data_AJN
#
_chem_comp.id AJN
_chem_comp.name Ajmalicine
_chem_comp.type NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C21 H24 N2 O3"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms "methyl (19alpha)-19-methyl-16,17-didehydro-18-oxayohimban-16-carboxylate"
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2014-10-15
_chem_comp.pdbx_modified_date 2021-03-13
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 352.427
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code AJN
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 4WNT
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site RCSB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
AJN O1 O1 O 0 1 N N N N N N 11.192 36.511 -77.929 -3.735 2.942 0.660 O1 AJN 1
AJN C13 C1 C 0 1 N N N N N N 10.944 37.696 -77.947 -2.944 2.173 0.147 C13 AJN 2
AJN O2 O2 O 0 1 N N N N N N 11.759 38.612 -77.408 -1.864 2.651 -0.505 O2 AJN 3
AJN C14 C2 C 0 1 N N N N N N 12.989 38.100 -76.844 -1.711 4.071 -0.554 C14 AJN 4
AJN C11 C3 C 0 1 N N N N N N 9.706 38.289 -78.518 -3.155 0.776 0.240 C11 AJN 5
AJN C12 C4 C 0 1 N N N N N N 9.775 39.457 -79.155 -4.289 0.311 0.783 C12 AJN 6
AJN O O3 O 0 1 N N N N N N 8.707 40.149 -79.634 -4.570 -0.994 0.924 O AJN 7
AJN C1 C5 C 0 1 N N S N N N 7.393 39.537 -79.437 -3.725 -1.968 0.248 C1 AJN 8
AJN C C6 C 0 1 N N N N N N 7.006 38.806 -80.699 -4.078 -2.017 -1.240 C AJN 9
AJN C10 C7 C 0 1 N N S N N N 8.376 37.614 -78.305 -2.110 -0.166 -0.276 C10 AJN 10
AJN C2 C8 C 0 1 N N R N N N 7.295 38.705 -78.170 -2.274 -1.522 0.421 C2 AJN 11
AJN C9 C9 C 0 1 N N N N N N 8.344 36.655 -77.110 -0.690 0.342 -0.043 C9 AJN 12
AJN C8 C10 C 0 1 N N S N N N 6.960 36.042 -77.029 0.283 -0.694 -0.617 C8 AJN 13
AJN N N1 N 0 1 N N N N N N 5.973 37.110 -76.779 0.076 -1.997 0.027 N AJN 14
AJN C3 C11 C 0 1 N N N N N N 5.939 38.022 -77.932 -1.288 -2.513 -0.192 C3 AJN 15
AJN C7 C12 C 0 1 Y N N N N N 6.830 35.018 -75.954 1.705 -0.257 -0.369 C7 AJN 16
AJN N1 N2 N 0 1 Y N N N N N 7.761 34.017 -75.721 2.223 1.003 -0.493 N1 AJN 17
AJN C15 C13 C 0 1 Y N N N N N 7.296 33.227 -74.686 3.551 0.990 -0.176 C15 AJN 18
AJN C20 C14 C 0 1 Y N N N N N 6.060 33.754 -74.251 3.892 -0.345 0.163 C20 AJN 19
AJN C6 C15 C 0 1 Y N N N N N 5.792 34.893 -75.096 2.674 -1.114 0.028 C6 AJN 20
AJN C5 C16 C 0 1 N N N N N N 4.585 35.793 -75.186 2.443 -2.585 0.264 C5 AJN 21
AJN C4 C17 C 0 1 N N N N N N 4.639 36.559 -76.505 1.099 -2.969 -0.370 C4 AJN 22
AJN C19 C18 C 0 1 Y N N N N N 5.388 33.113 -73.216 5.196 -0.689 0.535 C19 AJN 23
AJN C18 C19 C 0 1 Y N N N N N 5.931 31.970 -72.641 6.122 0.324 0.558 C18 AJN 24
AJN C17 C20 C 0 1 Y N N N N N 7.139 31.456 -73.088 5.794 1.630 0.230 C17 AJN 25
AJN C16 C21 C 0 1 Y N N N N N 7.838 32.076 -74.113 4.513 1.997 -0.143 C16 AJN 26
AJN H1 H1 H 0 1 N N N N N N 13.578 38.932 -76.432 -0.805 4.320 -1.106 H1 AJN 27
