data_KIO
#
_chem_comp.id KIO
_chem_comp.name
(1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione
_chem_comp.type non-polymer
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula "C27 H31 N13 O8"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2022-05-25
_chem_comp.pdbx_modified_date 2023-01-06
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 665.617
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code KIO
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 7ZZH
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site PDBE
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
KIO N1 N1 N 0 1 Y N N N N N 19.671 4.242 7.728 9.151 -1.825 0.084 N1 KIO 1
KIO C7 C1 C 0 1 N N N N N N 13.991 9.893 10.495 1.128 1.629 -0.347 C7 KIO 2
KIO C8 C2 C 0 1 N N N N N N 14.343 10.799 12.747 0.121 0.850 -2.405 C8 KIO 3
KIO N2 N2 N 0 1 Y N N N N N 19.205 6.370 8.755 6.853 -2.074 0.083 N2 KIO 4
KIO C9 C3 C 0 1 N N N N N N 15.791 11.060 12.815 -0.691 0.169 -1.378 C9 KIO 5
KIO O1 O1 O 0 1 N N N N N N 18.854 8.358 12.836 -3.790 0.836 0.063 O1 KIO 6
KIO C1 C4 C 0 1 Y N N N N N 19.989 5.348 8.408 8.068 -2.579 0.130 C1 KIO 7
KIO O5 O2 O 0 1 N N N N N N 18.559 9.385 16.223 -6.889 -0.474 -0.946 O5 KIO 8
KIO C5 C5 C 0 1 N N R N N N 16.932 8.372 9.049 4.169 -0.363 -0.065 C5 KIO 9
KIO C6 C6 C 0 1 N N R N N N 15.404 9.846 9.948 2.002 0.382 -0.192 C6 KIO 10
KIO N3 N3 N 0 1 Y N N N N N 16.133 5.266 7.301 7.328 1.354 -0.166 N3 KIO 11
KIO C4 C7 C 0 1 Y N N N N N 15.835 6.430 7.830 6.026 1.342 -0.176 C4 KIO 12
KIO O4 O3 O 0 1 N N N N N N 18.312 6.785 15.842 -7.160 1.696 0.337 O4 KIO 13
KIO C3 C8 C 0 1 Y N N N N N 17.474 5.098 7.608 7.790 0.084 -0.068 C3 KIO 14
KIO O3 O4 O 0 1 N N N N N N 12.798 7.677 14.365 0.031 3.234 0.384 O3 KIO 15
KIO C2 C9 C 0 1 Y N N N N N 17.954 6.183 8.327 6.668 -0.762 -0.015 C2 KIO 16
KIO N4 N4 N 0 1 Y N N N N N 16.888 7.038 8.461 5.572 0.060 -0.085 N4 KIO 17
KIO N N5 N 0 1 N N N N N N 18.105 2.989 6.583 10.206 0.280 -0.062 N KIO 18
KIO C C10 C 0 1 Y N N N N N 18.401 4.082 7.300 9.066 -0.502 -0.014 C KIO 19
KIO O O5 O 0 1 N N N N N N 15.900 8.497 10.013 3.334 0.636 -0.688 O KIO 20
KIO C10 C11 C 0 1 N N N N N N 16.965 11.205 12.970 -1.446 -0.569 -0.834 C10 KIO 21
KIO C11 C12 C 0 1 Y N N N N N 18.344 11.482 12.848 -2.388 -1.628 -0.602 C11 KIO 22
KIO C12 C13 C 0 1 Y N N N N N 20.218 12.396 12.383 -3.206 -3.614 -0.268 C12 KIO 23
KIO C13 C14 C 0 1 Y N N N N N 21.297 13.178 11.925 -3.480 -4.981 -0.072 C13 KIO 24
KIO C14 C15 C 0 1 Y N N N N N 22.697 11.504 12.704 -5.727 -4.472 0.068 C14 KIO 25
KIO C15 C16 C 0 1 Y N N N N N 20.532 11.186 12.986 -4.287 -2.715 -0.284 C15 KIO 26
