PDBe < PISA < EMBL-EBI

PISA Interface List.

Session Map (id=651-DF-HE2)

Interfaces in PDB 7ndc

EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN (ALL RBD DOWN) IN COMPLEX WITH COVOX-159

Interfaces

##			Structure 1				×	Structure 2				interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
Id	NN	«»	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	×	Range	ⁱN_at	ⁱN_res	Surface Å²	interface area, Å²	ΔⁱG kcal/mol	ΔⁱG P-value	N_HB	N_SB	N_DS	CSS
1	`1`		B	`485`	`142`	`54452`	`◊`	C	`517`	`145`	`54458`	`4569.2`	`-52.1`	`0.031`	`34`	`11`	`0`	`0.000`
	`2`		A	`479`	`143`	`54441`	`◊`	B	`520`	`145`	`54452`	`4559.8`	`-52.1`	`0.030`	`33`	`11`	`0`	`0.000`
	`3`		A	`510`	`145`	`54441`	`◊`	C	`480`	`144`	`54458`	`4552.8`	`-52.2`	`0.027`	`33`	`11`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`4560.6`	`-52.1`	`0.029`	`33`	`11`	`0`	`0.000`
2	`4`		F	`78`	`21`	`6021`	`◊`	G	`77`	`19`	`5511`	`654.1`	`-10.9`	`0.106`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	`5`		D	`79`	`21`	`6022`	`◊`	E	`77`	`19`	`5506`	`653.6`	`-11.0`	`0.103`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	`6`		H	`79`	`21`	`6019`	`◊`	L	`76`	`19`	`5506`	`653.4`	`-11.0`	`0.102`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`653.7`	`-11.0`	`0.104`	`4`	`0`	`0`	`0.000`
3	`7`		A	`41`	`11`	`54441`	`◊`	F	`35`	`13`	`6021`	`360.4`	`0.6`	`0.767`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`8`		B	`41`	`11`	`54452`	`◊`	H	`32`	`12`	`6019`	`356.0`	`0.5`	`0.755`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	`9`		C	`44`	`12`	`54458`	`◊`	D	`34`	`13`	`6022`	`351.7`	`0.5`	`0.762`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`356.1`	`0.5`	`0.761`	`5`	`0`	`0`	`0.000`
4	`10`		A	`18`	`6`	`54441`	`c`	[NAG]M:1	`12`	`1`	`362`	`135.2`	`3.3`	`0.378`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`11`		B	`18`	`6`	`54452`	`c`	[NAG]R:1	`12`	`1`	`360`	`134.3`	`3.2`	`0.399`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`12`		C	`18`	`6`	`54458`	`c`	[NAG]W:1	`12`	`1`	`363`	`134.2`	`3.3`	`0.379`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`134.6`	`3.3`	`0.385`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
5	`13`		C	`16`	`10`	`54458`	`c`	[NAG]U:1	`12`	`1`	`363`	`128.0`	`3.0`	`0.308`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`14`		B	`16`	`10`	`54452`	`c`	[NAG]P:1	`12`	`1`	`362`	`127.7`	`2.9`	`0.289`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`15`		A	`16`	`10`	`54441`	`c`	[NAG]J:1	`12`	`1`	`361`	`126.5`	`3.0`	`0.290`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`127.4`	`3.0`	`0.295`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
6	`16`		C	`13`	`4`	`54458`	`c`	[NAG]C:1307	`11`	`1`	`361`	`121.2`	`3.8`	`0.464`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`17`		B	`13`	`4`	`54452`	`c`	[NAG]B:1307	`11`	`1`	`359`	`121.1`	`3.8`	`0.464`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`18`		A	`13`	`4`	`54441`	`c`	[NAG]A:1307	`11`	`1`	`359`	`120.2`	`3.7`	`0.463`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`120.8`	`3.8`	`0.463`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
7	`19`		C	`17`	`5`	`54458`	`c`	[NAG]C:1301	`10`	`1`	`363`	`106.7`	`2.7`	`0.365`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`20`		B	`17`	`5`	`54452`	`c`	[NAG]B:1301	`10`	`1`	`364`	`106.6`	`2.7`	`0.364`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`21`		A	`17`	`5`	`54441`	`c`	[NAG]A:1301	`10`	`1`	`362`	`106.4`	`2.7`	`0.383`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`106.5`	`2.7`	`0.371`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
