data_SJT
#
_chem_comp.id SJT
_chem_comp.name 'spliceostatin A (form II)'
_chem_comp.type non-polymer
_chem_comp.pdbx_type HETAIN
_chem_comp.formula 'C28 H45 N O8'
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id ?
_chem_comp.pdbx_synonyms
'[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate'
_chem_comp.pdbx_formal_charge 0
_chem_comp.pdbx_initial_date 2020-11-20
_chem_comp.pdbx_modified_date 2024-09-27
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag N
_chem_comp.pdbx_release_status REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by ?
_chem_comp.pdbx_replaces ?
_chem_comp.formula_weight 523.659
_chem_comp.one_letter_code ?
_chem_comp.three_letter_code SJT
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code 7B0I
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list ?
_chem_comp.pdbx_processing_site PDBE
_chem_comp.pdbx_pcm Y
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
SJT C9 C1 C 0 1 N N N N N N -21.946 36.541 -35.081 -2.452 2.893 0.122 C9 SJT 1
SJT C8 C2 C 0 1 N N R N N N -21.693 35.399 -34.127 -2.266 1.584 -0.649 C8 SJT 2
SJT C5 C3 C 0 1 N N N N N N -28.954 31.116 -35.103 -9.329 -0.491 -0.952 C5 SJT 3
SJT C6 C4 C 0 1 N N N N N N -30.386 30.709 -35.173 -10.012 -1.612 -1.692 C6 SJT 4
SJT C2 C5 C 0 1 N N N N N N -27.031 33.229 -36.086 -7.425 -0.032 2.069 C2 SJT 5
SJT C4 C6 C 0 1 N N N N N N -26.597 31.476 -37.846 -9.397 1.398 1.607 C4 SJT 6
SJT N N1 N 0 1 N N N N N N -23.801 34.341 -34.809 -4.210 0.652 0.509 N SJT 7
SJT C C7 C 0 1 N N N N N N -24.621 33.417 -35.334 -5.517 0.342 0.618 C SJT 8
SJT O O1 O 0 1 N N N N N N -24.238 32.266 -35.600 -6.208 0.261 -0.380 O SJT 9
SJT C1 C8 C 0 1 N N N N N N -25.997 33.896 -35.600 -6.108 0.102 1.943 C1 SJT 10
SJT C10 C9 C 0 1 N N S N N N -21.875 34.888 -31.797 -1.113 -0.517 -0.577 C10 SJT 11
SJT C11 C10 C 0 1 N N S N N N -22.536 33.531 -32.012 -2.422 -1.296 -0.737 C11 SJT 12
SJT C12 C11 C 0 1 N N N N N N -24.040 33.562 -31.748 -3.003 -1.607 0.644 C12 SJT 13
SJT C13 C12 C 0 1 N N N N N N -22.223 33.031 -33.424 -3.419 -0.446 -1.531 C13 SJT 14
SJT C14 C13 C 0 1 N N N N N N -22.263 35.552 -30.479 -0.133 -1.334 0.267 C14 SJT 15
SJT C15 C14 C 0 1 N N N N N N -21.741 34.808 -29.285 1.195 -0.625 0.322 C15 SJT 16
SJT C16 C15 C 0 1 N N N N N N -22.382 34.730 -28.117 2.309 -1.273 -0.003 C16 SJT 17
SJT C17 C16 C 0 1 N N N N N N -23.710 35.381 -27.845 2.250 -2.734 -0.370 C17 SJT 18
SJT C18 C17 C 0 1 N N N N N N -21.769 33.970 -27.043 3.598 -0.565 -0.004 C18 SJT 19
SJT C19 C18 C 0 1 N N N N N N -22.234 33.786 -25.821 4.712 -1.214 -0.329 C19 SJT 20
SJT C20 C19 C 0 1 N N R N N N -21.553 32.987 -24.759 6.033 -0.488 -0.330 C20 SJT 21
SJT C21 C20 C 0 1 N N R N N N -22.273 31.684 -24.412 7.023 -1.231 0.571 C21 SJT 22
SJT C22 C21 C 0 1 N N S N N N -21.562 30.927 -23.280 8.344 -0.455 0.612 C22 SJT 23
SJT C23 C22 C 0 1 N N N N N N -22.367 29.726 -22.803 9.314 -1.147 1.572 C23 SJT 24