KIO C16 C17 C 0 1 N N R N N N 19.165 9.262 13.867 -4.488 -0.214 -0.616 C16 KIO 27
KIO C17 C18 C 0 1 N N R N N N 18.446 7.136 13.476 -4.744 1.736 0.643 C17 KIO 28
KIO C18 C19 C 0 1 N N N N N N 17.659 6.288 12.491 -4.230 2.248 1.987 C18 KIO 29
KIO C19 C20 C 0 1 N N N N N N 15.486 5.320 13.061 -3.135 4.069 0.844 C19 KIO 30
KIO C20 C21 C 0 1 N N N N N N 13.981 5.518 13.077 -1.942 4.950 0.573 C20 KIO 31
KIO C21 C22 C 0 1 N N N N N N 13.014 7.742 13.156 -0.346 3.670 -0.683 C21 KIO 32
KIO C22 C23 C 0 1 N N N N N N 12.749 9.015 12.373 0.301 3.224 -1.969 C22 KIO 33
KIO C23 C24 C 0 1 N N S N N N 17.754 7.552 14.783 -6.051 0.952 0.847 C23 KIO 34
KIO C24 C25 C 0 1 N N R N N N 18.076 9.060 14.924 -5.869 -0.352 0.047 C24 KIO 35
KIO C25 C26 C 0 1 N N S N N N 15.465 10.196 8.466 2.195 0.044 1.303 C25 KIO 36
KIO C26 C27 C 0 1 N N R N N N 16.755 9.500 8.015 3.654 -0.458 1.388 C26 KIO 37
KIO N10 N6 N 0 1 Y N N N N N 19.322 10.594 13.287 -3.747 -1.470 -0.502 N10 KIO 38
KIO N11 N7 N 0 1 N N N N N N 16.210 6.353 12.635 -3.018 3.065 1.759 N11 KIO 39
KIO N12 N8 N 0 1 N N N N N N 13.538 6.744 12.447 -1.371 4.576 -0.745 N12 KIO 40
KIO N5 N9 N 0 1 N N N N N N 13.997 9.635 11.938 0.921 1.907 -1.774 N5 KIO 41
KIO N6 N10 N 0 1 Y N N N N N 18.838 12.579 12.306 -2.078 -2.895 -0.458 N6 KIO 42
KIO N7 N11 N 0 1 N N N N N N 21.155 14.365 11.318 -2.457 -5.913 -0.050 N7 KIO 43
KIO N8 N12 N 0 1 Y N N N N N 22.547 12.690 12.101 -4.745 -5.354 0.090 N8 KIO 44
KIO N9 N13 N 0 1 Y N N N N N 21.757 10.685 13.184 -5.517 -3.184 -0.109 N9 KIO 45
KIO O2 O6 O 0 1 N N N N N N 15.984 4.260 13.433 -4.181 4.251 0.258 O2 KIO 46
KIO O6 O7 O 0 1 N N N N N N 15.544 11.603 8.257 1.286 -0.982 1.706 O6 KIO 47
KIO O7 O8 O 0 1 N N N N N N 17.868 10.385 8.022 3.693 -1.811 1.846 O7 KIO 48
KIO H1 H1 H 0 1 N N N N N N 13.561 10.888 10.306 0.165 1.460 0.135 H1 KIO 49
KIO H2 H2 H 0 1 N N N N N N 13.381 9.128 9.992 1.624 2.480 0.121 H2 KIO 50
KIO H3 H3 H 0 1 N N N N N N 13.850 11.682 12.314 0.784 0.128 -2.882 H3 KIO 51
KIO H4 H4 H 0 1 N N N N N N 13.971 10.635 13.769 -0.536 1.290 -3.155 H4 KIO 52
KIO H5 H5 H 0 1 N N N N N N 21.021 5.425 8.719 8.184 -3.649 0.210 H5 KIO 53
KIO H6 H6 H 0 1 N N N N N N 17.868 9.252 16.861 -7.781 -0.564 -0.584 H6 KIO 54
KIO H7 H7 H 0 1 N N N N N N 17.908 8.513 9.537 4.056 -1.322 -0.571 H7 KIO 55
KIO H8 H8 H 0 1 N N N N N N 16.049 10.531 10.519 1.555 -0.461 -0.718 H8 KIO 56
KIO H9 H9 H 0 1 N N N N N N 14.850 6.868 7.773 5.399 2.218 -0.245 H9 KIO 57
KIO H10 H10 H 0 1 N N N N N N 17.897 7.027 16.662 -8.012 1.250 0.438 H10 KIO 58
KIO H11 H11 H 0 1 N N N N N N 18.927 2.430 6.472 10.131 1.244 -0.134 H11 KIO 59