8	`22`		B	`14`	`5`	`54452`	`c`	[NAG]Q:1	`11`	`1`	`359`	`106.3`	`3.1`	`0.352`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`23`		A	`14`	`5`	`54441`	`c`	[NAG]K:1	`11`	`1`	`360`	`106.3`	`3.1`	`0.342`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`24`		C	`14`	`5`	`54458`	`c`	[NAG]V:1	`11`	`1`	`360`	`105.4`	`3.1`	`0.352`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`106.0`	`3.1`	`0.348`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
9	`25`		B	`11`	`4`	`54452`	`c`	[NAG]B:1306	`8`	`1`	`364`	`105.9`	`2.7`	`0.512`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`26`		C	`11`	`4`	`54458`	`c`	[NAG]C:1306	`7`	`1`	`365`	`105.8`	`2.7`	`0.550`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`27`		A	`11`	`4`	`54441`	`c`	[NAG]A:1306	`8`	`1`	`364`	`105.6`	`2.8`	`0.503`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`105.8`	`2.8`	`0.522`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
10	`28`		C	`16`	`6`	`54458`	`c`	[NAG]C:1304	`9`	`1`	`364`	`95.3`	`2.7`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`29`		A	`16`	`6`	`54441`	`c`	[NAG]A:1304	`9`	`1`	`365`	`95.3`	`2.7`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`30`		B	`16`	`6`	`54452`	`c`	[NAG]B:1304	`9`	`1`	`365`	`95.0`	`2.7`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`95.2`	`2.7`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
11	`31`		B	`12`	`3`	`54452`	`c`	[NAG]B:1305	`7`	`1`	`361`	`92.2`	`3.7`	`0.592`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`32`		A	`12`	`3`	`54441`	`c`	[NAG]A:1305	`7`	`1`	`359`	`92.0`	`3.7`	`0.591`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`33`		C	`12`	`3`	`54458`	`c`	[NAG]C:1305	`7`	`1`	`360`	`91.6`	`3.7`	`0.592`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`91.9`	`3.7`	`0.591`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
12	`34`		B	`8`	`3`	`54452`	`c`	[NAG]O:1	`10`	`1`	`358`	`84.7`	`1.9`	`0.280`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`35`		C	`8`	`3`	`54458`	`c`	[NAG]T:1	`10`	`1`	`360`	`84.2`	`2.0`	`0.274`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`36`		A	`9`	`3`	`54441`	`c`	[NAG]I:1	`10`	`1`	`359`	`84.1`	`2.0`	`0.256`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`84.3`	`2.0`	`0.270`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
13	`37`		B	`11`	`3`	`54452`	`c`	[NAG]B:1302	`7`	`1`	`356`	`81.8`	`2.8`	`0.458`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`38`		C	`11`	`3`	`54458`	`c`	[NAG]C:1302	`8`	`1`	`356`	`81.8`	`2.8`	`0.400`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`39`		A	`11`	`3`	`54441`	`c`	[NAG]A:1302	`8`	`1`	`355`	`81.5`	`2.8`	`0.401`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`81.7`	`2.8`	`0.420`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
14	`40`		B	`10`	`4`	`54452`	`c`	[NAG]S:1	`9`	`1`	`364`	`77.6`	`2.5`	`0.352`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`41`		A	`10`	`4`	`54441`	`c`	[NAG]N:1	`8`	`1`	`363`	`77.2`	`2.5`	`0.404`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`42`		C	`10`	`4`	`54458`	`c`	[NAG]X:1	`8`	`1`	`363`	`76.2`	`2.5`	`0.404`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`77.0`	`2.5`	`0.387`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
