PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=545-55-OE1)

Interfaces in PDB 7nda

EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN (ALL RBD DOWN) IN COMPLEX WITH COVOX-253H55L FAB

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2				interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		A	`563`	`169`	`52148`	`◊`	B	`593`	`169`	`51731`	`5377.9`	`-51.6`	`0.083`	`42`	`6`	`0`	`0.000`
2	`2`		A	`580`	`162`	`52148`	`◊`	C	`544`	`163`	`52410`	`5227.5`	`-53.8`	`0.043`	`37`	`7`	`0`	`0.000`
3	`3`		B	`529`	`161`	`51731`	`◊`	C	`574`	`163`	`52410`	`5181.9`	`-52.3`	`0.063`	`38`	`9`	`0`	`0.000`
4	`4`		H	`179`	`51`	`11390`	`◊`	L	`194`	`53`	`11369`	`1703.6`	`-25.9`	`0.026`	`13`	`2`	`0`	`0.000`
5	`5`		C	`62`	`21`	`52410`	`◊`	H	`63`	`20`	`11390`	`560.6`	`-4.9`	`0.436`	`8`	`0`	`0`	`0.000`
6	`6`		A	`16`	`6`	`52148`	`◊`	H	`18`	`11`	`11390`	`139.5`	`-1.0`	`0.408`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
7	`7`		C	`16`	`7`	`52410`	`c`	[NAG]C:1302	`13`	`1`	`363`	`138.8`	`4.1`	`0.386`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`8`		B	`17`	`7`	`51731`	`c`	[NAG]B:1302	`12`	`1`	`361`	`134.9`	`3.9`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`136.9`	`4.0`	`0.412`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
8	`9`		A	`17`	`7`	`52148`	`c`	[NAG]A:1302	`11`	`1`	`360`	`138.7`	`4.3`	`0.506`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`10`		C	`17`	`5`	`52410`	`◊`	L	`13`	`4`	`11369`	`131.0`	`-2.8`	`0.160`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
10	`11`		B	`15`	`5`	`51731`	`c`	[NAG]N:1	`11`	`1`	`362`	`131.0`	`3.4`	`0.437`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`12`		C	`15`	`5`	`52410`	`c`	[NAG]R:1	`12`	`1`	`358`	`126.6`	`3.3`	`0.366`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`128.8`	`3.4`	`0.402`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
11	`13`		A	`14`	`8`	`52148`	`c`	[NAG]E:1	`12`	`1`	`361`	`130.8`	`2.8`	`0.283`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
12	`14`		A	`15`	`5`	`52148`	`c`	[NAG]G:1	`11`	`1`	`364`	`129.9`	`3.3`	`0.448`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
13	`15`		C	`14`	`8`	`52410`	`c`	[NAG]P:1	`12`	`1`	`362`	`127.4`	`2.9`	`0.284`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`16`		B	`17`	`7`	`51731`	`c`	[NAG]K:1	`12`	`1`	`364`	`126.9`	`2.6`	`0.300`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`127.1`	`2.8`	`0.292`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
14	`17`		A	`12`	`5`	`52148`	`c`	[NAG]A:1310	`11`	`1`	`354`	`125.1`	`4.2`	`0.489`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
15	`18`		B	`12`	`5`	`51731`	`c`	[NAG]B:1310	`11`	`1`	`353`	`125.0`	`4.1`	`0.485`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
16	`19`		A	`17`	`8`	`52148`	`c`	[NAG]A:1305	`9`	`1`	`360`	`124.5`	`3.5`	`0.516`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`20`		C	`13`	`7`	`52410`	`c`	[NAG]C:1304	`9`	`1`	`361`	`123.5`	`3.6`	`0.492`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`21`		C	`13`	`5`	`52410`	`c`	[NAG]C:1309	`12`	`1`	`357`	`122.7`	`3.9`	`0.418`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`22`		B	`15`	`7`	`51731`	`c`	[NAG]M:1	`11`	`1`	`364`	`117.3`	`3.2`	`0.376`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`23`		C	`13`	`6`	`52410`	`c`	[NAG]Q:1	`11`	`1`	`361`	`113.2`	`3.5`	`0.365`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`115.3`	`3.3`	`0.371`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
20	`24`		B	`13`	`6`	`51731`	`c`	[NAG]B:1305	`8`	`1`	`358`	`113.9`	`3.6`	`0.586`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`25`		A	`13`	`3`	`52148`	`c`	[NAG]A:1304	`10`	`1`	`362`	`112.7`	`2.6`	`0.360`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