KIO H12 H12 H 0 1 N N N N N N 17.403 2.459 7.058 11.082 -0.137 -0.024 H12 KIO 60
KIO H13 H13 H 0 1 N N N N N N 23.716 11.163 12.818 -6.741 -4.819 0.199 H13 KIO 61
KIO H14 H14 H 0 1 N N N N N N 20.123 8.970 14.322 -4.610 0.051 -1.667 H14 KIO 62
KIO H15 H15 H 0 1 N N N N N N 19.348 6.569 13.751 -4.916 2.572 -0.035 H15 KIO 63
KIO H16 H16 H 0 1 N N N N N N 17.967 5.240 12.622 -4.997 2.858 2.463 H16 KIO 64
KIO H17 H17 H 0 1 N N N N N N 17.915 6.621 11.475 -3.984 1.402 2.629 H17 KIO 65
KIO H18 H18 H 0 1 N N N N N N 13.645 5.527 14.124 -2.254 5.994 0.555 H18 KIO 66
KIO H19 H19 H 0 1 N N N N N N 13.516 4.672 12.550 -1.195 4.804 1.354 H19 KIO 67
KIO H20 H20 H 0 1 N N N N N N 12.200 9.722 13.012 -0.455 3.158 -2.752 H20 KIO 68
KIO H21 H21 H 0 1 N N N N N N 12.141 8.773 11.489 1.064 3.946 -2.260 H21 KIO 69
KIO H22 H22 H 0 1 N N N N N N 16.667 7.406 14.700 -6.198 0.731 1.904 H22 KIO 70
KIO H23 H23 H 0 1 N N N N N N 17.187 9.654 14.664 -5.884 -1.213 0.716 H23 KIO 71
KIO H24 H24 H 0 1 N N N N N N 14.602 9.760 7.941 2.061 0.934 1.917 H24 KIO 72
KIO H25 H25 H 0 1 N N N N N N 16.605 9.061 7.018 4.241 0.183 2.046 H25 KIO 73
KIO H26 H26 H 0 1 N N N N N N 15.742 7.206 12.405 -2.189 2.896 2.233 H26 KIO 74
KIO H27 H27 H 0 1 N N N N N N 13.628 6.844 11.456 -1.697 4.944 -1.581 H27 KIO 75
KIO H29 H29 H 0 1 N N N N N N 22.056 14.726 11.075 -2.660 -6.852 0.086 H29 KIO 76
KIO H30 H30 H 0 1 N N N N N N 20.607 14.252 10.489 -1.538 -5.627 -0.169 H30 KIO 77
KIO H31 H31 H 0 1 N N N N N N 14.736 12.012 8.543 1.364 -1.234 2.637 H31 KIO 78
KIO H32 H32 H 0 1 N N N N N N 18.646 9.919 7.738 3.325 -1.938 2.731 H32 KIO 79
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
KIO N C SING N N 1
KIO C C3 DOUB Y N 2
KIO C N1 SING Y N 3
KIO N3 C3 SING Y N 4
KIO N3 C4 DOUB Y N 5
KIO C3 C2 SING Y N 6
KIO N1 C1 DOUB Y N 7
KIO C4 N4 SING Y N 8
KIO C26 O7 SING N N 9
KIO C26 C25 SING N N 10
KIO C26 C5 SING N N 11
KIO O6 C25 SING N N 12
KIO C2 N4 SING Y N 13
KIO C2 N2 DOUB Y N 14
KIO C1 N2 SING Y N 15
KIO N4 C5 SING N N 16
KIO C25 C6 SING N N 17
KIO C5 O SING N N 18
KIO C6 O SING N N 19
KIO C6 C7 SING N N 20
KIO C7 N5 SING N N 21
KIO N7 C13 SING N N 22
KIO C13 N8 DOUB Y N 23
KIO C13 C12 SING Y N 24
KIO N5 C22 SING N N 25
KIO N5 C8 SING N N 26
KIO N8 C14 SING Y N 27
KIO N6 C12 SING Y N 28
KIO N6 C11 DOUB Y N 29
KIO C22 C21 SING N N 30
KIO C12 C15 DOUB Y N 31
KIO N12 C20 SING N N 32
KIO N12 C21 SING N N 33
KIO C18 N11 SING N N 34
KIO C18 C17 SING N N 35
KIO N11 C19 SING N N 36
KIO C14 N9 DOUB Y N 37
KIO C8 C9 SING N N 38
KIO C9 C10 TRIP N N 39
KIO O1 C17 SING N N 40