15	`43`		[NAG]S:1	`5`	`1`	`364`	`c`	[NAG]S:2	`9`	`1`	`359`	`73.3`	`2.3`	`0.149`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`44`		[NAG]N:1	`5`	`1`	`363`	`c`	[NAG]N:2	`9`	`1`	`359`	`72.9`	`2.2`	`0.149`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`45`		[NAG]X:1	`6`	`1`	`363`	`c`	[NAG]X:2	`9`	`1`	`358`	`72.3`	`2.2`	`0.128`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`72.8`	`2.2`	`0.142`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
16	`46`		[NAG]V:1	`6`	`1`	`360`	`c`	[NAG]V:2	`9`	`1`	`363`	`73.3`	`1.9`	`0.102`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`47`		[NAG]K:1	`6`	`1`	`360`	`c`	[NAG]K:2	`8`	`1`	`361`	`72.8`	`1.8`	`0.106`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`48`		[NAG]Q:1	`6`	`1`	`359`	`c`	[NAG]Q:2	`8`	`1`	`361`	`72.8`	`1.9`	`0.108`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`49`		[NAG]W:1	`6`	`1`	`363`	`c`	[NAG]W:2	`9`	`1`	`364`	`68.6`	`1.3`	`0.087`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`50`		[NAG]R:1	`6`	`1`	`360`	`c`	[NAG]R:2	`9`	`1`	`365`	`68.1`	`1.3`	`0.089`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`51`		[NAG]M:1	`6`	`1`	`362`	`c`	[NAG]M:2	`9`	`1`	`362`	`67.8`	`1.3`	`0.082`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`52`		[NAG]J:1	`5`	`1`	`361`	`c`	[NAG]J:2	`8`	`1`	`365`	`66.8`	`1.3`	`0.098`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`53`		[NAG]U:1	`5`	`1`	`363`	`c`	[NAG]U:2	`9`	`1`	`364`	`66.8`	`1.3`	`0.089`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`54`		[NAG]P:1	`5`	`1`	`362`	`c`	[NAG]P:2	`9`	`1`	`365`	`66.7`	`1.3`	`0.089`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`69.3`	`1.5`	`0.094`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
17	`55`		[NAG]O:1	`4`	`1`	`358`	`c`	[NAG]O:2	`8`	`1`	`358`	`69.0`	`1.7`	`0.151`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`56`		[NAG]T:1	`4`	`1`	`360`	`c`	[NAG]T:2	`8`	`1`	`360`	`68.8`	`1.7`	`0.137`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`57`		[NAG]I:1	`4`	`1`	`359`	`c`	[NAG]I:2	`8`	`1`	`359`	`68.8`	`1.7`	`0.138`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`68.9`	`1.7`	`0.142`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
18	`58`		A	`8`	`3`	`54441`	`c`	[NAG]A:1308	`8`	`1`	`358`	`64.6`	`1.7`	`0.352`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`59`		C	`9`	`4`	`54458`	`c`	[NAG]C:1308	`8`	`1`	`358`	`64.1`	`1.7`	`0.339`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`60`		B	`7`	`3`	`54452`	`c`	[NAG]B:1308	`8`	`1`	`358`	`64.0`	`1.8`	`0.302`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`64.2`	`1.7`	`0.331`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
19	`61`		C	`9`	`3`	`54458`	`◊`	[NAG]U:2	`4`	`1`	`364`	`57.4`	`0.8`	`0.390`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`62`		B	`8`	`3`	`54452`	`◊`	[NAG]P:2	`4`	`1`	`365`	`56.0`	`0.8`	`0.379`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`63`		A	`8`	`3`	`54441`	`◊`	[NAG]J:2	`4`	`1`	`365`	`55.9`	`0.8`	`0.379`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`56.4`	`0.8`	`0.383`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
20	`64`		B	`4`	`1`	`54452`	`c`	[NAG]B:1303	`6`	`1`	`358`	`55.8`	`1.9`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`65`		A	`4`	`1`	`54441`	`c`	[NAG]A:1303	`6`	`1`	`357`	`55.6`	`1.9`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`66`		C	`4`	`1`	`54458`	`c`	[NAG]C:1303	`6`	`1`	`357`	`55.3`	`1.9`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`55.6`	`1.9`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
