data_6G8
#
_chem_comp.id 6G8
_chem_comp.name
(2S,4S)-N-[(3R,5R)-1-cyclopropylcarbonyl-5-[[[2-methyl-4-[2-[4-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]ethynyl]phenyl]carbonylamino]methyl]pyrrolidin-3-yl]-4-fluoranyl-pyrrolidine-2-carboxamide
_chem_comp.type non-polymer
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C35 H42 F N5 O4"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2021-07-26
_chem_comp.pdbx_modified_date 2022-09-02
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 615.737
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code 6G8
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 7PKM
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
6G8 C2 C1 C 0 1 N N R N N N -7.267 18.158 -8.296 6.006 0.201 -0.777 C2 6G8 1
6G8 C3 C2 C 0 1 N N N N N N -6.325 17.831 -7.151 4.527 -0.144 -0.456 C3 6G8 2
6G8 C4 C3 C 0 1 N N R N N N -7.167 17.868 -5.887 4.431 -1.637 -0.833 C4 6G8 3
6G8 C6 C4 C 0 1 N N N N N N -8.430 18.919 -7.670 6.723 -1.116 -0.388 C6 6G8 4
6G8 C11 C5 C 0 1 Y N N N N N -5.466 13.833 -3.806 -0.137 -1.757 0.880 C11 6G8 5
6G8 C13 C6 C 0 1 Y N N N N N -4.615 12.635 -1.886 -1.751 -0.353 -0.194 C13 6G8 6
6G8 C16 C7 C 0 1 Y N N N N N -4.074 13.878 -4.326 -1.104 -2.189 1.793 C16 6G8 7
6G8 C17 C8 C 0 1 N N N N N N -9.086 19.291 -5.312 6.137 -3.458 -1.081 C17 6G8 8
6G8 C19 C9 C 0 1 N N N N N N -8.956 18.837 -3.888 7.590 -3.855 -1.120 C19 6G8 9
6G8 C21 C10 C 0 1 N N N N N N -9.293 19.879 -2.828 8.096 -4.795 -0.024 C21 6G8 10
6G8 C25 C11 C 0 1 N N N N N N -3.773 14.545 -5.642 -0.738 -3.183 2.864 C25 6G8 11
6G8 C26 C12 C 0 1 N N N N N N -7.006 16.143 -9.665 7.571 2.011 -0.321 C26 6G8 12
6G8 C30 C13 C 0 1 N N N N N N -6.159 13.198 -10.150 9.590 4.957 0.590 C30 6G8 13
6G8 C31 C14 C 0 1 N N S N N N -6.999 13.181 -8.878 8.182 5.574 0.658 C31 6G8 14
6G8 C32 C15 C 0 1 N N N N N N -8.203 14.057 -9.176 7.221 4.435 0.245 C32 6G8 15
6G8 N1 N1 N 0 1 N N N N N N -7.768 16.963 -8.948 6.476 1.317 0.046 N1 6G8 16
6G8 N5 N2 N 0 1 N N N N N N -8.298 18.731 -6.230 5.794 -2.186 -0.794 N5 6G8 17
6G8 C7 C16 C 0 1 N N N N N N -7.634 16.453 -5.551 3.545 -2.372 0.175 C7 6G8 18
6G8 N8 N3 N 0 1 N N N N N N -6.571 15.750 -4.850 2.177 -1.852 0.094 N8 6G8 19
6G8 C9 C17 C 0 1 N N N N N N -6.612 14.449 -4.565 1.241 -2.280 0.963 C9 6G8 20
6G8 O10 O1 O 0 1 N N N N N N -7.557 13.753 -4.894 1.530 -3.098 1.815 O10 6G8 21
6G8 C12 C18 C 0 1 Y N N N N N -5.679 13.201 -2.586 -0.476 -0.834 -0.114 C12 6G8 22
6G8 C14 C19 C 0 1 Y N N N N N -3.312 12.674 -2.375 -2.720 -0.785 0.719 C14 6G8 23
6G8 C15 C20 C 0 1 Y N N N N N -3.045 13.298 -3.589 -2.381 -1.709 1.713 C15 6G8 24
6G8 O18 O2 O 0 1 N N N N N N -9.898 20.158 -5.591 5.277 -4.282 -1.307 O18 6G8 25
6G8 C20 C21 C 0 1 N N N N N N -10.254 18.727 -3.096 7.915 -5.313 -1.452 C20 6G8 26
6G8 O27 O3 O 0 1 N N N N N N -5.807 16.306 -9.827 8.169 1.711 -1.332 O27 6G8 27