SJT C24 C23 C 0 1 N N N N N N -21.276 31.897 -22.127 8.071 0.971 1.099 C24 SJT 25
SJT C25 C24 C 0 1 N N S N N N -20.541 33.154 -22.578 7.040 1.628 0.178 C25 SJT 26
SJT C26 C25 C 0 1 N N N N N N -20.355 34.162 -21.473 6.717 3.032 0.693 C26 SJT 27
SJT C27 C26 C 0 1 N N N N N N -18.371 33.727 -23.460 6.683 2.318 -2.089 C27 SJT 28
SJT C3 C27 C 0 1 N N S N N N -27.051 31.773 -36.436 -8.342 0.479 0.988 C3 SJT 29
SJT C7 C28 C 0 1 N N R N N N -22.394 34.096 -34.510 -3.621 0.891 -0.811 C7 SJT 30
SJT O1 O2 O 0 1 N N N N N N -28.451 31.331 -36.337 -8.998 -0.643 0.340 O1 SJT 31
SJT O2 O3 O 0 1 N N N N N N -28.311 31.243 -34.102 -9.078 0.544 -1.522 O2 SJT 32
SJT O3 O4 O 0 1 N N N N N N -22.229 35.796 -32.850 -1.377 0.729 0.071 O3 SJT 33
SJT O4 O5 O 0 1 N N N N N N -22.390 30.870 -25.571 7.255 -2.541 0.049 O4 SJT 34
SJT O5 O6 O 0 1 N N N N N N -20.308 30.450 -23.803 8.915 -0.414 -0.697 O5 SJT 35
SJT O6 O7 O 0 1 N N N N N N -21.367 33.784 -23.572 5.847 0.840 0.161 O6 SJT 36
SJT O7 O8 O 0 1 N N N N N N -19.333 32.713 -23.151 7.571 1.717 -1.145 O7 SJT 37
SJT H1 H1 H 0 1 N N N N N N -21.408 37.436 -34.734 -1.487 3.386 0.238 H1 SJT 38
SJT H2 H2 H 0 1 N N N N N N -21.590 36.266 -36.085 -3.130 3.546 -0.428 H2 SJT 39
SJT H3 H3 H 0 1 N N N N N N -23.024 36.754 -35.120 -2.871 2.679 1.105 H3 SJT 40
SJT H4 H4 H 0 1 N N N N N N -20.611 35.219 -34.050 -1.847 1.799 -1.633 H4 SJT 41
SJT H5 H5 H 0 1 N N N N N N -30.770 30.540 -34.156 -10.200 -1.307 -2.721 H5 SJT 42
SJT H6 H6 H 0 1 N N N N N N -30.970 31.505 -35.658 -9.373 -2.495 -1.685 H6 SJT 43
SJT H7 H7 H 0 1 N N N N N N -30.475 29.781 -35.757 -10.958 -1.846 -1.203 H7 SJT 44
SJT H8 H8 H 0 1 N N N N N N -27.943 33.785 -36.245 -7.838 -0.508 2.947 H8 SJT 45
SJT H9 H9 H 0 1 N N N N N N -25.550 31.791 -37.969 -10.060 1.768 0.825 H9 SJT 46
SJT H10 H10 H 0 1 N N N N N N -26.680 30.396 -38.038 -9.977 0.842 2.343 H10 SJT 47
SJT H11 H11 H 0 1 N N N N N N -27.231 32.025 -38.558 -8.904 2.240 2.094 H11 SJT 48
SJT H12 H12 H 0 1 N N N N N N -24.175 35.247 -34.612 -3.659 0.716 1.304 H12 SJT 49
SJT H13 H13 H 0 1 N N N N N N -26.182 34.934 -35.365 -5.472 0.036 2.814 H13 SJT 50
SJT H14 H14 H 0 1 N N N N N N -20.785 34.740 -31.797 -0.679 -0.331 -1.560 H14 SJT 51
SJT H15 H15 H 0 1 N N N N N N -22.086 32.823 -31.300 -2.230 -2.227 -1.269 H15 SJT 52
SJT H16 H16 H 0 1 N N N N N N -24.226 33.925 -30.727 -2.968 -0.711 1.264 H16 SJT 53
SJT H17 H17 H 0 1 N N N N N N -24.525 34.235 -32.471 -4.037 -1.935 0.538 H17 SJT 54
SJT H18 H18 H 0 1 N N N N N N -24.452 32.548 -31.857 -2.418 -2.397 1.115 H18 SJT 55
SJT H19 H19 H 0 1 N N N N N N -22.897 32.192 -33.652 -3.027 -0.266 -2.532 H19 SJT 56
SJT H20 H20 H 0 1 N N N N N N -21.181 32.680 -33.444 -4.371 -0.972 -1.602 H20 SJT 57
SJT H21 H21 H 0 1 N N N N N N -21.854 36.573 -30.465 -0.528 -1.445 1.277 H21 SJT 58
SJT H22 H22 H 0 1 N N N N N N -23.360 35.595 -30.416 -0.001 -2.319 -0.181 H22 SJT 59
SJT H23 H23 H 0 1 N N N N N N -20.789 34.305 -29.376 1.242 0.411 0.625 H23 SJT 60
