PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=754-66-456)

Interfaces in PDB 7bel crystal.
Space symmetry group: C 1 2 1. Resolution: 2.53 Å

CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECEPTOR BINDING DOMAIN OF SARS-COV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN IN A TERNARY COMPLEX WITH COVOX-88 AND COVOX-45 FABS

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2						interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	Symmetry op-n	Sym.ID	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		D	`183`	`53`	`11258`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`170`	`51`	`11375`	`1562.7`	`-25.1`	`0.023`	`8`	`2`	`0`	`1.000`
	`2`		B	`176`	`50`	`11167`	`◊`	A	x,y,z	`1_555`	`168`	`50`	`11444`	`1511.5`	`-24.4`	`0.026`	`8`	`2`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`1537.1`	`-24.7`	`0.025`	`8`	`2`	`0`	`1.000`
2	`3`		F	`100`	`27`	`6044`	`◊`	E	x,y,z	`1_555`	`95`	`23`	`6841`	`826.7`	`-13.4`	`0.146`	`10`	`0`	`0`	`1.000`
	`4`		L	`97`	`26`	`6033`	`◊`	H	x,y,z	`1_555`	`99`	`25`	`6825`	`825.7`	`-12.6`	`0.196`	`9`	`0`	`0`	`1.000`
	*Average:*													`826.2`	`-13.0`	`0.171`	`10`	`0`	`0`	`1.000`
3	`5`		A	`81`	`23`	`11444`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`72`	`18`	`10403`	`734.2`	`-2.2`	`0.671`	`13`	`3`	`0`	`0.218`
	`6`		C	`78`	`23`	`11375`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`73`	`18`	`10246`	`701.8`	`-2.5`	`0.660`	`7`	`2`	`0`	`0.218`
	*Average:*													`718.0`	`-2.4`	`0.666`	`10`	`3`	`0`	`0.218`
4	`7`		B	`64`	`17`	`11167`	`◊`	H	-x+1/2,y-1/2,-z+1	`4_546`	`61`	`20`	`6825`	`546.6`	`-4.1`	`0.427`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
	`8`		D	`62`	`17`	`11258`	`◊`	E	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`62`	`19`	`6841`	`544.6`	`-4.5`	`0.388`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`545.6`	`-4.3`	`0.407`	`6`	`0`	`0`	`0.000`
5	`9`		F	`40`	`14`	`6044`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`50`	`17`	`10246`	`442.6`	`1.1`	`0.647`	`6`	`4`	`0`	`0.048`
	`10`		L	`41`	`14`	`6033`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`50`	`17`	`10403`	`420.6`	`-0.5`	`0.680`	`7`	`2`	`0`	`0.048`
	*Average:*													`431.6`	`0.3`	`0.663`	`7`	`3`	`0`	`0.048`
6	`11`		E	`50`	`12`	`6841`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`46`	`13`	`10246`	`401.6`	`-4.4`	`0.394`	`5`	`0`	`0`	`0.147`
	`12`		H	`51`	`12`	`6825`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`43`	`13`	`10403`	`394.5`	`-3.8`	`0.381`	`4`	`2`	`0`	`0.147`
	*Average:*													`398.1`	`-4.1`	`0.387`	`5`	`1`	`0`	`0.147`
7	`13`		B	`44`	`14`	`11167`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`36`	`11`	`10403`	`377.4`	`2.7`	`0.873`	`10`	`3`	`0`	`0.083`
	`14`		D	`42`	`13`	`11258`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`34`	`12`	`10246`	`365.4`	`2.2`	`0.857`	`11`	`2`	`0`	`0.083`
	*Average:*													`371.4`	`2.4`	`0.865`	`11`	`3`	`0`	`0.083`
8	`15`		B	`29`	`11`	`11167`	`◊`	X	-x+1/2,y-1/2,-z+1	`4_546`	`35`	`12`	`10246`	`264.4`	`-2.5`	`0.417`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
9	`16`		D	`24`	`9`	`11258`	`◊`	X	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`25`	`7`	`10246`	`195.9`	`-2.8`	`0.280`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`17`		B	`21`	`6`	`11167`	`◊`	R	-x+1/2,y-1/2,-z+1	`4_546`	`19`	`5`	`10403`	`169.5`	`-2.7`	`0.215`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`182.7`	`-2.8`	`0.248`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
10	`18`		F	`21`	`5`	`6044`	`◊`	A	x-1/2,y+1/2,z-1	`3_454`	`23`	`7`	`11444`	`190.2`	`-0.6`	`0.647`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