6G8 C28 C22 C 0 1 N N S N N N -7.720 14.974 -10.285 8.054 3.160 0.526 C28 6G8 28
6G8 N29 N4 N 0 1 N N N N N N -6.793 14.150 -11.083 9.430 3.559 0.133 N29 6G8 29
6G8 F33 F1 F 0 1 N N N N N N -6.308 13.728 -7.829 8.077 6.646 -0.235 F33 6G8 30
6G8 C34 C23 C 0 1 N N N N N N -2.359 12.143 -1.681 -4.058 -0.282 0.635 C34 6G8 31
6G8 C35 C24 C 0 1 N N N N N N -1.447 11.803 -0.995 -5.155 0.130 0.566 C35 6G8 32
6G8 C36 C25 C 0 1 Y N N N N N -0.500 11.576 -0.147 -6.493 0.634 0.483 C36 6G8 33
6G8 C37 C26 C 0 1 Y N N N N N 0.617 12.401 -0.185 -6.837 1.552 -0.513 C37 6G8 34
6G8 C38 C27 C 0 1 Y N N N N N 1.663 12.214 0.711 -8.128 2.033 -0.587 C38 6G8 35
6G8 C39 C28 C 0 1 Y N N N N N 1.607 11.198 1.658 -9.081 1.608 0.321 C39 6G8 36
6G8 C40 C29 C 0 1 Y N N N N N 0.486 10.374 1.708 -8.748 0.699 1.310 C40 6G8 37
6G8 C41 C30 C 0 1 Y N N N N N -0.563 10.561 0.808 -7.463 0.204 1.393 C41 6G8 38
6G8 C42 C31 C 0 1 N N N N N N 2.773 11.052 2.612 -10.489 2.138 0.233 C42 6G8 39
6G8 N43 N5 N 0 1 N N N N N N 3.315 9.691 2.746 -11.287 1.267 -0.640 N43 6G8 40
6G8 C44 C32 C 0 1 N N N N N N 3.654 9.129 1.430 -11.458 -0.065 -0.042 C44 6G8 41
6G8 C45 C33 C 0 1 N N N N N N 4.396 7.807 1.595 -12.242 -0.956 -1.009 C45 6G8 42
6G8 O46 O4 O 0 1 N N N N N N 5.583 8.006 2.360 -13.493 -0.335 -1.314 O46 6G8 43
6G8 C47 C34 C 0 1 N N N N N N 5.276 8.482 3.668 -13.363 0.964 -1.899 C47 6G8 44
6G8 C48 C35 C 0 1 N N N N N N 4.530 9.808 3.569 -12.591 1.875 -0.941 C48 6G8 45
6G8 H1 H1 H 0 1 N N N N N N -6.753 18.806 -9.021 6.135 0.417 -1.837 H1 6G8 46
6G8 H2 H2 H 0 1 N N N N N N -5.889 16.831 -7.290 4.319 0.001 0.604 H2 6G8 47
6G8 H3 H3 H 0 1 N N N N N N -5.519 18.578 -7.095 3.851 0.453 -1.068 H3 6G8 48
6G8 H4 H4 H 0 1 N N N N N N -6.586 18.286 -5.052 4.015 -1.740 -1.835 H4 6G8 49
6G8 H5 H5 H 0 1 N N N N N N -8.370 19.988 -7.924 7.666 -1.208 -0.927 H5 6G8 50
6G8 H6 H6 H 0 1 N N N N N N -9.389 18.512 -8.023 6.895 -1.151 0.688 H6 6G8 51
6G8 H7 H7 H 0 1 N N N N N N -4.806 12.153 -0.939 -2.013 0.359 -0.962 H7 6G8 52
6G8 H8 H8 H 0 1 N N N N N N -8.159 18.117 -3.651 8.277 -3.091 -1.485 H8 6G8 53
6G8 H9 H9 H 0 1 N N N N N N -8.722 19.912 -1.888 9.115 -4.649 0.333 H9 6G8 54
6G8 H10 H10 H 0 1 N N N N N N -9.563 20.902 -3.129 7.377 -5.125 0.727 H10 6G8 55
6G8 H11 H11 H 0 1 N N N N N N -3.545 15.607 -5.471 -0.281 -2.660 3.704 H11 6G8 56
6G8 H12 H12 H 0 1 N N N N N N -2.907 14.055 -6.112 -1.637 -3.699 3.203 H12 6G8 57
6G8 H13 H13 H 0 1 N N N N N N -4.647 14.460 -6.305 -0.033 -3.909 2.460 H13 6G8 58
6G8 H14 H14 H 0 1 N N N N N N -6.133 12.193 -10.597 10.205 5.511 -0.120 H14 6G8 59
6G8 H15 H15 H 0 1 N N N N N N -5.134 13.523 -9.920 10.053 4.977 1.577 H15 6G8 60
6G8 H16 H16 H 0 1 N N N N N N -7.329 12.154 -8.665 7.963 5.906 1.673 H16 6G8 61
6G8 H17 H17 H 0 1 N N N N N N -8.495 14.637 -8.288 6.319 4.450 0.857 H17 6G8 62
6G8 H18 H18 H 0 1 N N N N N N -9.055 13.449 -9.514 6.969 4.509 -0.813 H18 6G8 63
