PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=277-D6-2A2)

Interfaces in PDB 7kdk

SARS-COV-2 D614G 3 RBD DOWN SPIKE PROTEIN TRIMER WITHOUT THE P986-P987 STABILIZING MUTATIONS (S-GSAS-D614G)

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2				interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`533`	`147`	`49381`	`◊`	C	`563`	`157`	`49174`	`4992.1`	`-55.1`	`0.053`	`43`	`9`	`0`	`0.000`
	`2`		A	`528`	`153`	`49280`	`◊`	B	`560`	`160`	`49381`	`4988.9`	`-56.0`	`0.043`	`43`	`7`	`0`	`0.000`
	`3`		A	`559`	`159`	`49280`	`◊`	C	`530`	`153`	`49174`	`4942.5`	`-58.0`	`0.037`	`51`	`6`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`4974.5`	`-56.4`	`0.044`	`46`	`7`	`0`	`0.000`
2	`4`		A	`14`	`5`	`49280`	`c`	[NAG]A:1309	`10`	`1`	`366`	`142.9`	`3.4`	`0.460`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
3	`5`		B	`16`	`6`	`49381`	`c`	[NAG]M:1	`12`	`1`	`368`	`137.5`	`3.3`	`0.380`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`6`		C	`16`	`6`	`49174`	`c`	[NAG]O:1	`12`	`1`	`366`	`137.3`	`3.4`	`0.379`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`7`		A	`15`	`6`	`49280`	`c`	[NAG]G:1	`12`	`1`	`363`	`137.1`	`3.4`	`0.386`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`137.3`	`3.4`	`0.382`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
4	`8`		A	`13`	`6`	`49280`	`c`	[NAG]A:1302	`12`	`1`	`366`	`131.1`	`3.4`	`0.367`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
5	`9`		B	`13`	`6`	`49381`	`c`	[NAG]B:1306	`12`	`1`	`366`	`130.3`	`3.7`	`0.385`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
6	`10`		A	`15`	`8`	`49280`	`c`	[NAG]A:1305	`11`	`1`	`367`	`128.7`	`3.5`	`0.425`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`11`		C	`13`	`8`	`49174`	`c`	[NAG]C:1306	`11`	`1`	`366`	`120.1`	`3.3`	`0.414`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`124.4`	`3.4`	`0.419`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
7	`12`		B	`14`	`9`	`49381`	`c`	[NAG]B:1302	`10`	`1`	`366`	`126.7`	`3.5`	`0.469`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
8	`13`		A	`14`	`7`	`49280`	`c`	[NAG]E:1	`13`	`1`	`367`	`126.4`	`2.4`	`0.200`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`14`		C	`15`	`7`	`49174`	`c`	[NAG]R:1	`13`	`1`	`368`	`125.6`	`2.4`	`0.199`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`15`		B	`15`	`7`	`49381`	`c`	[NAG]L:1	`13`	`1`	`368`	`125.1`	`2.4`	`0.227`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`125.7`	`2.4`	`0.209`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`16`		C	`13`	`6`	`49174`	`c`	[NAG]C:1311	`12`	`1`	`367`	`126.1`	`3.5`	`0.371`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
10	`17`		C	`18`	`4`	`49174`	`c`	[NAG]C:1301	`12`	`1`	`369`	`121.2`	`3.2`	`0.358`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`18`		A	`14`	`6`	`49280`	`c`	[NAG]A:1310	`12`	`1`	`365`	`120.6`	`3.3`	`0.377`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`19`		B	`13`	`5`	`49381`	`c`	[NAG]B:1311	`12`	`1`	`365`	`120.5`	`3.4`	`0.374`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`20`		C	`13`	`5`	`49174`	`c`	[NAG]C:1305	`12`	`1`	`364`	`119.5`	`3.3`	`0.370`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`120.2`	`3.3`	`0.374`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
12	`21`		C	`14`	`5`	`49174`	`c`	[NAG]C:1303	`10`	`1`	`366`	`116.0`	`3.2`	`0.404`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
13	`22`		B	`18`	`4`	`49381`	`c`	[NAG]B:1304	`12`	`1`	`366`	`112.3`	`2.8`	`0.320`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