11	`19`		R	`26`	`10`	`10403`	`◊`	R	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`26`	`10`	`10403`	`185.2`	`-3.9`	`0.224`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
12	`20`		A	`20`	`9`	`11444`	`◊`	R	-x+1,y,-z+1	`2_656`	`19`	`5`	`10403`	`183.1`	`-1.6`	`0.468`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
13	`21`		C	`23`	`8`	`11375`	`◊`	L	x-1/2,y-1/2,z-1	`3_444`	`18`	`5`	`6033`	`168.4`	`-1.3`	`0.537`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
14	`22`		[NAG]G:1	`12`	`1`	`363`	`cf`	H	x,y,z	`1_555`	`26`	`8`	`6825`	`160.1`	`5.6`	`0.652`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`23`		[NAG]I:1	`12`	`1`	`362`	`cf`	E	x,y,z	`1_555`	`25`	`8`	`6841`	`157.9`	`4.8`	`0.620`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`159.0`	`5.2`	`0.636`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
15	`24`		[NAG]X:603	`12`	`1`	`355`	`cf`	X	x,y,z	`1_555`	`13`	`6`	`10246`	`140.7`	`3.7`	`0.371`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
16	`25`		E	`16`	`6`	`6841`	`◊`	A	x-1/2,y+1/2,z-1	`3_454`	`18`	`6`	`11444`	`140.7`	`0.7`	`0.743`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
17	`26`		[NAG]R:603	`12`	`1`	`355`	`cf`	R	x,y,z	`1_555`	`14`	`6`	`10403`	`140.1`	`3.5`	`0.367`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`27`		C	`15`	`5`	`11375`	`◊`	X	-x,y,-z	`2_555`	`13`	`3`	`10246`	`129.2`	`-1.6`	`0.409`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`28`		D	`12`	`6`	`11258`	`◊`	R	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`14`	`6`	`10403`	`121.3`	`0.4`	`0.702`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
20	`29`		[NAG]G:2	`11`	`1`	`362`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`14`	`5`	`10403`	`106.8`	`2.4`	`0.272`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	`30`		[NAG]I:2	`10`	`1`	`363`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`15`	`6`	`10246`	`105.1`	`2.2`	`0.313`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`105.9`	`2.3`	`0.293`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
21	`31`		C	`13`	`4`	`11375`	`◊`	H	x-1/2,y-1/2,z-1	`3_444`	`12`	`3`	`6825`	`98.2`	`-0.2`	`0.643`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`32`		[GOL]R:602	`6`	`1`	`218`	`f`	R	x,y,z	`1_555`	`17`	`5`	`10403`	`94.5`	`-0.8`	`0.502`	`3`	`0`	`0`	`0.054`
23	`33`		[ACT]X:601	`4`	`1`	`183`	`f`	X	x,y,z	`1_555`	`11`	`6`	`10246`	`84.2`	`-0.5`	`0.648`	`1`	`0`	`0`	`0.026`
24	`34`		B	`10`	`4`	`11167`	`◊`	F	-x+1/2,y-1/2,-z+1	`4_546`	`10`	`3`	`6044`	`83.8`	`1.3`	`0.802`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
25	`35`		[ACT]X:602	`4`	`1`	`183`	`f`	X	x,y,z	`1_555`	`10`	`7`	`10246`	`78.0`	`-0.4`	`0.554`	`0`	`0`	`0`	`0.011`
26	`36`		[NAG]I:2	`10`	`1`	`363`	`cf`	[NAG]I:1	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`362`	`73.6`	`2.0`	`0.092`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`37`		[NAG]G:2	`9`	`1`	`362`	`cf`	[NAG]G:1	x,y,z	`1_555`	`7`	`1`	`363`	`71.1`	`1.8`	`0.087`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`72.3`	`1.9`	`0.089`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
27	`38`		[ACT]R:601	`4`	`1`	`184`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`11`	`5`	`10403`	`70.7`	`0.1`	`0.698`	`1`	`0`	`0`	`0.009`
28	`39`		D	`11`	`2`	`11258`	`◊`	L	x-1/2,y-1/2,z-1	`3_444`	`5`	`2`	`6033`	`66.7`	`-0.0`	`0.620`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
