`	`0`	`0`	`0.499`
	*Average:*													`879.2`	`-12.5`	`0.421`	`16`	`0`	`0`	`0.499`
2	`3`		B	`71`	`9`	`3162`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`76`	`29`	`17680`	`610.8`	`-10.7`	`0.387`	`17`	`0`	`0`	`0.409`
	`4`		P	`69`	`9`	`3122`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`77`	`28`	`17905`	`587.1`	`-9.7`	`0.414`	`13`	`0`	`0`	`0.409`
	*Average:*													`598.9`	`-10.2`	`0.401`	`15`	`0`	`0`	`0.409`
3	`5`		C	`60`	`13`	`3797`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`54`	`13`	`3162`	`562.7`	`-8.4`	`0.615`	`33`	`0`	`0`	`0.977`
	`6`		T	`61`	`13`	`3791`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`54`	`13`	`3122`	`561.9`	`-10.1`	`0.536`	`36`	`0`	`0`	`0.977`
	*Average:*													`562.3`	`-9.3`	`0.575`	`35`	`0`	`0`	`0.977`
4	`7`		A	`37`	`12`	`17905`	`x`	A	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`38`	`11`	`17905`	`310.1`	`4.1`	`0.841`	`4`	`3`	`0`	`0.000`
	`8`		D	`37`	`10`	`17680`	`x`	D	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`32`	`11`	`17680`	`251.9`	`0.2`	`0.574`	`2`	`3`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`281.0`	`2.1`	`0.707`	`3`	`3`	`0`	`0.000`
5	`9`		A	`32`	`9`	`17905`	`x`	A	x-1,y,z	`1_455`	`31`	`9`	`17905`	`298.5`	`-5.7`	`0.071`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`10`		D	`33`	`9`	`17680`	`x`	D	x-1,y,z	`1_455`	`29`	`9`	`17680`	`294.0`	`-5.4`	`0.079`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`296.2`	`-5.6`	`0.075`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
6	`11`		T	`31`	`3`	`3791`	`◊`	D	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`30`	`9`	`17680`	`282.3`	`0.3`	`0.556`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`12`		A	`31`	`9`	`17905`	`◊`	C	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`29`	`3`	`3797`	`276.5`	`0.4`	`0.543`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`279.4`	`0.4`	`0.550`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
7	`13`		[XG4]D:402	`29`	`1`	`593`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`44`	`20`	`17680`	`280.8`	`0.7`	`0.506`	`7`	`0`	`0`	`0.086`
	`14`		[XG4]P:101	`29`	`1`	`583`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`46`	`21`	`17905`	`273.1`	`0.9`	`0.535`	`10`	`0`	`0`	`0.086`
	*Average:*													`276.9`	`0.8`	`0.520`	`9`	`0`	`0`	`0.086`
8	`15`		A	`29`	`10`	`17905`	`◊`	D	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`23`	`6`	`17680`	`224.1`	`-1.4`	`0.394`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`16`		A	`21`	`5`	`17905`	`◊`	D	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`26`	`10`	`17680`	`214.4`	`-1.1`	`0.426`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`219.2`	`-1.2`	`0.410`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
9	`17`		[A38]T:5	`22`	`1`	`469`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`37`	`16`	`17905`	`221.7`	`-0.1`	`0.356`	`1`	`0`	`0`	`0.014`
	`18`		[A38]C:5	`22`	`1`	`455`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`36`	`15`	`17680`	`218.6`	`0.2`	`0.350`	`1`	`0`	`0`	`0.014`
	*Average:*													`220.2`	`0.0`	`0.353`	`1`	`0`	`0`	`0.014`
10	`19`		P	`24`	`2`	`3122`	`◊`	D	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`20`	`6`	`17680`	`204.9`	`0.6`	`0.634`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`20`		A	`21`	`7`	`17905`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`22`	`2`	`3162`	`198.9`	`0.4`	`0.602`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`201.9`	`0.5`	`0.618`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
11	`21`		[A38]C:5	`18`	`1`	`455`	`cf`	C	x,y,z	`1_555`	`27`	`2`	`3797`	`168.5`	`0.8`	`0.482`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`22`		[A38]T:5	`19`	`1`	`469`	`cf`	T	x,y,z	`1_555`	`23`	`2`	`3791`	`165.7`	`0.4`	`0.474`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`167.1`	`0.6`	`0.478`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
12	`23`		A	`15`	`7`	`17905`	`◊`	D	x,y-1,z	`1_545`	`13`	`4`	`17680`	`117.2`	`3.5`	`0.899`	`1`	`1`	`0`	`0.000`
13	`24`		[XG4]D:402	`17`	`1`	`593`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`15`	`1`	`3162`	`104.4`	`1.0`	`0.495`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`25`		[XG4]P:101	`18`	`1`	`583`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`15`	`1`	`3122`	`103.7`	`0.9`	`0.527`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`104.0`	`1.0`	`0.511`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
14	`26`		[GOL]D:401	`6`	`1`	`219`	`◊`	D	x,y,z	`1_555`	`23`	`10`	`17680`	`104.3`	`1.0`	`0.714`	`6`	`0`	`0`	`0.039`
	`27`		[GOL]A:401	`6`	`1`	`219`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`23`	`10`	`17905`	`102.6`	`1.0`	`0.721`	`6`	`0`	`0`	`0.039`
	*Average:*													`103.4`	`1.0`	`0.718`	`6`	`0`	`0`	`0.039`
15	`28`		C	`9`	`2`	`3797`	`◊`	D	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`9`	`3`	`17680`	`89.4`	`-0.2`	`0.620`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	`29`		A	`8`	`2`	`17905`	`◊`	T	-x+1,y-1/2,-z+1	`2_646`	`9`	`1`	`3791`	`66.4`	`-0.2`	`0.613`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`77.9`	`-0.2`	`0.617`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