KIO O1 C16 SING N N 41
KIO C11 C10 SING N N 42
KIO C11 N10 SING Y N 43
KIO C15 N9 SING Y N 44
KIO C15 N10 SING Y N 45
KIO C19 C20 SING N N 46
KIO C19 O2 DOUB N N 47
KIO C21 O3 DOUB N N 48
KIO N10 C16 SING N N 49
KIO C17 C23 SING N N 50
KIO C16 C24 SING N N 51
KIO C23 C24 SING N N 52
KIO C23 O4 SING N N 53
KIO C24 O5 SING N N 54
KIO C7 H1 SING N N 55
KIO C7 H2 SING N N 56
KIO C8 H3 SING N N 57
KIO C8 H4 SING N N 58
KIO C1 H5 SING N N 59
KIO O5 H6 SING N N 60
KIO C5 H7 SING N N 61
KIO C6 H8 SING N N 62
KIO C4 H9 SING N N 63
KIO O4 H10 SING N N 64
KIO N H11 SING N N 65
KIO N H12 SING N N 66
KIO C14 H13 SING N N 67
KIO C16 H14 SING N N 68
KIO C17 H15 SING N N 69
KIO C18 H16 SING N N 70
KIO C18 H17 SING N N 71
KIO C20 H18 SING N N 72
KIO C20 H19 SING N N 73
KIO C22 H20 SING N N 74
KIO C22 H21 SING N N 75
KIO C23 H22 SING N N 76
KIO C24 H23 SING N N 77
KIO C25 H24 SING N N 78
KIO C26 H25 SING N N 79
KIO N11 H26 SING N N 80
KIO N12 H27 SING N N 81
KIO N7 H29 SING N N 82
KIO N7 H30 SING N N 83
KIO O6 H31 SING N N 84
KIO O7 H32 SING N N 85
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
KIO InChI InChI 1.06 InChI=1S/C27H31N13O8/c28-22-16-24(34-8-32-22)39(10-36-16)26-20(45)19(44)12(48-26)6-38-3-1-2-13-37-17-23(29)33-9-35-25(17)40(13)27-21(46)18(43)11(47-27)4-30-14(41)5-31-15(42)7-38/h8-12,18-21,26-27,43-46H,3-7H2,(H,30,41)(H,31,42)(H2,28,32,34)(H2,29,33,35)/t11-,12-,18-,19-,20-,21-,26-,27-/m1/s1
KIO InChIKey InChI 1.06 PTXCAMBXJMFPQL-WNZAMUCISA-N
KIO SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CN4CC#Cc5nc6c(N)ncnc6n5[C@@H]7O[C@H](CNC(=O)CNC(=O)C4)[C@@H](O)[C@H]7O)[C@@H](O)[C@H]3O"
KIO SMILES CACTVS 3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CN4CC#Cc5nc6c(N)ncnc6n5[CH]7O[CH](CNC(=O)CNC(=O)C4)[CH](O)[CH]7O)[CH](O)[CH]3O"
KIO SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CN4CC#Cc5nc6c(ncnc6n5[C@H]7[C@@H]([C@@H]([C@H](O7)CNC(=O)CNC(=O)C4)O)O)N)O)O)N"
KIO SMILES "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)C3C(C(C(O3)CN4CC#Cc5nc6c(ncnc6n5C7C(C(C(O7)CNC(=O)CNC(=O)C4)O)O)N)O)O)N"
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id KIO
_pdbx_chem_comp_identifier.type "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 3.1.0.0
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
(1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
KIO 'Create component' 2022-05-25 PDBE
KIO 'Modify descriptor' 2022-08-22 RCSB
KIO 'Initial release' 2023-01-11 RCSB
#
loop_
_software.name
_software.version
_software.description
rdkit 2023.03.3 'Core functionality.'
pdbeccdutils 0.8.4 'Wrapper to provide 2D templates and molecular fragments.'
