PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=377-DE-5E6)

Interfaces in PDB 7nd9

EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN (ONE RBD UP) IN COMPLEX WITH COVOX-253H55L FAB

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2				interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		A	`607`	`185`	`50481`	`◊`	B	`652`	`183`	`52279`	`5846.9`	`-61.1`	`0.152`	`45`	`11`	`0`	`0.000`
2	`2`		A	`599`	`175`	`50481`	`◊`	C	`574`	`165`	`51335`	`5500.3`	`-54.9`	`0.183`	`39`	`6`	`0`	`0.000`
3	`3`		B	`486`	`140`	`52279`	`◊`	C	`523`	`153`	`51335`	`4685.3`	`-49.1`	`0.190`	`39`	`6`	`0`	`0.000`
4	`4`		H	`179`	`51`	`11677`	`◊`	L	`192`	`53`	`11495`	`1685.7`	`-25.5`	`0.027`	`12`	`2`	`0`	`0.000`
5	`5`		B	`60`	`19`	`52279`	`◊`	H	`60`	`19`	`11677`	`548.2`	`-4.8`	`0.474`	`8`	`0`	`0`	`0.000`
6	`6`		B	`21`	`8`	`52279`	`◊`	L	`16`	`6`	`11495`	`160.5`	`-2.9`	`0.201`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
7	`7`		B	`15`	`6`	`52279`	`c`	[NAG]B:1308	`12`	`1`	`364`	`137.6`	`3.1`	`0.347`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
8	`8`		B	`19`	`6`	`52279`	`c`	[NAG]B:1301	`11`	`1`	`356`	`135.2`	`3.2`	`0.411`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
9	`9`		C	`15`	`7`	`51335`	`c`	[NAG]M:1	`12`	`1`	`363`	`134.8`	`2.9`	`0.311`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
10	`10`		A	`15`	`5`	`50481`	`c`	[NAG]A:1309	`12`	`1`	`362`	`133.9`	`3.0`	`0.347`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`11`		C	`14`	`6`	`51335`	`c`	[NAG]O:1	`12`	`1`	`361`	`132.6`	`3.3`	`0.350`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
12	`12`		B	`16`	`5`	`52279`	`c`	[NAG]J:1	`12`	`1`	`360`	`132.4`	`3.2`	`0.349`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
13	`13`		C	`13`	`7`	`51335`	`c`	[NAG]C:1308	`10`	`1`	`349`	`132.0`	`2.8`	`0.381`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`14`		C	`14`	`6`	`51335`	`c`	[NAG]C:1305	`8`	`1`	`363`	`130.0`	`3.6`	`0.598`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`15`		A	`15`	`7`	`50481`	`c`	[NAG]E:1	`13`	`1`	`364`	`129.2`	`2.7`	`0.286`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
16	`16`		C	`12`	`5`	`51335`	`c`	[NAG]C:1306	`11`	`1`	`359`	`128.9`	`3.8`	`0.449`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`17`		A	`12`	`7`	`50481`	`c`	[NAG]A:1303	`8`	`1`	`357`	`125.4`	`3.6`	`0.569`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`18`		B	`13`	`5`	`52279`	`c`	[NAG]B:1309	`11`	`1`	`355`	`124.5`	`3.8`	`0.472`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`19`		B	`14`	`7`	`52279`	`c`	[NAG]B:1307	`7`	`1`	`364`	`123.4`	`3.2`	`0.586`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`20`		A	`11`	`4`	`50481`	`c`	[NAG]A:1308	`10`	`1`	`355`	`122.7`	`3.5`	`0.493`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`21`		B	`15`	`7`	`52279`	`c`	[NAG]B:1310	`9`	`1`	`358`	`122.1`	`3.6`	`0.516`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`22`		A	`13`	`5`	`50481`	`c`	[NAG]A:1307	`6`	`1`	`364`	`120.4`	`3.0`	`0.637`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`23`		C	`14`	`4`	`51335`	`c`	[NAG]C:1302	`10`	`1`	`362`	`114.9`	`3.5`	`0.423`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`24`		A	`13`	`4`	`50481`	`c`	[NAG]A:1304	`10`	`1`	`363`	`111.7`	`3.3`	`0.432`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
25	`25`		H	`12`	`5`	`11677`	`c`	[NAG]P:1	`11`	`1`	`362`	`109.4`	`2.7`	`0.342`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`26`		C	`13`	`5`	`51335`	`c`	[NAG]N:1	`11`	`1`	`360`	`105.8`	`3.3`	`0.370`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`27`		A	`16`	`5`	`50481`	`c`	[NAG]A:1302	`11`	`1`	`364`	`104.7`	`2.7`	`0.362`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