16	`30`		[XG4]D:402	`12`	`1`	`593`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`11`	`1`	`3797`	`56.1`	`1.9`	`0.686`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`31`		[XG4]P:101	`12`	`1`	`583`	`◊`	T	x,y,z	`1_555`	`10`	`1`	`3791`	`53.5`	`1.8`	`0.687`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`54.8`	`1.8`	`0.686`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`32`		[A38]C:5	`4`	`1`	`455`	`◊`	[XG4]D:402	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`593`	`50.1`	`1.0`	`0.508`	`2`	`0`	`0`	`0.021`
	`33`		[A38]T:5	`4`	`1`	`469`	`◊`	[XG4]P:101	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`583`	`47.6`	`0.9`	`0.511`	`4`	`0`	`0`	`0.021`
	*Average:*													`48.8`	`1.0`	`0.509`	`3`	`0`	`0`	`0.021`
18	`34`		[GOL]A:401	`5`	`1`	`219`	`f`	P	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`3122`	`36.2`	`-1.7`	`0.282`	`0`	`0`	`0`	`0.100`
	`35`		[GOL]D:401	`5`	`1`	`219`	`f`	B	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`3162`	`32.9`	`-1.5`	`0.356`	`1`	`0`	`0`	`0.100`
	*Average:*													`34.5`	`-1.6`	`0.319`	`1`	`0`	`0`	`0.100`
19	`36`		T	`5`	`1`	`3791`	`◊`	A	x-1,y,z	`1_455`	`4`	`2`	`17905`	`34.2`	`-1.4`	`0.364`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`37`		C	`4`	`1`	`3797`	`◊`	D	x-1,y,z	`1_455`	`5`	`2`	`17680`	`20.0`	`-1.1`	`0.410`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`27.1`	`-1.2`	`0.387`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`38`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`6`	`17905`	`33.9`	`-5.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.145`
	`39`		[MG]D:404	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`17680`	`31.5`	`-5.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.145`
	*Average:*													`32.7`	`-5.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.145`
21	`40`		[MG]A:402	`1`	`1`	`98`	`f`	[XG4]P:101	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`583`	`28.4`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.104`
	`41`		[MG]D:404	`1`	`1`	`98`	`f`	[XG4]D:402	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`593`	`26.6`	`-3.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.104`
	*Average:*													`27.5`	`-4.1`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.104`
22	`42`		[MG]D:403	`1`	`1`	`98`	`f`	D	x,y,z	`1_555`	`6`	`4`	`17680`	`28.0`	`-4.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
	`43`		[MG]P:102	`1`	`1`	`98`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`17905`	`27.6`	`-3.6`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
	*Average:*													`27.8`	`-3.9`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.108`
23	`44`		[MG]P:102	`1`	`1`	`98`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`3122`	`26.9`	`-2.7`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.064`
	`45`		[MG]D:403	`1`	`1`	`98`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`3162`	`24.6`	`-1.8`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.064`
	*Average:*													`25.7`	`-2.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.064`
24	`46`		[MG]P:102	`1`	`1`	`98`	`f`	[XG4]P:101	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`583`	`25.1`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.083`
	`47`		[MG]D:403	`1`	`1`	`98`	`f`	[XG4]D:402	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`593`	`23.6`	`-3.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.083`
	*Average:*													`24.4`	`-3.3`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.083`
25	`48`		D	`1`	`1`	`17680`	`◊`	B	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`1`	`1`	`3162`	`22.4`	`-0.4`	`0.352`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`49`		P	`1`	`1`	`3122`	`◊`	A	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`3`	`1`	`17905`	`4.7`	`-0.2`	`0.341`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`13.5`	`-0.3`	`0.346`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
26	`50`		[A38]T:5	`2`	`1`	`469`	`◊`	P	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`3122`	`18.7`	`0.7`	`0.588`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`51`		[A38]C:5	`2`	`1`	`455`	`◊`	B	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`3162`	`10.8`	`0.4`	`0.530`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`14.7`	`0.6`	`0.559`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`52`		[MG]D:404	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]D:403	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`10.9`	`-2.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.056`
28	`53`		[MG]P:102	`1`	`1`	`98`	`f`	[MG]A:402	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`98`	`6.2`	`-1.2`	`0.000`	`0`	`0`	`0`	`0.030`
29	`54`		C	`1`	`1`	`3797`	`◊`	D	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`2`	`1`	`17680`	`4.6`	`-0.3`	`0.340`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`55`		A	`1`	`1`	`17905`	`◊`	D	-x,y-1/2,-z+1	`2_546`	`1`	`1`	`17680`	`3.1`	`-0.1`	`0.424`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`56`		A	`1`	`1`	`17905`	`◊`	D	-x,y-1/2,-z	`2_545`	`1`	`1`	`17680`	`1.9`	`-0.1`	`0.476`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`2.5`	`-0.1`	`0.450`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`57`		D	`1`	`1`	`17680`	`x`	D	-x+1,y-1/2,-z	`2_645`	`1`	`1`	`17680`	`2.0`	`0.0`	`0.606`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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