#
loop_
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.atom_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.element
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_x
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_y
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.pdbx_ordinal
KIO N1 N 19.764 6.311 1
KIO C7 C 14.306 -1.420 2
KIO C8 C 11.924 -0.206 3
KIO N2 N 17.659 4.787 4
KIO C9 C 11.043 1.008 5
KIO O1 O 6.004 -1.959 6
KIO C1 C 18.272 6.157 7
KIO O5 O 9.516 -1.375 8
KIO C5 C 16.860 1.503 9
KIO C6 C 15.056 -0.121 10
KIO N3 N 20.631 2.362 11
KIO C4 C 19.521 1.367 12
KIO O4 O 8.631 -4.362 13
KIO C3 C 20.031 3.727 14
KIO O3 O 11.195 -2.731 15
KIO C2 C 18.539 3.572 16
KIO N4 N 18.230 2.114 17
KIO N N 22.135 5.250 18
KIO C C 20.643 5.096 19
KIO O O 16.548 0.036 20
KIO C10 C 9.375 0.970 21
KIO C11 C 8.005 1.580 22
KIO C12 C 6.041 3.007 23
KIO C13 C 5.014 4.184 24
KIO C14 C 3.000 2.385 25
KIO C15 C 5.577 1.580 26
KIO C16 C 6.948 -0.793 27
KIO C17 C 6.161 -3.451 28
KIO C18 C 7.531 -4.061 29
KIO C19 C 9.469 -4.924 30
KIO C20 C 10.839 -5.534 31
KIO C21 C 12.474 -3.515 32
KIO C22 C 13.688 -2.633 33
KIO C23 C 7.647 -3.229 34
KIO C24 C 8.074 -1.789 35
KIO C25 C 14.446 1.250 36
KIO C26 C 15.561 2.253 37
KIO N10 N 6.791 0.698 38
KIO N11 N 8.069 -5.461 39
KIO N12 N 12.240 -4.996 40
KIO N5 N 12.806 -1.420 41
KIO N6 N 7.541 3.007 42
KIO N7 N 5.494 5.605 43
KIO N8 N 3.483 3.871 44
KIO N9 N 4.054 1.232 45
KIO O2 O 10.253 -3.645 46
KIO O6 O 12.979 1.562 47
KIO O7 O 15.404 3.745 48
#
loop_
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_1
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_2
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.value_order
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.bond_dir
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.pdbx_ordinal
KIO N C SINGLE NONE 1
KIO C C3 SINGLE NONE 2
KIO C N1 DOUBLE NONE 3
KIO N3 C3 SINGLE NONE 4
KIO N3 C4 DOUBLE NONE 5
KIO C3 C2 DOUBLE NONE 6
KIO N1 C1 SINGLE NONE 7
KIO C4 N4 SINGLE NONE 8
KIO C26 O7 SINGLE BEGINWEDGE 9
KIO C26 C25 SINGLE NONE 10
KIO C26 C5 SINGLE NONE 11
KIO C25 O6 SINGLE BEGINWEDGE 12
KIO C2 N4 SINGLE NONE 13
KIO C2 N2 SINGLE NONE 14
KIO C1 N2 DOUBLE NONE 15
KIO C5 N4 SINGLE BEGINDASH 16
KIO C25 C6 SINGLE NONE 17
KIO C5 O SINGLE NONE 18
KIO C6 O SINGLE NONE 19
KIO C6 C7 SINGLE BEGINDASH 20
KIO C7 N5 SINGLE NONE 21
KIO N7 C13 SINGLE NONE 22
KIO C13 N8 SINGLE NONE 23
KIO C13 C12 DOUBLE NONE 24
KIO N5 C22 SINGLE NONE 25
KIO N5 C8 SINGLE NONE 26
KIO N8 C14 DOUBLE NONE 27
KIO N6 C12 SINGLE NONE 28
KIO N6 C11 DOUBLE NONE 29
KIO C22 C21 SINGLE NONE 30
KIO C12 C15 SINGLE NONE 31
KIO N12 C20 SINGLE NONE 32
KIO N12 C21 SINGLE NONE 33
KIO C18 N11 SINGLE NONE 34
KIO C18 C17 SINGLE NONE 35
KIO N11 C19 SINGLE NONE 36
KIO C14 N9 SINGLE NONE 37
KIO C8 C9 SINGLE NONE 38
KIO C9 C10 TRIPLE NONE 39
KIO O1 C17 SINGLE NONE 40
KIO O1 C16 SINGLE NONE 41
KIO C11 C10 SINGLE NONE 42
KIO C11 N10 SINGLE NONE 43
KIO C15 N9 DOUBLE NONE 44
KIO C15 N10 SINGLE NONE 45
KIO C19 C20 SINGLE NONE 46
KIO C19 O2 DOUBLE NONE 47
KIO C21 O3 DOUBLE NONE 48
KIO N10 C16 SINGLE NONE 49
KIO C17 C23 SINGLE NONE 50
KIO C16 C24 SINGLE NONE 51
KIO C23 C24 SINGLE NONE 52
KIO C23 O4 SINGLE BEGINDASH 53
KIO C24 O5 SINGLE BEGINDASH 54
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_name