14	`23`		A	`16`	`5`	`49280`	`c`	[NAG]A:1304	`10`	`1`	`368`	`112.2`	`3.2`	`0.417`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`24`		A	`15`	`3`	`49280`	`c`	[NAG]A:1301	`11`	`1`	`367`	`106.8`	`1.7`	`0.233`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
16	`25`		B	`10`	`4`	`49381`	`c`	[NAG]B:1309	`10`	`1`	`368`	`105.3`	`2.3`	`0.309`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	`26`		A	`10`	`3`	`49280`	`c`	[NAG]A:1307	`10`	`1`	`367`	`102.1`	`2.1`	`0.311`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`103.7`	`2.2`	`0.310`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
17	`27`		C	`8`	`3`	`49174`	`c`	[NAG]C:1310	`9`	`1`	`367`	`102.7`	`2.7`	`0.419`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`28`		B	`8`	`4`	`49381`	`c`	[NAG]B:1310	`9`	`1`	`366`	`98.1`	`2.5`	`0.401`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`100.4`	`2.6`	`0.410`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`29`		C	`10`	`5`	`49174`	`c`	[NAG]Q:1	`12`	`1`	`366`	`101.0`	`3.0`	`0.292`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
19	`30`		C	`10`	`3`	`49174`	`c`	[NAG]C:1307	`10`	`1`	`366`	`100.6`	`2.2`	`0.330`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
20	`31`		A	`12`	`5`	`49280`	`c`	[NAG]A:1311	`9`	`1`	`368`	`100.4`	`2.2`	`0.363`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`32`		A	`12`	`5`	`49280`	`c`	[NAG]F:1	`12`	`1`	`365`	`99.6`	`2.8`	`0.274`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`33`		B	`13`	`5`	`49381`	`c`	[NAG]J:1	`12`	`1`	`367`	`99.0`	`2.7`	`0.279`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`99.3`	`2.7`	`0.277`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`34`		C	`9`	`3`	`49174`	`c`	[NAG]C:1302	`7`	`1`	`368`	`99.0`	`3.5`	`0.609`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
23	`35`		C	`11`	`4`	`49174`	`c`	[NAG]C:1308	`11`	`1`	`368`	`98.6`	`2.4`	`0.273`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
24	`36`		B	`11`	`4`	`49381`	`c`	[NAG]I:1	`10`	`1`	`367`	`98.3`	`1.6`	`0.277`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`37`		A	`11`	`4`	`49280`	`c`	[NAG]D:1	`10`	`1`	`368`	`96.4`	`1.5`	`0.250`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`97.4`	`1.6`	`0.263`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
25	`38`		B	`8`	`3`	`49381`	`c`	[NAG]B:1307	`7`	`1`	`367`	`97.0`	`3.4`	`0.600`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`39`		A	`8`	`3`	`49280`	`c`	[NAG]A:1303	`7`	`1`	`368`	`96.9`	`3.6`	`0.620`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`97.0`	`3.5`	`0.610`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
26	`40`		B	`14`	`5`	`49381`	`c`	[NAG]B:1301	`7`	`1`	`361`	`96.4`	`3.4`	`0.566`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
27	`41`		C	`10`	`4`	`49174`	`c`	[NAG]N:1	`10`	`1`	`369`	`95.0`	`1.6`	`0.277`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
28	`42`		B	`11`	`4`	`49381`	`c`	[NAG]B:1303	`9`	`1`	`367`	`93.3`	`2.1`	`0.288`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
29	`43`		C	`10`	`3`	`49174`	`c`	[NAG]C:1309	`7`	`1`	`367`	`92.1`	`4.3`	`0.609`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`44`		A	`10`	`3`	`49280`	`c`	[NAG]A:1308	`7`	`1`	`368`	`89.8`	`4.2`	`0.608`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`45`		B	`11`	`3`	`49381`	`c`	[NAG]B:1308	`9`	`1`	`363`	`89.2`	`3.0`	`0.383`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
32	`46`		B	`9`	`3`	`49381`	`c`	[NAG]B:1305	`7`	`1`	`367`	`85.6`	`3.2`	`0.522`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`47`		C	`7`	`2`	`49174`	`c`	[NAG]C:1304	`7`	`1`	`367`	`82.4`	`2.3`	`0.427`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