22	`26`		H	`11`	`5`	`11390`	`c`	[NAG]T:1	`11`	`1`	`360`	`110.7`	`2.6`	`0.328`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`27`		B	`11`	`5`	`51731`	`c`	[NAG]B:1309	`8`	`1`	`362`	`109.0`	`2.9`	`0.488`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`28`		C	`12`	`4`	`52410`	`c`	[NAG]C:1308	`9`	`1`	`358`	`104.5`	`2.7`	`0.401`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`29`		A	`10`	`4`	`52148`	`c`	[NAG]A:1309	`9`	`1`	`359`	`104.0`	`2.7`	`0.418`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`30`		H	`21`	`6`	`11390`	`◊`	[FUC]T:3	`7`	`1`	`282`	`101.0`	`2.2`	`0.502`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
27	`31`		C	`10`	`5`	`52410`	`◊`	[NAG]D:1	`7`	`1`	`356`	`99.5`	`4.0`	`0.683`	`3`	`0`	`0`	`0.000`
28	`32`		A	`12`	`5`	`52148`	`◊`	[NAG]J:1	`7`	`1`	`354`	`98.9`	`3.4`	`0.639`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
29	`33`		C	`12`	`5`	`52410`	`c`	[NAG]C:1306	`9`	`1`	`362`	`97.9`	`2.6`	`0.376`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
30	`34`		C	`11`	`3`	`52410`	`c`	[NAG]C:1303	`7`	`1`	`359`	`96.8`	`3.6`	`0.614`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
31	`35`		B	`9`	`3`	`51731`	`c`	[NAG]J:1	`10`	`1`	`354`	`96.7`	`2.0`	`0.313`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
32	`36`		A	`14`	`6`	`52148`	`c`	[NAG]F:1	`11`	`1`	`360`	`96.5`	`2.9`	`0.318`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
33	`37`		B	`14`	`4`	`51731`	`c`	[NAG]B:1304	`10`	`1`	`360`	`91.7`	`2.8`	`0.347`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
34	`38`		A	`11`	`3`	`52148`	`c`	[NAG]A:1303	`7`	`1`	`359`	`91.6`	`3.5`	`0.606`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
35	`39`		B	`10`	`3`	`51731`	`c`	[NAG]B:1303	`6`	`1`	`359`	`91.1`	`3.4`	`0.634`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
36	`40`		C	`10`	`3`	`52410`	`c`	[NAG]C:1310	`7`	`1`	`359`	`90.8`	`3.4`	`0.557`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
37	`41`		A	`11`	`4`	`52148`	`c`	[NAG]A:1301	`7`	`1`	`359`	`89.7`	`2.8`	`0.510`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
38	`42`		C	`10`	`4`	`52410`	`c`	[NAG]C:1301	`8`	`1`	`363`	`89.2`	`2.9`	`0.488`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
39	`43`		B	`12`	`4`	`51731`	`c`	[NAG]B:1301	`8`	`1`	`362`	`88.6`	`3.0`	`0.474`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
40	`44`		A	`11`	`4`	`52148`	`c`	[NAG]D:1	`8`	`1`	`356`	`87.6`	`2.3`	`0.414`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
41	`45`		B	`11`	`3`	`51731`	`c`	[NAG]B:1311	`7`	`1`	`366`	`85.2`	`2.8`	`0.509`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
42	`46`		B	`9`	`3`	`51731`	`c`	[NAG]B:1307	`9`	`1`	`359`	`84.2`	`2.1`	`0.313`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
43	`47`		A	`11`	`3`	`52148`	`c`	[NAG]A:1311	`7`	`1`	`359`	`83.1`	`2.9`	`0.534`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
44	`48`		C	`9`	`3`	`52410`	`c`	[NAG]C:1307	`7`	`1`	`364`	`82.0`	`2.9`	`0.551`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`49`		B	`7`	`3`	`51731`	`c`	[NAG]B:1308	`6`	`1`	`363`	`76.4`	`2.5`	`0.554`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`79.2`	`2.7`	`0.553`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
45	`50`		C	`9`	`4`	`52410`	`c`	[NAG]S:1	`9`	`1`	`362`	`77.1`	`2.4`	`0.329`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
46	`51`		[NAG]J:1	`6`	`1`	`354`	`c`	[NAG]J:2	`7`	`1`	`364`	`76.0`	`2.2`	`0.161`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`52`		[NAG]M:1	`6`	`1`	`364`	`c`	[NAG]M:2	`8`	`1`	`363`	`75.7`	`1.9`	`0.122`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`75.9`	`2.0`	`0.141`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