6G8 H19 H19 H 0 1 N N N N N N -8.739 16.744 -8.853 5.998 1.558 0.855 H19 6G8 64
6G8 H20 H20 H 0 1 N N N N N N -8.526 16.503 -4.910 3.543 -3.438 -0.052 H20 6G8 65
6G8 H21 H21 H 0 1 N N N N N N -7.879 15.917 -6.480 3.933 -2.216 1.182 H21 6G8 66
6G8 H22 H22 H 0 1 N N N N N N -5.766 16.271 -4.567 1.946 -1.200 -0.586 H22 6G8 67
6G8 H23 H23 H 0 1 N N N N N N -6.677 13.148 -2.177 0.272 -0.501 -0.819 H23 6G8 68
6G8 H24 H24 H 0 1 N N N N N N -2.032 13.333 -3.963 -3.128 -2.043 2.418 H24 6G8 69
6G8 H25 H25 H 0 1 N N N N N N -11.218 18.918 -3.590 7.077 -5.985 -1.641 H25 6G8 70
6G8 H26 H26 H 0 1 N N N N N N -10.377 17.928 -2.350 8.815 -5.509 -2.034 H26 6G8 71
6G8 H27 H27 H 0 1 N N N N N N -8.568 15.318 -10.895 8.014 2.900 1.584 H27 6G8 72
6G8 H28 H28 H 0 1 N N N N N N -7.295 13.655 -11.792 10.118 2.958 0.562 H28 6G8 73
6G8 H30 H30 H 0 1 N N N N N N 0.673 13.194 -0.916 -6.094 1.886 -1.222 H30 6G8 74
6G8 H31 H31 H 0 1 N N N N N N 2.525 12.863 0.671 -8.395 2.743 -1.356 H31 6G8 75
6G8 H32 H32 H 0 1 N N N N N N 0.428 9.588 2.446 -9.497 0.372 2.016 H32 6G8 76
6G8 H33 H33 H 0 1 N N N N N N -1.429 9.917 0.851 -7.206 -0.509 2.162 H33 6G8 77
6G8 H34 H34 H 0 1 N N N N N N 3.584 11.706 2.259 -10.932 2.158 1.229 H34 6G8 78
6G8 H35 H35 H 0 1 N N N N N N 2.441 11.384 3.607 -10.472 3.147 -0.177 H35 6G8 79
6G8 H37 H37 H 0 1 N N N N N N 4.294 9.839 0.886 -10.480 -0.507 0.149 H37 6G8 80
6G8 H38 H38 H 0 1 N N N N N N 2.729 8.958 0.859 -12.007 0.025 0.896 H38 6G8 81
6G8 H39 H39 H 0 1 N N N N N N 3.746 7.086 2.112 -11.668 -1.090 -1.926 H39 6G8 82
6G8 H40 H40 H 0 1 N N N N N N 4.663 7.413 0.603 -12.421 -1.927 -0.546 H40 6G8 83
6G8 H41 H41 H 0 1 N N N N N N 4.645 7.745 4.187 -12.823 0.886 -2.843 H41 6G8 84
6G8 H42 H42 H 0 1 N N N N N N 6.209 8.628 4.232 -14.354 1.382 -2.081 H42 6G8 85
6G8 H43 H43 H 0 1 N N N N N N 5.196 10.558 3.117 -13.158 1.996 -0.018 H43 6G8 86
6G8 H44 H44 H 0 1 N N N N N N 4.245 10.133 4.581 -12.440 2.848 -1.407 H44 6G8 87
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
6G8 N29 C28 SING N N 1
6G8 N29 C30 SING N N 2
6G8 C28 C26 SING N N 3
6G8 C28 C32 SING N N 4
6G8 C30 C31 SING N N 5
6G8 O27 C26 DOUB N N 6
6G8 C26 N1 SING N N 7
6G8 C32 C31 SING N N 8
6G8 N1 C2 SING N N 9
6G8 C31 F33 SING N N 10
6G8 C2 C6 SING N N 11
6G8 C2 C3 SING N N 12
6G8 C6 N5 SING N N 13
6G8 C3 C4 SING N N 14
6G8 N5 C4 SING N N 15
6G8 N5 C17 SING N N 16
6G8 C4 C7 SING N N 17
6G8 C25 C16 SING N N 18
6G8 O18 C17 DOUB N N 19
6G8 C7 N8 SING N N 20
6G8 C17 C19 SING N N 21
6G8 O10 C9 DOUB N N 22
6G8 N8 C9 SING N N 23
6G8 C9 C11 SING N N 24
6G8 C16 C11 DOUB Y N 25
6G8 C16 C15 SING Y N 26
6G8 C19 C20 SING N N 27
6G8 C19 C21 SING N N 28
6G8 C11 C12 SING Y N 29
6G8 C15 C14 DOUB Y N 30
6G8 C20 C21 SING N N 31
6G8 C12 C13 DOUB Y N 32
6G8 C14 C13 SING Y N 33
6G8 C14 C34 SING N N 34
6G8 C34 C35 TRIP N N 35