34	`48`		A	`8`	`3`	`49280`	`c`	[NAG]A:1306	`9`	`1`	`367`	`81.9`	`1.5`	`0.268`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
35	`49`		[NAG]N:1	`6`	`1`	`369`	`c`	[NAG]N:2	`9`	`1`	`367`	`73.6`	`1.6`	`0.092`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`50`		[NAG]J:1	`7`	`1`	`367`	`c`	[NAG]J:2	`9`	`1`	`366`	`72.1`	`1.6`	`0.081`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`51`		[NAG]R:1	`6`	`1`	`368`	`c`	[NAG]R:2	`8`	`1`	`367`	`70.3`	`1.6`	`0.097`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`52`		[NAG]G:1	`6`	`1`	`363`	`c`	[NAG]G:2	`8`	`1`	`367`	`70.2`	`1.3`	`0.089`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`53`		[NAG]D:1	`6`	`1`	`368`	`c`	[NAG]D:2	`9`	`1`	`367`	`68.9`	`1.4`	`0.084`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`54`		[NAG]F:1	`5`	`1`	`365`	`c`	[NAG]F:2	`8`	`1`	`368`	`68.3`	`1.4`	`0.094`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`55`		[NAG]L:1	`6`	`1`	`368`	`c`	[NAG]L:2	`8`	`1`	`367`	`68.1`	`1.4`	`0.094`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`56`		[NAG]Q:1	`6`	`1`	`366`	`c`	[NAG]Q:2	`9`	`1`	`367`	`67.3`	`1.2`	`0.076`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`69.8`	`1.4`	`0.089`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
36	`57`		C	`10`	`4`	`49174`	`c`	[NAG]P:1	`7`	`1`	`366`	`73.5`	`2.4`	`0.443`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`58`		A	`10`	`4`	`49280`	`c`	[NAG]H:1	`7`	`1`	`367`	`72.1`	`2.3`	`0.445`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`59`		B	`9`	`4`	`49381`	`c`	[NAG]K:1	`7`	`1`	`366`	`68.4`	`2.2`	`0.427`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`71.3`	`2.3`	`0.439`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`60`		[NAG]I:1	`6`	`1`	`367`	`c`	[NAG]I:2	`9`	`1`	`366`	`73.0`	`1.5`	`0.086`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
38	`61`		[NAG]H:1	`6`	`1`	`367`	`c`	[NAG]H:2	`10`	`1`	`368`	`72.1`	`1.6`	`0.079`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`62`		[NAG]P:1	`6`	`1`	`366`	`c`	[NAG]P:2	`9`	`1`	`367`	`70.8`	`1.5`	`0.093`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`71.4`	`1.5`	`0.086`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`63`		[NAG]K:1	`6`	`1`	`366`	`c`	[NAG]K:2	`9`	`1`	`366`	`69.9`	`1.5`	`0.089`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`64`		[NAG]E:1	`6`	`1`	`367`	`c`	[NAG]E:2	`9`	`1`	`366`	`68.7`	`1.6`	`0.085`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`69.3`	`1.6`	`0.087`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`65`		B	`11`	`4`	`49381`	`◊`	[NAG]L:2	`4`	`1`	`367`	`69.7`	`1.5`	`0.469`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`66`		C	`11`	`4`	`49174`	`◊`	[NAG]R:2	`4`	`1`	`367`	`69.6`	`1.4`	`0.471`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`67`		A	`11`	`4`	`49280`	`◊`	[NAG]E:2	`4`	`1`	`366`	`68.8`	`1.5`	`0.469`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`69.4`	`1.5`	`0.470`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`68`		[NAG]M:1	`6`	`1`	`368`	`c`	[NAG]M:2	`9`	`1`	`368`	`69.0`	`1.3`	`0.072`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`69`		[NAG]O:1	`6`	`1`	`366`	`c`	[NAG]O:2	`9`	`1`	`368`	`68.6`	`1.3`	`0.078`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`68.8`	`1.3`	`0.075`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