29	`40`		[NAG]I:1	`9`	`1`	`362`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`8`	`4`	`10246`	`66.5`	`1.1`	`0.277`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`41`		[NAG]G:1	`9`	`1`	`363`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`7`	`4`	`10403`	`62.7`	`1.0`	`0.248`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`64.6`	`1.1`	`0.263`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`42`		X	`10`	`3`	`10246`	`◊`	X	-x,y,-z	`2_555`	`10`	`3`	`10246`	`64.7`	`0.2`	`0.697`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`43`		[MAN]I:5	`6`	`1`	`289`	`cf`	[MAN]I:4	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`293`	`64.0`	`2.1`	`0.186`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`44`		[MAN]G:5	`6`	`1`	`289`	`cf`	[MAN]G:4	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`294`	`61.2`	`2.6`	`0.210`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`45`		[MAN]G:4	`5`	`1`	`294`	`cf`	[BMA]G:3	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`292`	`60.8`	`2.3`	`0.239`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
34	`46`		[MAN]I:4	`5`	`1`	`293`	`cf`	[BMA]I:3	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`60.6`	`2.5`	`0.313`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`47`		[MAN]G:6	`7`	`1`	`294`	`cf`	[BMA]G:3	x,y,z	`1_555`	`6`	`1`	`292`	`60.1`	`2.5`	`0.201`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`48`		[BMA]I:3	`5`	`1`	`290`	`cf`	[NAG]I:2	x,y,z	`1_555`	`4`	`1`	`363`	`59.9`	`1.3`	`0.187`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`49`		[BMA]G:3	`6`	`1`	`292`	`cf`	[NAG]G:2	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`362`	`59.8`	`1.1`	`0.131`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`59.9`	`1.2`	`0.159`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`50`		[MAN]I:6	`4`	`1`	`291`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`7`	`3`	`6044`	`57.9`	`0.6`	`0.292`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
38	`51`		[MAN]I:6	`6`	`1`	`291`	`cf`	[BMA]I:3	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`290`	`56.7`	`2.8`	`0.308`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`52`		[ACT]R:601	`3`	`1`	`184`	`f`	A	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`11444`	`50.2`	`-0.4`	`0.611`	`1`	`0`	`0`	`0.100`
40	`53`		[MAN]G:4	`6`	`1`	`294`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`9`	`4`	`10403`	`49.4`	`1.1`	`0.319`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
41	`54`		[BMA]I:3	`6`	`1`	`290`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`9`	`3`	`10246`	`48.5`	`0.7`	`0.320`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`55`		[BMA]G:3	`5`	`1`	`292`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`11`	`4`	`10403`	`47.9`	`0.7`	`0.351`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`48.2`	`0.7`	`0.336`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`56`		X	`5`	`2`	`10246`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`10403`	`46.0`	`-0.3`	`0.517`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`57`		[ACT]X:601	`4`	`1`	`183`	`◊`	C	x,y,z	`1_555`	`7`	`2`	`11375`	`45.0`	`-0.1`	`0.710`	`1`	`0`	`0`	`0.015`
44	`58`		[MAN]G:5	`4`	`1`	`289`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`5`	`1`	`10403`	`36.1`	`0.9`	`0.395`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
45	`59`		[NAG]I:2	`4`	`1`	`363`	`f`	E	x,y,z	`1_555`	`6`	`3`	`6841`	`33.7`	`1.1`	`0.479`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`60`		[NAG]G:2	`4`	`1`	`362`	`f`	H	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`6825`	`31.9`	`1.0`	`0.414`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`32.8`	`1.0`	`0.446`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`61`		[MAN]I:4	`6`	`1`	`293`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`10246`	`27.0`	`0.4`	`0.269`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`62`		[MAN]G:6	`3`	`1`	`294`	`f`	[MAN]G:5	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`289`	`24.0`	`0.6`	`0.220`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