6G8 C35 C36 SING N N 36
6G8 C37 C36 DOUB Y N 37
6G8 C37 C38 SING Y N 38
6G8 C36 C41 SING Y N 39
6G8 C38 C39 DOUB Y N 40
6G8 C41 C40 DOUB Y N 41
6G8 C44 C45 SING N N 42
6G8 C44 N43 SING N N 43
6G8 C45 O46 SING N N 44
6G8 C39 C40 SING Y N 45
6G8 C39 C42 SING N N 46
6G8 O46 C47 SING N N 47
6G8 C42 N43 SING N N 48
6G8 N43 C48 SING N N 49
6G8 C48 C47 SING N N 50
6G8 C2 H1 SING N N 51
6G8 C3 H2 SING N N 52
6G8 C3 H3 SING N N 53
6G8 C4 H4 SING N N 54
6G8 C6 H5 SING N N 55
6G8 C6 H6 SING N N 56
6G8 C13 H7 SING N N 57
6G8 C19 H8 SING N N 58
6G8 C21 H9 SING N N 59
6G8 C21 H10 SING N N 60
6G8 C25 H11 SING N N 61
6G8 C25 H12 SING N N 62
6G8 C25 H13 SING N N 63
6G8 C30 H14 SING N N 64
6G8 C30 H15 SING N N 65
6G8 C31 H16 SING N N 66
6G8 C32 H17 SING N N 67
6G8 C32 H18 SING N N 68
6G8 N1 H19 SING N N 69
6G8 C7 H20 SING N N 70
6G8 C7 H21 SING N N 71
6G8 N8 H22 SING N N 72
6G8 C12 H23 SING N N 73
6G8 C15 H24 SING N N 74
6G8 C20 H25 SING N N 75
6G8 C20 H26 SING N N 76
6G8 C28 H27 SING N N 77
6G8 N29 H28 SING N N 78
6G8 C37 H30 SING N N 79
6G8 C38 H31 SING N N 80
6G8 C40 H32 SING N N 81
6G8 C41 H33 SING N N 82
6G8 C42 H34 SING N N 83
6G8 C42 H35 SING N N 84
6G8 C44 H37 SING N N 85
6G8 C44 H38 SING N N 86
6G8 C45 H39 SING N N 87
6G8 C45 H40 SING N N 88
6G8 C47 H41 SING N N 89
6G8 C47 H42 SING N N 90
6G8 C48 H43 SING N N 91
6G8 C48 H44 SING N N 92
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
6G8 InChI InChI 1.03 InChI=1S/C35H42FN5O4/c1-23-16-25(5-2-24-3-6-26(7-4-24)21-40-12-14-45-15-13-40)8-11-31(23)33(42)38-20-30-18-29(22-41(30)35(44)27-9-10-27)39-34(43)32-17-28(36)19-37-32/h3-4,6-8,11,16,27-30,32,37H,9-10,12-15,17-22H2,1H3,(H,38,42)(H,39,43)/t28-,29+,30+,32-/m0/s1
6G8 InChIKey InChI 1.03 VANITAVOZBNWHX-TWXNZYBRSA-N
6G8 SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "Cc1cc(ccc1C(=O)NC[C@H]2C[C@H](CN2C(=O)C3CC3)NC(=O)[C@@H]4C[C@H](F)CN4)C#Cc5ccc(CN6CCOCC6)cc5"
6G8 SMILES CACTVS 3.385 "Cc1cc(ccc1C(=O)NC[CH]2C[CH](CN2C(=O)C3CC3)NC(=O)[CH]4C[CH](F)CN4)C#Cc5ccc(CN6CCOCC6)cc5"
6G8 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1cc(ccc1C(=O)NC[C@H]2C[C@H](CN2C(=O)C3CC3)NC(=O)[C@@H]4C[C@@H](CN4)F)C#Cc5ccc(cc5)CN6CCOCC6"
6G8 SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1cc(ccc1C(=O)NCC2CC(CN2C(=O)C3CC3)NC(=O)C4CC(CN4)F)C#Cc5ccc(cc5)CN6CCOCC6"
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 6G8
_pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
(2~{S},4~{S})-~{N}-[(3~{R},5~{R})-1-cyclopropylcarbonyl-5-[[[2-methyl-4-[2-[4-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]ethynyl]phenyl]carbonylamino]methyl]pyrrolidin-3-yl]-4-fluoranyl-pyrrolidine-2-carboxamide
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
6G8 'Create component' 2021-07-26 PDBE
6G8 'Initial release' 2022-09-07 RCSB
#
loop_
_software.name
_software.version
_software.description
rdkit 2023.09.6 'Core functionality.'