42	`70`		C	`10`	`2`	`49174`	`◊`	[NAG]D:1	`3`	`1`	`368`	`61.0`	`1.6`	`0.600`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`71`		B	`10`	`3`	`49381`	`◊`	[NAG]N:1	`5`	`1`	`369`	`58.1`	`2.1`	`0.582`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`72`		A	`10`	`2`	`49280`	`◊`	[NAG]I:1	`3`	`1`	`367`	`50.6`	`1.5`	`0.600`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`54.4`	`1.8`	`0.591`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`73`		C	`4`	`3`	`49174`	`◊`	[NAG]A:1311	`4`	`1`	`368`	`45.1`	`1.0`	`0.389`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`74`		C	`5`	`2`	`49174`	`◊`	[NAG]B:1310	`4`	`1`	`366`	`45.0`	`0.2`	`0.309`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`75`		A	`5`	`2`	`49280`	`◊`	[NAG]C:1310	`4`	`1`	`367`	`37.4`	`0.1`	`0.282`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`41.2`	`0.1`	`0.296`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`76`		C	`6`	`3`	`49174`	`◊`	[NAG]Q:2	`4`	`1`	`367`	`44.8`	`1.5`	`0.551`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
47	`77`		A	`4`	`2`	`49280`	`◊`	[NAG]G:2	`4`	`1`	`367`	`42.8`	`1.3`	`0.499`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`78`		B	`5`	`2`	`49381`	`◊`	[NAG]M:2	`4`	`1`	`368`	`39.2`	`1.3`	`0.444`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`79`		C	`4`	`1`	`49174`	`◊`	[NAG]O:2	`4`	`1`	`368`	`34.0`	`1.1`	`0.453`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`38.7`	`1.2`	`0.465`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
48	`80`		A	`6`	`3`	`49280`	`◊`	[NAG]F:2	`4`	`1`	`368`	`41.6`	`1.5`	`0.565`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`81`		B	`7`	`3`	`49381`	`◊`	[NAG]J:2	`3`	`1`	`366`	`40.9`	`1.4`	`0.608`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`82`		B	`6`	`4`	`49381`	`◊`	[NAG]A:1309	`4`	`1`	`366`	`27.5`	`0.4`	`0.332`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`83`		B	`3`	`1`	`49381`	`◊`	[NAG]A:1310	`2`	`1`	`365`	`19.8`	`0.9`	`0.727`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`84`		A	`2`	`1`	`49280`	`◊`	[NAG]C:1305	`2`	`1`	`364`	`17.9`	`0.8`	`0.737`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`85`		C	`2`	`1`	`49174`	`◊`	[NAG]B:1311	`1`	`1`	`365`	`17.3`	`0.8`	`0.805`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`18.3`	`0.8`	`0.756`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`86`		A	`1`	`1`	`49280`	`◊`	[NAG]B:1308	`1`	`1`	`363`	`9.6`	`0.2`	`0.421`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`87`		C	`1`	`1`	`49174`	`◊`	[NAG]A:1303	`2`	`1`	`368`	`7.3`	`-0.1`	`0.236`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`88`		A	`1`	`1`	`49280`	`◊`	[NAG]B:1307	`1`	`1`	`367`	`2.1`	`-0.0`	`0.253`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`4.7`	`-0.1`	`0.244`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`89`		C	`3`	`1`	`49174`	`◊`	[NAG]N:2	`3`	`1`	`367`	`6.9`	`0.1`	`0.337`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`90`		B	`2`	`1`	`49381`	`◊`	[NAG]I:2	`3`	`1`	`366`	`3.8`	`0.1`	`0.327`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`5.4`	`0.1`	`0.332`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`91`		B	`1`	`1`	`49381`	`◊`	[NAG]C:1302	`2`	`1`	`368`	`2.6`	`-0.0`	`0.292`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`92`		C	`1`	`1`	`49174`	`◊`	[NAG]P:2	`1`	`1`	`367`	`2.6`	`0.1`	`0.330`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`93`		B	`1`	`1`	`49381`	`◊`	[NAG]C:1308	`1`	`1`	`368`	`0.2`	`0.0`	`0.300`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`94`		B	`1`	`1`	`49381`	`◊`	[NAG]K:2	`1`	`1`	`366`	`0.1`	`0.0`	`0.304`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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