48	`63`		[MAN]G:5	`4`	`1`	`289`	`f`	[BMA]G:3	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`292`	`17.6`	`0.3`	`0.196`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`64`		[MAN]I:5	`3`	`1`	`289`	`f`	[BMA]I:3	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`290`	`17.1`	`0.4`	`0.274`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`65`		[MAN]G:6	`3`	`1`	`294`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`5`	`2`	`6033`	`15.0`	`0.3`	`0.403`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`66`		[MAN]I:6	`2`	`1`	`291`	`f`	[NAG]I:2	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`363`	`14.6`	`0.4`	`0.243`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`67`		[NAG]G:1	`2`	`1`	`363`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`4`	`2`	`6033`	`12.5`	`-0.1`	`0.312`	`0`	`0`	`0`	`0.071`
	`68`		[NAG]I:1	`2`	`1`	`362`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`6044`	`9.0`	`-0.0`	`0.307`	`0`	`0`	`0`	`0.071`
	*Average:*													`10.7`	`-0.1`	`0.310`	`0`	`0`	`0`	`0.071`
53	`69`		[MAN]I:5	`3`	`1`	`289`	`◊`	X	x,y,z	`1_555`	`2`	`1`	`10246`	`12.0`	`0.3`	`0.252`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`70`		D	`3`	`1`	`11258`	`◊`	[MAN]G:6	x-1/2,y-1/2,z-1	`3_444`	`3`	`1`	`294`	`11.8`	`0.1`	`0.296`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`71`		F	`2`	`1`	`6044`	`◊`	B	x-1/2,y+1/2,z-1	`3_454`	`3`	`1`	`11167`	`10.3`	`-0.0`	`0.599`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`72`		[NAG]G:2	`2`	`1`	`362`	`◊`	L	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`6033`	`8.6`	`0.3`	`0.396`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`73`		[NAG]I:2	`1`	`1`	`363`	`◊`	F	x,y,z	`1_555`	`3`	`2`	`6044`	`6.8`	`0.1`	`0.298`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*													`7.7`	`0.2`	`0.347`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`74`		C	`3`	`2`	`11375`	`◊`	[MAN]G:6	x-1/2,y-1/2,z-1	`3_444`	`1`	`1`	`294`	`8.4`	`0.4`	`0.451`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`75`		[MAN]G:6	`1`	`1`	`294`	`f`	[NAG]G:2	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`362`	`8.2`	`0.1`	`0.197`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
59	`76`		[MAN]G:6	`3`	`1`	`294`	`f`	[MAN]G:4	x,y,z	`1_555`	`3`	`1`	`294`	`7.5`	`0.3`	`0.183`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`77`		[NAG]X:603	`2`	`1`	`355`	`◊`	R	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`10403`	`7.2`	`0.1`	`0.230`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`78`		D	`2`	`1`	`11258`	`◊`	R	x-1/2,y-1/2,z-1	`3_444`	`1`	`1`	`10403`	`6.8`	`0.3`	`0.801`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`79`		C	`1`	`1`	`11375`	`◊`	C	-x,y,-z	`2_555`	`1`	`1`	`11375`	`2.7`	`0.1`	`0.716`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`80`		[MAN]I:6	`1`	`1`	`291`	`◊`	B	x-1/2,y+1/2,z-1	`3_454`	`1`	`1`	`11167`	`2.1`	`0.1`	`0.362`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`81`		D	`1`	`1`	`11258`	`◊`	L	-x+1/2,y-1/2,-z	`4_545`	`1`	`1`	`6033`	`1.3`	`-0.0`	`0.573`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
65	`82`		[MAN]I:4	`1`	`1`	`293`	`f`	[NAG]I:2	x,y,z	`1_555`	`1`	`1`	`363`	`0.6`	`0.0`	`0.161`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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