47	`53`		A	`12`	`4`	`52148`	`◊`	[NAG]E:2	`6`	`1`	`360`	`75.4`	`1.5`	`0.372`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
48	`54`		A	`9`	`4`	`52148`	`c`	[NAG]I:1	`9`	`1`	`361`	`75.2`	`2.3`	`0.306`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
49	`55`		[NAG]T:1	`6`	`1`	`360`	`c`	[NAG]T:2	`8`	`1`	`360`	`74.3`	`1.9`	`0.122`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`56`		[NAG]Q:1	`5`	`1`	`361`	`c`	[NAG]Q:2	`7`	`1`	`362`	`70.4`	`1.8`	`0.169`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`72.4`	`1.9`	`0.146`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
50	`57`		[NAG]D:1	`7`	`1`	`356`	`c`	[NAG]D:2	`8`	`1`	`363`	`74.1`	`1.7`	`0.104`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
51	`58`		[NAG]K:1	`6`	`1`	`364`	`c`	[NAG]K:2	`8`	`1`	`361`	`73.8`	`1.7`	`0.105`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`59`		[NAG]F:1	`5`	`1`	`360`	`c`	[NAG]F:2	`7`	`1`	`359`	`68.9`	`1.8`	`0.160`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`60`		[NAG]E:1	`5`	`1`	`361`	`c`	[NAG]E:2	`10`	`1`	`360`	`68.3`	`1.6`	`0.078`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`70.3`	`1.7`	`0.115`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
52	`61`		A	`7`	`4`	`52148`	`c`	[NAG]A:1307	`10`	`1`	`362`	`73.3`	`1.4`	`0.213`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
53	`62`		A	`7`	`3`	`52148`	`c`	[NAG]A:1308	`7`	`1`	`362`	`73.2`	`2.5`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
54	`63`		[NAG]O:1	`6`	`1`	`361`	`c`	[NAG]O:2	`9`	`1`	`357`	`72.3`	`2.3`	`0.124`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
55	`64`		[NAG]S:1	`5`	`1`	`362`	`c`	[NAG]S:2	`8`	`1`	`357`	`72.0`	`2.2`	`0.170`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`65`		[NAG]I:1	`6`	`1`	`361`	`c`	[NAG]I:2	`9`	`1`	`358`	`71.6`	`2.1`	`0.110`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`71.8`	`2.1`	`0.140`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
56	`66`		A	`6`	`2`	`52148`	`c`	[NAG]A:1306	`7`	`1`	`367`	`70.9`	`2.0`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
57	`67`		[NAG]P:1	`7`	`1`	`362`	`c`	[NAG]P:2	`7`	`1`	`362`	`70.7`	`1.5`	`0.082`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
58	`68`		B	`9`	`4`	`51731`	`c`	[NAG]O:1	`9`	`1`	`361`	`68.8`	`2.2`	`0.306`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
59	`69`		[NAG]N:1	`7`	`1`	`362`	`c`	[NAG]N:2	`9`	`1`	`364`	`68.3`	`1.1`	`0.080`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`70`		[NAG]G:1	`8`	`1`	`364`	`c`	[NAG]G:2	`9`	`1`	`358`	`68.1`	`1.0`	`0.064`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`71`		[NAG]R:1	`9`	`1`	`358`	`c`	[NAG]R:2	`9`	`1`	`361`	`67.7`	`0.9`	`0.053`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`68.0`	`1.0`	`0.065`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
60	`72`		B	`6`	`2`	`51731`	`c`	[NAG]B:1306	`6`	`1`	`362`	`68.0`	`1.9`	`0.465`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
61	`73`		B	`9`	`4`	`51731`	`◊`	[NAG]K:2	`4`	`1`	`361`	`62.5`	`1.0`	`0.399`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
62	`74`		C	`9`	`4`	`52410`	`◊`	[NAG]P:2	`4`	`1`	`362`	`61.8`	`1.1`	`0.395`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
63	`75`		C	`6`	`2`	`52410`	`c`	[NAG]C:1305	`7`	`1`	`361`	`61.6`	`1.8`	`0.320`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
64	`76`		A	`7`	`2`	`52148`	`◊`	[NAG]J:2	`4`	`1`	`364`	`56.9`	`0.5`	`0.313`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
65	`77`		[NAG]T:1	`5`	`1`	`360`	`c`	[FUC]T:3	`7`	`1`	`282`	`56.9`	`2.1`	`0.186`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