pdbeccdutils 0.8.6 'Wrapper to provide 2D templates and molecular fragments.'
#
loop_
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.atom_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.element
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_x
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_y
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.pdbx_ordinal
6G8 C2 C 11.869 7.560 1
6G8 C3 C 10.866 6.445 2
6G8 C4 C 9.495 7.055 3
6G8 C6 C 11.119 8.859 4
6G8 C11 C 6.897 2.555 5
6G8 C13 C 8.196 0.305 6
6G8 C16 C 5.598 1.805 7
6G8 C17 C 8.537 9.551 8
6G8 C19 C 8.849 11.018 9
6G8 C21 C 8.386 12.445 10
6G8 C25 C 4.299 2.555 11
6G8 C26 C 14.243 8.617 12
6G8 C30 C 18.108 8.965 13
6G8 C31 C 17.952 7.473 14
6G8 C32 C 16.484 7.161 15
6G8 N1 N 13.361 7.403 16
6G8 N5 N 9.652 8.547 17
6G8 C7 C 8.196 6.305 18
6G8 N8 N 8.196 4.805 19
6G8 C9 C 6.897 4.055 20
6G8 O10 O 5.598 4.805 21
6G8 C12 C 8.196 1.805 22
6G8 C14 C 6.897 -0.445 23
6G8 C15 C 5.598 0.305 24
6G8 O18 O 7.111 9.087 25
6G8 C20 C 9.853 12.133 26
6G8 O27 O 13.633 9.987 27
6G8 C28 C 15.734 8.460 28
6G8 N29 N 16.738 9.575 29
6G8 F33 F 19.066 6.469 30
6G8 C34 C 6.897 -1.945 31
6G8 C35 C 6.897 -3.445 32
6G8 C36 C 6.897 -4.945 33
6G8 C37 C 5.598 -5.695 34
6G8 C38 C 5.598 -7.195 35
6G8 C39 C 6.897 -7.945 36
6G8 C40 C 8.196 -7.195 37
6G8 C41 C 8.196 -5.695 38
6G8 C42 C 6.897 -9.445 39
6G8 N43 N 5.598 -10.195 40
6G8 C44 C 4.299 -9.445 41
6G8 C45 C 3.000 -10.195 42
6G8 O46 O 3.000 -11.695 43
6G8 C47 C 4.299 -12.445 44
6G8 C48 C 5.598 -11.695 45
#
loop_
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_1
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_2
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.value_order
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.bond_dir
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.pdbx_ordinal
6G8 N29 C28 SINGLE NONE 1
6G8 N29 C30 SINGLE NONE 2
6G8 C28 C26 SINGLE BEGINWEDGE 3
6G8 C28 C32 SINGLE NONE 4
6G8 C30 C31 SINGLE NONE 5
6G8 O27 C26 DOUBLE NONE 6
6G8 C26 N1 SINGLE NONE 7
6G8 C32 C31 SINGLE NONE 8
6G8 C2 N1 SINGLE BEGINDASH 9
6G8 C31 F33 SINGLE BEGINWEDGE 10
6G8 C2 C6 SINGLE NONE 11
6G8 C2 C3 SINGLE NONE 12
6G8 C6 N5 SINGLE NONE 13
6G8 C3 C4 SINGLE NONE 14
6G8 N5 C4 SINGLE NONE 15
6G8 N5 C17 SINGLE NONE 16
6G8 C4 C7 SINGLE BEGINDASH 17
6G8 C25 C16 SINGLE NONE 18
6G8 O18 C17 DOUBLE NONE 19
6G8 C7 N8 SINGLE NONE 20
6G8 C17 C19 SINGLE NONE 21
6G8 O10 C9 DOUBLE NONE 22
6G8 N8 C9 SINGLE NONE 23
6G8 C9 C11 SINGLE NONE 24
6G8 C16 C11 DOUBLE NONE 25
6G8 C16 C15 SINGLE NONE 26
6G8 C19 C20 SINGLE NONE 27
6G8 C19 C21 SINGLE NONE 28
6G8 C11 C12 SINGLE NONE 29
6G8 C15 C14 DOUBLE NONE 30
6G8 C20 C21 SINGLE NONE 31
6G8 C12 C13 DOUBLE NONE 32
6G8 C14 C13 SINGLE NONE 33
6G8 C14 C34 SINGLE NONE 34
6G8 C34 C35 TRIPLE NONE 35
6G8 C35 C36 SINGLE NONE 36
6G8 C37 C36 DOUBLE NONE 37
6G8 C37 C38 SINGLE NONE 38
6G8 C36 C41 SINGLE NONE 39
6G8 C38 C39 DOUBLE NONE 40
6G8 C41 C40 DOUBLE NONE 41
6G8 C44 C45 SINGLE NONE 42
6G8 C44 N43 SINGLE NONE 43
6G8 C45 O46 SINGLE NONE 44
6G8 C39 C40 SINGLE NONE 45
6G8 C39 C42 SINGLE NONE 46
6G8 O46 C47 SINGLE NONE 47
6G8 C42 N43 SINGLE NONE 48
6G8 N43 C48 SINGLE NONE 49