28	`28`		A	`14`	`6`	`50481`	`◊`	[NAG]B:1302	`10`	`1`	`354`	`103.4`	`3.9`	`0.476`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
29	`29`		B	`14`	`5`	`52279`	`c`	[NAG]B:1304	`10`	`1`	`363`	`103.2`	`3.2`	`0.412`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
30	`30`		B	`11`	`4`	`52279`	`c`	[NAG]I:1	`11`	`1`	`360`	`102.1`	`3.0`	`0.334`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`31`		A	`10`	`4`	`50481`	`c`	[NAG]F:1	`10`	`1`	`359`	`101.4`	`2.8`	`0.364`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
32	`32`		A	`8`	`3`	`50481`	`c`	[NAG]D:1	`9`	`1`	`359`	`96.4`	`1.9`	`0.340`	`2`	`0`	`0`	`0.000`
33	`33`		C	`10`	`5`	`51335`	`◊`	[NAG]D:1	`7`	`1`	`359`	`94.7`	`3.7`	`0.652`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
34	`34`		B	`7`	`3`	`52279`	`c`	[NAG]B:1303	`9`	`1`	`364`	`89.6`	`3.4`	`0.453`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`35`		B	`11`	`4`	`52279`	`c`	[NAG]B:1306	`7`	`1`	`365`	`88.8`	`3.1`	`0.590`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`36`		A	`9`	`4`	`50481`	`c`	[NAG]A:1301	`7`	`1`	`363`	`88.2`	`3.1`	`0.575`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`37`		C	`10`	`4`	`51335`	`c`	[NAG]C:1301	`7`	`1`	`362`	`86.0`	`3.0`	`0.531`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`38`		B	`10`	`4`	`52279`	`c`	[NAG]B:1302	`8`	`1`	`354`	`84.9`	`2.2`	`0.398`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`39`		C	`12`	`6`	`51335`	`c`	[NAG]C:1307	`9`	`1`	`365`	`84.0`	`2.0`	`0.313`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`40`		H	`19`	`6`	`11677`	`◊`	[FUC]P:3	`6`	`1`	`282`	`83.9`	`2.2`	`0.501`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`41`		A	`10`	`4`	`50481`	`c`	[NAG]G:1	`9`	`1`	`362`	`79.7`	`2.2`	`0.335`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`42`		A	`10`	`3`	`50481`	`c`	[NAG]A:1305	`7`	`1`	`360`	`79.5`	`2.3`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`43`		[NAG]K:1	`8`	`1`	`361`	`c`	[NAG]K:2	`9`	`1`	`364`	`78.3`	`2.3`	`0.095`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`44`		[NAG]G:1	`5`	`1`	`362`	`c`	[NAG]G:2	`9`	`1`	`361`	`72.6`	`2.2`	`0.149`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`75.4`	`2.2`	`0.122`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
44	`45`		A	`10`	`3`	`50481`	`c`	[NAG]A:1306	`9`	`1`	`363`	`77.3`	`2.5`	`0.335`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`46`		C	`8`	`3`	`51335`	`c`	[NAG]C:1303	`10`	`1`	`364`	`77.1`	`1.8`	`0.241`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`47`		[NAG]F:1	`7`	`1`	`359`	`c`	[NAG]F:2	`9`	`1`	`362`	`76.7`	`2.2`	`0.100`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`48`		[NAG]M:1	`6`	`1`	`363`	`c`	[NAG]M:2	`10`	`1`	`364`	`76.4`	`2.3`	`0.105`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`49`		[NAG]D:1	`6`	`1`	`359`	`c`	[NAG]D:2	`8`	`1`	`360`	`76.3`	`1.8`	`0.123`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`50`		[NAG]N:1	`5`	`1`	`360`	`c`	[NAG]N:2	`8`	`1`	`362`	`71.5`	`1.6`	`0.107`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`75.2`	`2.0`	`0.109`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
47	`51`		B	`9`	`4`	`52279`	`c`	[NAG]K:1	`8`	`1`	`361`	`75.3`	`2.5`	`0.417`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`52`		[NAG]E:1	`6`	`1`	`364`	`c`	[NAG]E:2	`9`	`1`	`363`	`73.6`	`1.6`	`0.103`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`53`		[NAG]I:1	`5`	`1`	`360`	`c`	[NAG]I:2	`9`	`1`	`363`	`73.0`	`1.8`	`0.131`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`54`		[NAG]P:1	`6`	`1`	`362`	`c`	[NAG]P:2	`7`	`1`	`359`	`69.2`	`1.3`	`0.101`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`71.9`	`1.6`	`0.112`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`55`		C	`8`	`3`	`51335`	`c`	[NAG]C:1304	`9`	`1`	`362`	`73.2`	`2.3`	`0.312`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`56`		C	`12`	`5`	`51335`	`◊`	[NAG]B:1305	`4`	`1`	`360`	`72.2`	`1.1`	`0.483`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`57`		B	`6`	`2`	`52279`	`c`	[NAG]B:1305	`7`	`1`	`360`	`71.6`	`2.5`	`0.458`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