66	`78`		C	`6`	`2`	`52410`	`◊`	[NAG]D:2	`5`	`1`	`363`	`54.6`	`0.5`	`0.282`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
67	`79`		H	`7`	`4`	`11390`	`◊`	[NAG]A:1305	`6`	`1`	`360`	`40.1`	`0.8`	`0.295`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
68	`80`		A	`5`	`1`	`52148`	`◊`	[NAG]G:2	`4`	`1`	`358`	`35.4`	`0.9`	`0.412`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
69	`81`		A	`5`	`3`	`52148`	`◊`	[NAG]B:1311	`4`	`1`	`366`	`35.3`	`0.4`	`0.367`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
70	`82`		B	`6`	`2`	`51731`	`◊`	[NAG]N:2	`4`	`1`	`364`	`35.3`	`0.7`	`0.386`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
71	`83`		C	`4`	`4`	`52410`	`◊`	[NAG]A:1311	`5`	`1`	`359`	`33.8`	`0.6`	`0.350`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
72	`84`		C	`4`	`1`	`52410`	`◊`	[NAG]R:2	`4`	`1`	`361`	`32.8`	`0.8`	`0.403`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
73	`85`		C	`4`	`2`	`52410`	`◊`	[NAG]Q:2	`3`	`1`	`362`	`29.1`	`1.2`	`0.633`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
74	`86`		A	`5`	`2`	`52148`	`◊`	[NAG]F:2	`2`	`1`	`359`	`28.9`	`1.0`	`0.641`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
75	`87`		B	`5`	`2`	`51731`	`◊`	[NAG]M:2	`3`	`1`	`363`	`28.3`	`1.1`	`0.544`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
76	`88`		C	`4`	`2`	`52410`	`◊`	[NAG]T:2	`1`	`1`	`360`	`26.8`	`0.5`	`0.489`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
77	`89`		[NAG]T:2	`4`	`1`	`360`	`◊`	[FUC]T:3	`2`	`1`	`282`	`26.7`	`1.6`	`0.400`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
78	`90`		B	`5`	`3`	`51731`	`◊`	[NAG]C:1310	`4`	`1`	`359`	`26.6`	`-0.2`	`0.225`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
79	`91`		B	`6`	`2`	`51731`	`◊`	[NAG]J:2	`2`	`1`	`364`	`24.5`	`1.3`	`0.745`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
80	`92`		B	`2`	`1`	`51731`	`◊`	[NAG]A:1310	`3`	`1`	`354`	`23.3`	`0.9`	`0.454`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`93`		C	`2`	`1`	`52410`	`◊`	[NAG]B:1310	`2`	`1`	`353`	`22.8`	`0.9`	`0.742`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`23.0`	`0.9`	`0.598`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
81	`94`		A	`5`	`2`	`52148`	`◊`	[NAG]D:2	`2`	`1`	`363`	`21.0`	`0.9`	`0.654`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
82	`95`		H	`4`	`3`	`11390`	`◊`	[NAG]T:2	`4`	`1`	`360`	`20.4`	`0.4`	`0.380`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
83	`96`		A	`2`	`2`	`52148`	`◊`	[NAG]C:1308	`5`	`1`	`358`	`20.3`	`0.3`	`0.252`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
84	`97`		A	`1`	`1`	`52148`	`◊`	[NAG]C:1309	`2`	`1`	`357`	`20.0`	`0.8`	`0.574`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
85	`98`		C	`3`	`2`	`52410`	`◊`	[NAG]B:1309	`4`	`1`	`362`	`19.3`	`0.1`	`0.280`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`99`		B	`2`	`1`	`51731`	`◊`	[NAG]A:1309	`3`	`1`	`359`	`14.7`	`0.0`	`0.308`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`17.0`	`0.1`	`0.294`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
86	`100`		A	`3`	`1`	`52148`	`◊`	[NAG]B:1303	`2`	`1`	`359`	`13.5`	`0.0`	`0.319`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
87	`101`		L	`1`	`1`	`11369`	`◊`	[FUC]T:3	`2`	`1`	`282`	`6.7`	`-0.2`	`0.280`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
88	`102`		B	`1`	`1`	`51731`	`◊`	[NAG]C:1303	`2`	`1`	`359`	`3.6`	`-0.1`	`0.278`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
89	`103`		A	`1`	`1`	`52148`	`◊`	[FUC]T:3	`1`	`1`	`282`	`3.0`	`0.2`	`0.407`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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