6G8 C48 C47 SINGLE NONE 50
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_name
_pdbe_chem_comp_substructure.id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_type
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_smiles
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchis
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchikeys
6G8 MurckoScaffold S1 scaffold 'O=C(NC[C@H]1C[C@@H](NC(=O)[C@@H]2CCCN2)CN1C(=O)C1CC1)c1ccc(C#Cc2ccc(CN3CCOCC3)cc2)cc1' InChI=1S/C34H41N5O4/c40-32(36-21-30-20-29(23-39(30)34(42)28-13-14-28)37-33(41)31-2-1-15-35-31)27-11-9-25(10-12-27)4-3-24-5-7-26(8-6-24)22-38-16-18-43-19-17-38/h5-12,28-31,35H,1-2,13-23H2,(H,36,40)(H,37,41)/t29-,30-,31+/m1/s1 MNENXEKSBULQFI-OLUZHXLYSA-N
6G8 amide F1 fragment CC(N)=O InChI=1S/C2H5NO/c1-2(3)4/h1H3,(H2,3,4) DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N
6G8 cyclopropane F2 fragment C1CC1 InChI=1S/C3H6/c1-2-3-1/h1-3H2 LVZWSLJZHVFIQJ-UHFFFAOYSA-N
6G8 peptide F3 fragment NCC=O InChI=1S/C2H5NO/c3-1-2-4/h2H,1,3H2 LYIIBVSRGJSHAV-UHFFFAOYSA-N
6G8 phenyl F4 fragment c1ccccc1 InChI=1S/C6H6/c1-2-4-6-5-3-1/h1-6H UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N
6G8 Z1650040241 F5 fragment CCC(=O)NC1CCNC1 InChI=1S/C7H14N2O/c1-2-7(10)9-6-3-4-8-5-6/h6,8H,2-5H2,1H3,(H,9,10) JTOGNXBWLDRNON-UHFFFAOYSA-N
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.atom_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_ordinal
6G8 C2 S1 1
6G8 C3 S1 1
6G8 C4 S1 1
6G8 C6 S1 1
6G8 C11 S1 1
6G8 C13 S1 1
6G8 C16 S1 1
6G8 C17 S1 1
6G8 C19 S1 1
6G8 C21 S1 1
6G8 C26 S1 1
6G8 C30 S1 1
6G8 C31 S1 1
6G8 C32 S1 1
6G8 N1 S1 1
6G8 N5 S1 1
6G8 C7 S1 1
6G8 N8 S1 1
6G8 C9 S1 1
6G8 O10 S1 1
6G8 C12 S1 1
6G8 C14 S1 1
6G8 C15 S1 1
6G8 O18 S1 1
6G8 C20 S1 1
6G8 O27 S1 1
6G8 C28 S1 1
6G8 N29 S1 1
6G8 C34 S1 1
6G8 C35 S1 1
6G8 C36 S1 1
6G8 C37 S1 1
6G8 C38 S1 1
6G8 C39 S1 1
6G8 C40 S1 1
6G8 C41 S1 1
6G8 C42 S1 1
6G8 N43 S1 1
6G8 C44 S1 1
6G8 C45 S1 1
6G8 O46 S1 1
6G8 C47 S1 1
6G8 C48 S1 1
6G8 N1 F1 1
6G8 C26 F1 1
6G8 O27 F1 1
6G8 C28 F1 1
6G8 N5 F1 2
6G8 C17 F1 2
6G8 O18 F1 2
6G8 C19 F1 2
6G8 N8 F1 3
6G8 C9 F1 3
6G8 O10 F1 3
6G8 C11 F1 3
6G8 C19 F2 1
6G8 C20 F2 1
6G8 C21 F2 1
6G8 O27 F3 1
6G8 C26 F3 1
6G8 C28 F3 1
6G8 N29 F3 1
6G8 C11 F4 1
6G8 C16 F4 1
6G8 C15 F4 1
6G8 C14 F4 1
6G8 C13 F4 1
6G8 C12 F4 1
6G8 C36 F4 2
6G8 C37 F4 2
6G8 C38 F4 2
6G8 C39 F4 2
6G8 C40 F4 2
6G8 C41 F4 2
6G8 C32 F5 1
6G8 C28 F5 1
6G8 C26 F5 1
6G8 O27 F5 1
6G8 N1 F5 1
6G8 C2 F5 1
6G8 C3 F5 1
6G8 C4 F5 1
6G8 N5 F5 1
6G8 C6 F5 1
#
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.comp_id 6G8
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.exactmw 615.322
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.amw 615.750
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.lipinskiHBA 9
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.lipinskiHBD 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumRotatableBonds 9
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHBD 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHBA 6
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeavyAtoms 45
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAtoms 87