AJN H2 H2 H 0 1 N N N N N N 12.755 37.384 -76.042 -2.573 4.512 -1.054 H2 AJN 28
AJN H3 H3 H 0 1 N N N N N N 13.569 37.593 -77.629 -1.638 4.464 0.460 H3 AJN 29
AJN H4 H4 H 0 1 N N N N N N 10.755 39.887 -79.302 -5.019 1.028 1.128 H4 AJN 30
AJN H5 H5 H 0 1 N N N N N N 6.672 40.359 -79.322 -3.865 -2.952 0.694 H5 AJN 31
AJN H6 H6 H 0 1 N N N N N N 6.019 38.340 -80.565 -3.921 -1.034 -1.684 H6 AJN 32
AJN H7 H7 H 0 1 N N N N N N 6.965 39.518 -81.537 -3.443 -2.748 -1.741 H7 AJN 33
AJN H8 H8 H 0 1 N N N N N N 7.752 38.027 -80.915 -5.123 -2.305 -1.356 H8 AJN 34
AJN H9 H9 H 0 1 N N N N N N 8.145 37.029 -79.207 -2.256 -0.304 -1.347 H9 AJN 35
AJN H10 H10 H 0 1 N N N N N N 7.534 39.338 -77.302 -2.054 -1.411 1.483 H10 AJN 36
AJN H11 H11 H 0 1 N N N N N N 9.094 35.863 -77.249 -0.553 1.297 -0.550 H11 AJN 37
AJN H12 H12 H 0 1 N N N N N N 8.561 37.207 -76.184 -0.512 0.461 1.026 H12 AJN 38
AJN H13 H13 H 0 1 N N N N N N 6.734 35.568 -77.996 0.118 -0.791 -1.690 H13 AJN 39
AJN H15 H15 H 0 1 N N N N N N 5.179 38.796 -77.749 -1.397 -3.485 0.288 H15 AJN 40
AJN H16 H16 H 0 1 N N N N N N 5.669 37.448 -78.830 -1.477 -2.606 -1.261 H16 AJN 41
AJN H17 H17 H 0 1 N N N N N N 8.620 33.889 -76.216 1.722 1.788 -0.765 H17 AJN 42
AJN H18 H18 H 0 1 N N N N N N 4.590 36.503 -74.346 3.245 -3.161 -0.197 H18 AJN 43
AJN H19 H19 H 0 1 N N N N N N 3.668 35.186 -75.148 2.415 -2.785 1.335 H19 AJN 44
AJN H20 H20 H 0 1 N N N N N N 3.917 37.388 -76.462 0.807 -3.963 -0.030 H20 AJN 45
AJN H21 H21 H 0 1 N N N N N N 4.365 35.875 -77.322 1.196 -2.971 -1.456 H21 AJN 46
AJN H22 H22 H 0 1 N N N N N N 4.446 33.503 -72.860 5.461 -1.703 0.793 H22 AJN 47
AJN H23 H23 H 0 1 N N N N N N 5.406 31.476 -71.837 7.140 0.096 0.840 H23 AJN 48
AJN H24 H24 H 0 1 N N N N N N 7.540 30.563 -72.633 6.564 2.386 0.266 H24 AJN 49
AJN H25 H25 H 0 1 N N N N N N 8.780 31.677 -74.460 4.270 3.019 -0.397 H25 AJN 50
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
AJN C C1 SING N N 1
AJN O C1 SING N N 2
AJN O C12 SING N N 3
AJN C1 C2 SING N N 4
AJN C12 C11 DOUB N N 5
AJN C11 C10 SING N N 6
AJN C11 C13 SING N N 7
AJN C10 C2 SING N N 8
AJN C10 C9 SING N N 9
AJN C2 C3 SING N N 10
AJN C13 O1 DOUB N N 11
AJN C13 O2 SING N N 12
AJN C3 N SING N N 13
AJN O2 C14 SING N N 14
AJN C9 C8 SING N N 15
AJN C8 N SING N N 16
AJN C8 C7 SING N N 17
AJN N C4 SING N N 18
AJN C4 C5 SING N N 19
AJN C7 N1 SING Y N 20
AJN C7 C6 DOUB Y N 21
AJN N1 C15 SING Y N 22
AJN C5 C6 SING N N 23
AJN C6 C20 SING Y N 24
AJN C15 C20 DOUB Y N 25
AJN C15 C16 SING Y N 26
AJN C20 C19 SING Y N 27
AJN C16 C17 DOUB Y N 28
AJN C19 C18 DOUB Y N 29
AJN C17 C18 SING Y N 30
AJN C14 H1 SING N N 31
AJN C14 H2 SING N N 32
AJN C14 H3 SING N N 33
AJN C12 H4 SING N N 34
AJN C1 H5 SING N N 35
AJN C H6 SING N N 36
AJN C H7 SING N N 37
AJN C H8 SING N N 38
AJN C10 H9 SING N N 39
AJN C2 H10 SING N N 40
AJN C9 H11 SING N N 41