_pdbe_chem_comp_substructure.id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_type
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_smiles
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchis
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchikeys
KIO MurckoScaffold S1 scaffold 'O=C1CNC(=O)CN(C[C@@H]2CC[C@H](n3cnc4cncnc43)O2)CC#Cc2nc3cncnc3n2[C@H]2CC[C@@H](CN1)O2' InChI=1S/C27H29N11O4/c39-22-11-31-23(40)13-36(12-18-4-5-24(42-18)37-16-34-19-9-28-14-32-26(19)37)7-1-2-21-35-20-10-29-15-33-27(20)38(21)25-6-3-17(41-25)8-30-22/h9-10,14-18,24-25H,3-8,11-13H2,(H,30,39)(H,31,40)/t17-,18-,24+,25+/m0/s1 VLJCTNFFQBVRLF-WFDFDODZSA-N
KIO adenine F1 fragment 'Nc1ncnc2nc[nH]c12' InChI=1S/C5H5N5/c6-4-3-5(9-1-7-3)10-2-8-4/h1-2H,(H3,6,7,8,9,10) GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N
KIO amide F2 fragment CC(N)=O InChI=1S/C2H5NO/c1-2(3)4/h1H3,(H2,3,4) DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N
KIO imidazole F3 fragment 'c1c[nH]cn1' InChI=1S/C3H4N2/c1-2-5-3-4-1/h1-3H,(H,4,5) RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N
KIO peptide F4 fragment NCC=O InChI=1S/C2H5NO/c3-1-2-4/h2H,1,3H2 LYIIBVSRGJSHAV-UHFFFAOYSA-N
KIO purine F5 fragment 'c1ncc2[nH]cnc2n1' InChI=1S/C5H4N4/c1-4-5(8-2-6-1)9-3-7-4/h1-3H,(H,6,7,8,9) KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N
KIO pyrimidine F6 fragment c1cncnc1 InChI=1S/C4H4N2/c1-2-5-4-6-3-1/h1-4H CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N
KIO Z1362754425 F7 fragment Cc1nccn1CC(C)O InChI=1S/C7H12N2O/c1-6(10)5-9-4-3-8-7(9)2/h3-4,6,10H,5H2,1-2H3 VUFBCWUJICCKDU-UHFFFAOYSA-N
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.atom_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_ordinal
KIO N1 S1 1
KIO C7 S1 1
KIO C8 S1 1
KIO N2 S1 1
KIO C9 S1 1
KIO O1 S1 1
KIO C1 S1 1
KIO C5 S1 1
KIO C6 S1 1
KIO N3 S1 1
KIO C4 S1 1
KIO C3 S1 1
KIO O3 S1 1
KIO C2 S1 1
KIO N4 S1 1
KIO C S1 1
KIO O S1 1
KIO C10 S1 1
KIO C11 S1 1
KIO C12 S1 1
KIO C13 S1 1
KIO C14 S1 1
KIO C15 S1 1
KIO C16 S1 1
KIO C17 S1 1
KIO C18 S1 1
KIO C19 S1 1
KIO C20 S1 1
KIO C21 S1 1
KIO C22 S1 1
KIO C23 S1 1
KIO C24 S1 1
KIO C25 S1 1
KIO C26 S1 1
KIO N10 S1 1
KIO N11 S1 1
KIO N12 S1 1
KIO N5 S1 1
KIO N6 S1 1
KIO N8 S1 1
KIO N9 S1 1
KIO O2 S1 1
KIO N1 F1 1
KIO C F1 1
KIO C3 F1 1
KIO C2 F1 1
KIO N2 F1 1
KIO C1 F1 1
KIO N4 F1 1
KIO C4 F1 1
KIO N3 F1 1
KIO N F1 1
KIO N8 F1 2
KIO C13 F1 2
KIO C12 F1 2
KIO C15 F1 2
KIO N9 F1 2
KIO C14 F1 2
KIO N10 F1 2
KIO C11 F1 2
KIO N6 F1 2
KIO N7 F1 2
KIO N11 F2 1
KIO C19 F2 1
KIO O2 F2 1
KIO C20 F2 1
KIO N12 F2 2
KIO C21 F2 2
KIO O3 F2 2
KIO C22 F2 2
KIO C3 F3 1
KIO C2 F3 1
KIO N4 F3 1
KIO C4 F3 1
KIO N3 F3 1
KIO C12 F3 2
KIO C15 F3 2
KIO N10 F3 2
KIO C11 F3 2
KIO N6 F3 2
KIO O3 F4 1
KIO C21 F4 1
KIO C22 F4 1
KIO N5 F4 1
KIO O2 F4 2
KIO C19 F4 2
KIO C20 F4 2
KIO N12 F4 2
KIO N3 F5 1
KIO C4 F5 1
KIO N4 F5 1
KIO C2 F5 1
KIO C3 F5 1
KIO C F5 1
KIO N1 F5 1
KIO C1 F5 1
KIO N2 F5 1
KIO N6 F5 2
KIO C11 F5 2
KIO N10 F5 2
KIO C15 F5 2
KIO C12 F5 2
KIO C13 F5 2
KIO N8 F5 2
KIO C14 F5 2
KIO N9 F5 2
KIO C3 F6 1
KIO C F6 1
KIO N1 F6 1
KIO C1 F6 1
KIO N2 F6 1
KIO C2 F6 1
KIO C12 F6 2
KIO C13 F6 2
KIO N8 F6 2
KIO C14 F6 2
KIO N9 F6 2
KIO C15 F6 2
KIO C23 F7 1
KIO C24 F7 1
KIO O5 F7 1
KIO C16 F7 1
KIO N10 F7 1
KIO C15 F7 1
KIO C12 F7 1
KIO N6 F7 1
KIO C11 F7 1
KIO C10 F7 1