21	`67`		A	`4`	`1`	`54441`	`◊`	[NAG]M:2	`4`	`1`	`362`	`35.6`	`1.2`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`68`		B	`4`	`1`	`54452`	`◊`	[NAG]R:2	`4`	`1`	`365`	`35.6`	`1.2`	`0.435`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`69`		C	`4`	`1`	`54458`	`◊`	[NAG]W:2	`4`	`1`	`364`	`35.1`	`1.2`	`0.438`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`35.4`	`1.2`	`0.437`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
22	`70`		A	`4`	`2`	`54441`	`◊`	[NAG]O:1	`2`	`1`	`358`	`34.9`	`1.0`	`0.601`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`71`		C	`4`	`2`	`54458`	`◊`	[NAG]I:1	`3`	`1`	`359`	`34.5`	`0.9`	`0.511`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`72`		B	`4`	`2`	`54452`	`◊`	[NAG]T:1	`2`	`1`	`360`	`33.9`	`0.9`	`0.601`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`34.4`	`0.9`	`0.571`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
23	`73`		B	`5`	`2`	`54452`	`◊`	L	`3`	`1`	`5506`	`34.2`	`-0.0`	`0.578`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`74`		A	`6`	`3`	`54441`	`◊`	G	`3`	`1`	`5511`	`31.5`	`-0.0`	`0.598`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`75`		C	`6`	`3`	`54458`	`◊`	E	`3`	`1`	`5506`	`29.4`	`-0.0`	`0.596`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`31.7`	`-0.0`	`0.590`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
24	`76`		C	`5`	`2`	`54458`	`◊`	[NAG]V:2	`3`	`1`	`363`	`25.0`	`1.1`	`0.549`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`77`		A	`5`	`2`	`54441`	`◊`	[NAG]K:2	`3`	`1`	`361`	`24.9`	`1.1`	`0.549`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`78`		B	`5`	`2`	`54452`	`◊`	[NAG]Q:2	`3`	`1`	`361`	`24.9`	`1.1`	`0.551`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`24.9`	`1.1`	`0.550`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
25	`79`		A	`2`	`1`	`54441`	`◊`	[NAG]B:1302	`1`	`1`	`356`	`22.5`	`0.5`	`0.766`	`1`	`0`	`0`	`0.000`
	`80`		B	`2`	`1`	`54452`	`◊`	[NAG]C:1302	`1`	`1`	`356`	`21.5`	`0.5`	`0.761`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`81`		C	`2`	`1`	`54458`	`◊`	[NAG]A:1302	`1`	`1`	`355`	`21.3`	`0.5`	`0.763`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`21.8`	`0.5`	`0.763`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
26	`82`		A	`1`	`1`	`54441`	`◊`	[NAG]C:1307	`3`	`1`	`361`	`18.8`	`0.8`	`0.453`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`83`		B	`1`	`1`	`54452`	`◊`	[NAG]A:1307	`3`	`1`	`359`	`18.7`	`0.8`	`0.453`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`84`		C	`1`	`1`	`54458`	`◊`	[NAG]B:1307	`3`	`1`	`359`	`18.4`	`0.8`	`0.453`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`18.6`	`0.8`	`0.453`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
27	`85`		A	`1`	`1`	`54441`	`◊`	[NAG]C:1306	`3`	`1`	`365`	`8.2`	`-0.0`	`0.363`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`86`		C	`1`	`1`	`54458`	`◊`	[NAG]B:1306	`3`	`1`	`364`	`8.0`	`-0.0`	`0.362`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	`87`		B	`1`	`1`	`54452`	`◊`	[NAG]A:1306	`3`	`1`	`364`	`7.4`	`-0.1`	`0.306`	`0`	`0`	`0`	`0.000`
	*Average:*											`7.8`	`-0.0`	`0.344`	`0`	`0`	`0`	`0.000`

PDBe PISA v1.52 [20/10/2014]

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