52	`58`		[NAG]J:1	`6`	`1`	`360`	`c`	[NAG]J:2	`10`	`1`	`363`	`64.3`	`1.0`	`0.059`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`59`		[NAG]O:1	`4`	`1`	`361`	`c`	[NAG]O:2	`9`	`1`	`365`	`61.4`	`0.8`	`0.091`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`62.8`	`0.9`	`0.075`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`60`		B	`6`	`2`	`52279`	`◊`	[NAG]A:1305	`6`	`1`	`360`	`61.4`	`1.9`	`0.439`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`61`		A	`9`	`4`	`50481`	`◊`	[NAG]E:2	`4`	`1`	`363`	`59.2`	`1.0`	`0.430`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`62`		C	`9`	`4`	`51335`	`◊`	[NAG]M:2	`5`	`1`	`364`	`55.9`	`0.7`	`0.321`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`63`		[NAG]P:1	`4`	`1`	`362`	`c`	[FUC]P:3	`6`	`1`	`282`	`54.8`	`2.1`	`0.196`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`64`		C	`4`	`2`	`51335`	`◊`	[NAG]D:2	`5`	`1`	`360`	`47.2`	`0.9`	`0.283`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
58	`65`		B	`4`	`1`	`52279`	`◊`	[NAG]J:2	`4`	`1`	`363`	`39.5`	`1.1`	`0.460`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
59	`66`		C	`6`	`3`	`51335`	`◊`	[NAG]N:2	`4`	`1`	`362`	`36.6`	`1.3`	`0.512`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`67`		B	`6`	`3`	`52279`	`◊`	[NAG]P:2	`1`	`1`	`359`	`34.7`	`1.0`	`0.612`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`68`		C	`4`	`2`	`51335`	`◊`	[NAG]B:1307	`5`	`1`	`364`	`33.9`	`0.6`	`0.254`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`69`		B	`5`	`2`	`52279`	`◊`	[NAG]I:2	`2`	`1`	`363`	`33.3`	`1.3`	`0.706`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`70`		C	`4`	`1`	`51335`	`◊`	[NAG]O:2	`5`	`1`	`365`	`30.3`	`1.0`	`0.410`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`71`		[NAG]P:2	`6`	`1`	`359`	`◊`	[FUC]P:3	`2`	`1`	`282`	`25.8`	`1.5`	`0.187`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
65	`72`		C	`2`	`1`	`51335`	`◊`	[NAG]A:1301	`3`	`1`	`363`	`24.7`	`-0.2`	`0.195`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
66	`73`		A	`2`	`1`	`50481`	`◊`	[NAG]C:1306	`4`	`1`	`359`	`24.5`	`1.0`	`0.441`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
67	`74`		C	`2`	`1`	`51335`	`◊`	[NAG]B:1309	`3`	`1`	`355`	`23.0`	`1.0`	`0.480`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
68	`75`		B	`2`	`2`	`52279`	`◊`	[NAG]A:1307	`4`	`1`	`364`	`20.1`	`-0.4`	`0.143`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
69	`76`		B	`1`	`1`	`52279`	`◊`	[NAG]A:1308	`2`	`1`	`355`	`17.6`	`0.8`	`0.570`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
70	`77`		H	`2`	`1`	`11677`	`◊`	[NAG]P:2	`4`	`1`	`359`	`16.5`	`0.3`	`0.339`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
71	`78`		A	`5`	`3`	`50481`	`◊`	[NAG]F:2	`1`	`1`	`362`	`15.1`	`0.5`	`0.702`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
72	`79`		A	`4`	`2`	`50481`	`◊`	[NAG]D:2	`2`	`1`	`360`	`14.9`	`0.3`	`0.413`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
73	`80`		A	`2`	`1`	`50481`	`◊`	[NAG]C:1305	`3`	`1`	`363`	`13.7`	`0.1`	`0.296`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
74	`81`		L	`1`	`1`	`11495`	`◊`	[FUC]P:3	`1`	`1`	`282`	`8.3`	`-0.3`	`0.223`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
75	`82`		A	`1`	`1`	`50481`	`◊`	[NAG]B:1303	`3`	`1`	`364`	`5.0`	`-0.1`	`0.234`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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