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeteroatoms 10
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAmideBonds 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.FractionCSP3 0.514
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumRings 6
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAromaticRings 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAliphaticRings 4
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSaturatedRings 4
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeterocycles 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAromaticHeterocycles 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSaturatedHeterocycles 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAliphaticHeterocycles 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSpiroAtoms 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumBridgeheadAtoms 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAtomStereoCenters 4
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumUnspecifiedAtomStereoCenters 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.labuteASA 322.974
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.tpsa 103.010
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.CrippenClogP 1.879
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.CrippenMR 166.777
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi0v 21.747
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi1v 11.893
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi2v 5.123
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi3v 5.123
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi4v 3.114
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi0n 63.747
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi1n 32.735
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi2n 5.123
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi3n 5.123
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi4n 3.114
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.hallKierAlpha -3.780
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa1 8.568
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa2 14.108
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa3 8.090
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.Phi 2.686
#
_pdbe_chem_comp_external_mappings.comp_id 6G8
_pdbe_chem_comp_external_mappings.source UniChem
_pdbe_chem_comp_external_mappings.resource PubChem
_pdbe_chem_comp_external_mappings.resource_id 164889257
#
loop_
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.comp_id
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.atom_id
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_x_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_y_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_z_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.rdkit_method
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.rdkit_ordinal
6G8 C2 -7.341 -1.680 1.462 ETKDGv3 1
6G8 C3 -6.804 -0.320 1.920 ETKDGv3 2
6G8 C4 -5.283 -0.400 1.757 ETKDGv3 3
6G8 C6 -6.180 -2.654 1.687 ETKDGv3 4
6G8 C11 -1.170 1.443 0.757 ETKDGv3 5