AJN C9 H12 SING N N 42
AJN C8 H13 SING N N 43
AJN C3 H15 SING N N 44
AJN C3 H16 SING N N 45
AJN N1 H17 SING N N 46
AJN C5 H18 SING N N 47
AJN C5 H19 SING N N 48
AJN C4 H20 SING N N 49
AJN C4 H21 SING N N 50
AJN C19 H22 SING N N 51
AJN C18 H23 SING N N 52
AJN C17 H24 SING N N 53
AJN C16 H25 SING N N 54
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
AJN SMILES ACDLabs 12.01 O=C(OC)C4=COC(C5CN3CCc1c(nc2ccccc12)C3CC45)C
AJN InChI InChI 1.03 InChI=1S/C21H24N2O3/c1-12-16-10-23-8-7-14-13-5-3-4-6-18(13)22-20(14)19(23)9-15(16)17(11-26-12)21(24)25-2/h3-6,11-12,15-16,19,22H,7-10H2,1-2H3/t12-,15-,16+,19-/m0/s1
AJN InChIKey InChI 1.03 GRTOGORTSDXSFK-XJTZBENFSA-N
AJN SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 COC(=O)C1=CO[C@@H](C)[C@H]2CN3CCc4c([nH]c5ccccc45)[C@@H]3C[C@H]12
AJN SMILES CACTVS 3.385 COC(=O)C1=CO[CH](C)[CH]2CN3CCc4c([nH]c5ccccc45)[CH]3C[CH]12
AJN SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.9.2 C[C@H]1[C@H]2CN3CCc4c5ccccc5[nH]c4[C@@H]3C[C@@H]2C(=CO1)C(=O)OC
AJN SMILES "OpenEye OEToolkits" 1.9.2 CC1C2CN3CCc4c5ccccc5[nH]c4C3CC2C(=CO1)C(=O)OC
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id AJN
_pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program ACDLabs
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 12.01
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier "methyl (19alpha)-19-methyl-16,17-didehydro-18-oxayohimban-16-carboxylate"
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
AJN 'Create component' 2014-10-15 RCSB
AJN 'Initial release' 2015-01-14 RCSB
AJN 'Modify synonyms' 2021-03-13 RCSB
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id AJN
_pdbx_chem_comp_synonyms.name "methyl (19alpha)-19-methyl-16,17-didehydro-18-oxayohimban-16-carboxylate"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance PDB
_pdbx_chem_comp_synonyms.type ?
#
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.comp_id AJN
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.drugbank_id DB15949
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.type 'small molecule'
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.name Raubasine
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.description ?
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.cas_number 483-04-5
_pdbe_chem_comp_drugbank_details.mechanism_of_action ?
#
loop_
_pdbe_chem_comp_synonyms.comp_id
_pdbe_chem_comp_synonyms.name
_pdbe_chem_comp_synonyms.provenance
_pdbe_chem_comp_synonyms.type
AJN 'methyl (19alpha)-19-methyl-16,17-didehydro-18-oxayohimban-16-carboxylate' wwPDB ?
AJN Ajmalicin DrugBank ?
AJN Circolene DrugBank ?
AJN delta-Yohimbine DrugBank ?
AJN Hydrosarpan DrugBank ?
#
loop_
_software.name
_software.version
_software.description
rdkit 2023.03.3 'Core functionality.'
pdbeccdutils 0.8.4 'Wrapper to provide 2D templates and molecular fragments.'