#
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.comp_id KIO
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.exactmw 665.242
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.amw 665.628
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.lipinskiHBA 21
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.lipinskiHBD 10
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumRotatableBonds 9
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHBD 8
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHBA 19
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeavyAtoms 48
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAtoms 79
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeteroatoms 21
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAmideBonds 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.FractionCSP3 0.481
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumRings 7
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAromaticRings 4
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAliphaticRings 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSaturatedRings 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeterocycles 7
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAromaticHeterocycles 4
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSaturatedHeterocycles 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAliphaticHeterocycles 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSpiroAtoms 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumBridgeheadAtoms 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAtomStereoCenters 8
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumUnspecifiedAtomStereoCenters 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.labuteASA 313.709
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.tpsa 300.060
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.CrippenClogP -6.704
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.CrippenMR 154.329
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi0v 22.580
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi1v 12.329
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi2v 5.878
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi3v 5.878
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi4v 3.876
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi0n 53.580
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi1n 27.145
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi2n 5.878
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi3n 5.878
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi4n 3.876
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.hallKierAlpha -5.080
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa1 11.808
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa2 12.505
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa3 5.599
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.Phi 3.076
#
loop_
_pdbe_chem_comp_external_mappings.comp_id
_pdbe_chem_comp_external_mappings.source
_pdbe_chem_comp_external_mappings.resource
_pdbe_chem_comp_external_mappings.resource_id
KIO UniChem PDBe KIO
KIO UniChem PubChem 166449936
#
loop_
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.comp_id
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.atom_id