6G8 C13 0.722 1.135 -0.778 ETKDGv3 6
6G8 C16 -0.333 1.844 1.752 ETKDGv3 7
6G8 C17 -3.705 -2.399 2.119 ETKDGv3 8
6G8 C19 -2.681 -1.633 2.907 ETKDGv3 9
6G8 C21 -3.108 -1.268 4.321 ETKDGv3 10
6G8 C25 -0.827 2.219 3.125 ETKDGv3 11
6G8 C26 -8.923 -0.968 -0.394 ETKDGv3 12
6G8 C30 -8.006 -0.511 -3.847 ETKDGv3 13
6G8 C31 -8.246 -2.004 -3.736 ETKDGv3 14
6G8 C32 -9.251 -2.144 -2.611 ETKDGv3 15
6G8 N1 -7.723 -1.624 0.046 ETKDGv3 16
6G8 N5 -4.987 -1.829 1.803 ETKDGv3 17
6G8 C7 -4.837 0.199 0.408 ETKDGv3 18
6G8 N8 -3.382 0.287 0.328 ETKDGv3 19
6G8 C9 -2.642 1.362 0.928 ETKDGv3 20
6G8 O10 -3.251 2.249 1.587 ETKDGv3 21
6G8 C12 -0.595 1.071 -0.563 ETKDGv3 22
6G8 C14 1.627 1.582 0.296 ETKDGv3 23
6G8 C15 1.128 1.923 1.491 ETKDGv3 24
6G8 O18 -3.432 -3.567 1.731 ETKDGv3 25
6G8 C20 -2.113 -2.391 4.100 ETKDGv3 26
6G8 O27 -9.737 -0.506 0.452 ETKDGv3 27
6G8 C28 -9.214 -0.803 -1.867 ETKDGv3 28
6G8 N29 -8.224 0.064 -2.524 ETKDGv3 29
6G8 F33 -7.064 -2.645 -3.399 ETKDGv3 30
6G8 C34 3.044 1.655 0.051 ETKDGv3 31
6G8 C35 4.230 1.716 -0.154 ETKDGv3 32
6G8 C36 5.646 1.788 -0.400 ETKDGv3 33
6G8 C37 6.480 2.218 0.558 ETKDGv3 34
6G8 C38 7.933 2.288 0.299 ETKDGv3 35
6G8 C39 8.427 1.926 -0.898 ETKDGv3 36
6G8 C40 7.501 1.448 -1.954 ETKDGv3 37
6G8 C41 6.184 1.383 -1.717 ETKDGv3 38
6G8 C42 9.910 1.976 -1.159 ETKDGv3 39
6G8 N43 10.620 0.951 -0.359 ETKDGv3 40
6G8 C44 12.079 1.207 -0.282 ETKDGv3 41
6G8 C45 12.872 0.470 -1.380 ETKDGv3 42
6G8 O46 12.055 0.217 -2.502 ETKDGv3 43
6G8 C47 11.057 -0.731 -2.170 ETKDGv3 44
6G8 C48 10.351 -0.425 -0.828 ETKDGv3 45
6G8 H1 -8.219 -1.989 2.073 ETKDGv3 46
6G8 H2 -7.258 0.531 1.366 ETKDGv3 47
6G8 H3 -7.043 -0.188 2.999 ETKDGv3 48
6G8 H4 -4.798 0.139 2.599 ETKDGv3 49
6G8 H5 -6.070 -3.386 0.858 ETKDGv3 50
6G8 H6 -6.332 -3.209 2.638 ETKDGv3 51
6G8 H7 1.122 0.867 -1.749 ETKDGv3 52
6G8 H8 -1.960 -0.960 2.402 ETKDGv3 53
6G8 H9 -2.654 -0.336 4.717 ETKDGv3 54
6G8 H10 -4.118 -1.615 4.631 ETKDGv3 55
6G8 H11 -1.563 1.474 3.491 ETKDGv3 56
6G8 H12 -1.295 3.225 3.093 ETKDGv3 57
6G8 H13 0.008 2.246 3.856 ETKDGv3 58
6G8 H14 -8.736 -0.066 -4.558 ETKDGv3 59
6G8 H15 -6.978 -0.293 -4.216 ETKDGv3 60
6G8 H16 -8.634 -2.424 -4.689 ETKDGv3 61
6G8 H17 -9.006 -3.014 -1.963 ETKDGv3 62
6G8 H18 -10.266 -2.309 -3.037 ETKDGv3 63
6G8 H19 -7.100 -2.051 -0.676 ETKDGv3 64
6G8 H20 -5.207 -0.437 -0.425 ETKDGv3 65
6G8 H21 -5.274 1.212 0.267 ETKDGv3 66
6G8 H22 -2.874 -0.468 -0.185 ETKDGv3 67
6G8 H23 -1.243 0.765 -1.374 ETKDGv3 68
6G8 H24 1.794 2.256 2.279 ETKDGv3 69
6G8 H25 -2.535 -3.401 4.296 ETKDGv3 70
6G8 H26 -1.070 -2.121 4.366 ETKDGv3 71
6G8 H27 -10.210 -0.317 -1.975 ETKDGv3 72
6G8 H28 -7.309 0.025 -2.014 ETKDGv3 73
6G8 H30 6.102 2.517 1.529 ETKDGv3 74
6G8 H31 8.593 2.630 1.087 ETKDGv3 75
6G8 H32 7.886 1.144 -2.919 ETKDGv3 76
6G8 H33 5.515 1.031 -2.493 ETKDGv3 77
6G8 H34 10.257 2.995 -0.879 ETKDGv3 78
6G8 H35 10.119 1.858 -2.244 ETKDGv3 79
6G8 H37 12.304 2.295 -0.329 ETKDGv3 80
6G8 H38 12.444 0.863 0.709 ETKDGv3 81
6G8 H39 13.301 -0.480 -0.983 ETKDGv3 82
6G8 H40 13.729 1.100 -1.698 ETKDGv3 83
6G8 H41 10.296 -0.721 -2.980 ETKDGv3 84
6G8 H42 11.495 -1.753 -2.150 ETKDGv3 85
6G8 H43 9.259 -0.613 -0.914 ETKDGv3 86
6G8 H44 10.721 -1.137 -0.058 ETKDGv3 87
#