#
loop_
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.atom_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.element
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_x
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_y
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.pdbx_ordinal
AJN O1 O 9.429 -2.100 1
AJN C13 C 10.892 -2.429 2
AJN O2 O 11.339 -3.861 3
AJN C14 C 10.323 -4.963 4
AJN C11 C 11.909 -1.326 5
AJN C12 C 13.498 -1.676 6
AJN O O 14.587 -0.467 7
AJN C1 C 14.072 1.077 8
AJN C C 15.063 2.203 9
AJN C10 C 11.430 0.230 10
AJN C2 C 12.476 1.391 11
AJN C9 C 9.904 0.566 12
AJN C8 C 9.444 2.060 13
AJN N N 10.448 3.174 14
AJN C3 C 11.981 2.873 15
AJN C7 C 7.977 2.372 16
AJN N1 N 6.769 1.498 17
AJN C15 C 5.563 2.376 18
AJN C20 C 6.022 3.794 19
AJN C6 C 7.514 3.798 20
AJN C5 C 8.517 4.913 21
AJN C4 C 9.985 4.601 22
AJN C19 C 5.000 4.963 23
AJN C18 C 3.479 4.651 24
AJN C17 C 3.000 3.173 25
AJN C16 C 4.049 2.028 26
#
loop_
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_1
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_2
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.value_order
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.bond_dir
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.pdbx_ordinal
AJN C1 C SINGLE BEGINDASH 1
AJN O C1 SINGLE NONE 2
AJN O C12 SINGLE NONE 3
AJN C1 C2 SINGLE NONE 4
AJN C12 C11 DOUBLE NONE 5
AJN C11 C10 SINGLE NONE 6
AJN C11 C13 SINGLE NONE 7
AJN C10 C2 SINGLE NONE 8
AJN C10 C9 SINGLE NONE 9
AJN C2 C3 SINGLE NONE 10
AJN C13 O1 DOUBLE NONE 11
AJN C13 O2 SINGLE NONE 12
AJN C3 N SINGLE NONE 13
AJN O2 C14 SINGLE NONE 14
AJN C9 C8 SINGLE NONE 15
AJN C8 N SINGLE NONE 16
AJN C8 C7 SINGLE NONE 17
AJN N C4 SINGLE NONE 18
AJN C4 C5 SINGLE NONE 19
AJN C7 N1 SINGLE NONE 20
AJN C7 C6 DOUBLE NONE 21
AJN N1 C15 SINGLE NONE 22
AJN C5 C6 SINGLE NONE 23
AJN C6 C20 SINGLE NONE 24
AJN C15 C20 DOUBLE NONE 25
AJN C15 C16 SINGLE NONE 26
AJN C20 C19 SINGLE NONE 27
AJN C16 C17 DOUBLE NONE 28
AJN C19 C18 DOUBLE NONE 29
AJN C17 C18 SINGLE NONE 30
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_name
_pdbe_chem_comp_substructure.id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_type
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_smiles
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchis
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchikeys
AJN MurckoScaffold S1 scaffold 'C1=C[C@H]2C[C@H]3c4[nH]c5ccccc5c4CCN3C[C@@H]2CO1' InChI=1S/C18H20N2O/c1-2-4-16-14(3-1)15-5-7-20-10-13-11-21-8-6-12(13)9-17(20)18(15)19-16/h1-4,6,8,12-13,17,19H,5,7,9-11H2/t12-,13+,17-/m0/s1 IOMWAAMCMVHWQP-AHIWAGSCSA-N
AJN indole F1 fragment 'c1ccc2[nH]ccc2c1' InChI=1S/C8H7N/c1-2-4-8-7(3-1)5-6-9-8/h1-6,9H SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N
AJN phenyl F2 fragment c1ccccc1 InChI=1S/C6H6/c1-2-4-6-5-3-1/h1-6H UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N
AJN pyrrole F3 fragment 'c1cc[nH]c1' InChI=1S/C4H5N/c1-2-4-5-3-1/h1-5H KAESVJOAVNADME-UHFFFAOYSA-N
AJN Z738741468 F4 fragment COC(=O)CC1CCNCC1 InChI=1S/C8H15NO2/c1-11-8(10)6-7-2-4-9-5-3-7/h7,9H,2-6H2,1H3 VOUIHMBRJVKANW-UHFFFAOYSA-N
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.atom_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_ordinal
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