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_x_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_y_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_z_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.rdkit_method
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.rdkit_ordinal
KIO N1 8.872 -0.979 0.099 ETKDGv3 1
KIO C7 0.823 1.954 0.702 ETKDGv3 2
KIO C8 0.270 -0.445 1.052 ETKDGv3 3
KIO N2 7.323 0.747 0.695 ETKDGv3 4
KIO C9 -0.998 -1.116 0.765 ETKDGv3 5
KIO O1 -4.968 0.380 -0.069 ETKDGv3 6
KIO C1 8.564 0.350 0.590 ETKDGv3 7
KIO O5 -4.778 0.780 3.255 ETKDGv3 8
KIO C5 4.252 0.956 1.414 ETKDGv3 9
KIO C6 2.237 2.010 1.354 ETKDGv3 10
KIO N3 5.337 -2.111 -0.249 ETKDGv3 11
KIO C4 4.404 -1.289 0.134 ETKDGv3 12
KIO O4 -3.357 2.651 2.145 ETKDGv3 13
KIO C3 6.533 -1.351 -0.149 ETKDGv3 14
KIO O3 0.932 2.000 -2.764 ETKDGv3 15
KIO C2 6.279 -0.147 0.287 ETKDGv3 16
KIO N4 4.884 0.021 0.480 ETKDGv3 17
KIO N 8.244 -3.120 -0.713 ETKDGv3 18
KIO C 7.925 -1.808 -0.252 ETKDGv3 19
KIO O 2.854 0.746 1.430 ETKDGv3 20
KIO C10 -2.062 -1.639 0.545 ETKDGv3 21
KIO C11 -3.337 -2.259 0.314 ETKDGv3 22
KIO C12 -4.797 -3.724 -0.327 ETKDGv3 23
KIO C13 -5.448 -4.705 -0.950 ETKDGv3 24
KIO C14 -7.529 -3.791 -0.163 ETKDGv3 25
KIO C15 -5.505 -2.735 0.396 ETKDGv3 26
KIO C16 -4.967 -0.361 1.132 ETKDGv3 27
KIO C17 -4.462 1.654 0.249 ETKDGv3 28
KIO C18 -3.866 2.331 -0.998 ETKDGv3 29
KIO C19 -2.342 1.863 -2.957 ETKDGv3 30
KIO C20 -1.525 0.894 -3.759 ETKDGv3 31
KIO C21 0.555 0.884 -2.315 ETKDGv3 32
KIO C22 1.228 0.301 -1.116 ETKDGv3 33
KIO C23 -3.455 1.480 1.375 ETKDGv3 34
KIO C24 -4.035 0.315 2.155 ETKDGv3 35
KIO C25 3.183 2.936 0.608 ETKDGv3 36
KIO C26 4.542 2.409 1.009 ETKDGv3 37
KIO N10 -4.590 -1.754 0.855 ETKDGv3 38
KIO N11 -2.966 1.443 -1.736 ETKDGv3 39
KIO N12 -0.567 0.209 -2.897 ETKDGv3 40
KIO N5 0.452 0.658 0.090 ETKDGv3 41
KIO N6 -3.421 -3.383 -0.348 ETKDGv3 42
KIO N7 -4.768 -5.689 -1.728 ETKDGv3 43
KIO N8 -6.889 -4.724 -0.830 ETKDGv3 44
KIO N9 -6.801 -2.713 0.471 ETKDGv3 45
KIO O2 -2.499 3.040 -3.380 ETKDGv3 46
KIO O6 2.984 4.272 0.995 ETKDGv3 47
KIO O7 5.057 3.111 2.115 ETKDGv3 48
KIO H1 0.707 2.758 -0.058 ETKDGv3 49
KIO H2 0.065 2.205 1.477 ETKDGv3 50
KIO H3 1.098 -1.183 1.001 ETKDGv3 51
KIO H4 0.220 -0.070 2.098 ETKDGv3 52
KIO H5 9.366 1.011 0.887 ETKDGv3 53
KIO H6 -4.983 -0.016 3.813 ETKDGv3 54
KIO H7 4.645 0.748 2.434 ETKDGv3 55
KIO H8 2.118 2.388 2.396 ETKDGv3 56
KIO H9 3.367 -1.584 0.204 ETKDGv3 57
KIO H10 -2.577 2.525 2.746 ETKDGv3 58
KIO H11 7.488 -3.783 -0.995 ETKDGv3 59
KIO H12 9.239 -3.430 -0.777 ETKDGv3 60
KIO H13 -8.607 -3.823 -0.095 ETKDGv3 61
KIO H14 -6.006 -0.354 1.533 ETKDGv3 62
KIO H15 -5.307 2.287 0.609 ETKDGv3 63
KIO H16 -4.700 2.632 -1.668 ETKDGv3 64
KIO H17 -3.318 3.251 -0.697 ETKDGv3 65
KIO H18 -0.987 1.414 -4.582 ETKDGv3 66
KIO H19 -2.210 0.149 -4.215 ETKDGv3 67
KIO H20 2.276 0.658 -1.059 ETKDGv3 68
KIO H21 1.274 -0.802 -1.256 ETKDGv3 69
KIO H22 -2.459 1.208 0.960 ETKDGv3 70
KIO H23 -3.222 -0.352 2.516 ETKDGv3 71
KIO H24 3.051 2.824 -0.494 ETKDGv3 72
KIO H25 5.245 2.472 0.145 ETKDGv3 73
KIO H26 -2.797 0.469 -1.399 ETKDGv3 74
KIO H27 -0.779 -0.771 -2.602 ETKDGv3 75
KIO H29 -3.728 -5.679 -1.825 ETKDGv3 76
KIO H30 -5.311 -6.438 -2.211 ETKDGv3 77
KIO H31 3.496 4.828 0.351 ETKDGv3 78
KIO H32 5.538 3.901 1.755 ETKDGv3 79
#