SJT H24 H24 H 0 1 N N N N N N -24.020 35.166 -26.812 1.999 -2.833 -1.426 H24 SJT 61
SJT H25 H25 H 0 1 N N N N N N -23.620 36.469 -27.982 3.220 -3.194 -0.182 H25 SJT 62
SJT H26 H26 H 0 1 N N N N N N -24.462 34.985 -28.543 1.489 -3.230 0.233 H26 SJT 63
SJT H27 H27 H 0 1 N N N N N N -20.823 33.501 -27.270 3.640 0.481 0.259 H27 SJT 64
SJT H28 H28 H 0 1 N N N N N N -23.178 34.248 -25.571 4.670 -2.260 -0.592 H28 SJT 65
SJT H29 H29 H 0 1 N N N N N N -20.559 32.712 -25.142 6.425 -0.449 -1.346 H29 SJT 66
SJT H30 H30 H 0 1 N N N N N N -23.280 31.945 -24.055 6.614 -1.306 1.578 H30 SJT 67
SJT H31 H31 H 0 1 N N N N N N -21.822 29.216 -21.995 9.501 -2.165 1.228 H31 SJT 68
SJT H32 H32 H 0 1 N N N N N N -23.344 30.065 -22.429 10.253 -0.595 1.600 H32 SJT 69
SJT H33 H33 H 0 1 N N N N N N -22.517 29.029 -23.641 8.878 -1.176 2.571 H33 SJT 70
SJT H34 H34 H 0 1 N N N N N N -22.233 32.194 -21.672 7.682 0.940 2.117 H34 SJT 71
SJT H35 H35 H 0 1 N N N N N N -20.659 31.379 -21.378 8.997 1.546 1.080 H35 SJT 72
SJT H36 H36 H 0 1 N N N N N N -19.726 33.728 -20.682 7.626 3.632 0.707 H36 SJT 73
SJT H37 H37 H 0 1 N N N N N N -19.867 35.062 -21.876 5.982 3.500 0.037 H37 SJT 74
SJT H38 H38 H 0 1 N N N N N N -21.336 34.433 -21.055 6.311 2.964 1.703 H38 SJT 75
SJT H39 H39 H 0 1 N N N N N N -17.476 33.262 -23.899 7.160 2.348 -3.069 H39 SJT 76
SJT H40 H40 H 0 1 N N N N N N -18.805 34.438 -24.179 5.765 1.733 -2.150 H40 SJT 77
SJT H41 H41 H 0 1 N N N N N N -18.092 34.261 -22.539 6.446 3.333 -1.769 H41 SJT 78
SJT H42 H42 H 0 1 N N N N N N -26.428 31.212 -35.724 -7.761 1.035 0.252 H42 SJT 79
SJT H43 H43 H 0 1 N N N N N N -21.909 33.717 -35.421 -4.287 1.524 -1.398 H43 SJT 80
SJT H44 H44 H 0 1 N N N N N N -22.838 30.063 -25.348 6.459 -3.087 -0.010 H44 SJT 81
SJT H45 H45 H 0 1 N N N N N N -19.842 29.975 -23.125 9.108 -1.285 -1.070 H45 SJT 82
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
SJT C4 C3 SING N N 1
SJT C3 O1 SING N N 2
SJT C3 C2 SING N N 3
SJT O1 C5 SING N N 4
SJT C2 C1 DOUB N Z 5
SJT C1 C SING N N 6
SJT O C DOUB N N 7
SJT C N SING N N 8
SJT C6 C5 SING N N 9
SJT C5 O2 DOUB N N 10
SJT C9 C8 SING N N 11
SJT N C7 SING N N 12
SJT C7 C8 SING N N 13
SJT C7 C13 SING N N 14
SJT C8 O3 SING N N 15
SJT C13 C11 SING N N 16
SJT O3 C10 SING N N 17
SJT C11 C10 SING N N 18
SJT C11 C12 SING N N 19
SJT C10 C14 SING N N 20
SJT C14 C15 SING N N 21
SJT C15 C16 DOUB N E 22
SJT C16 C17 SING N N 23
SJT C16 C18 SING N N 24
SJT C18 C19 DOUB N E 25
SJT C19 C20 SING N N 26
SJT O4 C21 SING N N 27
SJT C20 C21 SING N N 28
SJT C20 O6 SING N N 29
SJT C21 C22 SING N N 30
SJT O5 C22 SING N N 31
SJT O6 C25 SING N N 32
SJT C27 O7 SING N N 33
SJT C22 C23 SING N N 34
SJT C22 C24 SING N N 35
SJT O7 C25 SING N N 36
SJT C25 C24 SING N N 37
SJT C25 C26 SING N N 38
SJT C9 H1 SING N N 39
SJT C9 H2 SING N N 40
SJT C9 H3 SING N N 41
SJT C8 H4 SING N N 42
SJT C6 H5 SING N N 43
SJT C6 H6 SING N N 44
SJT C6 H7 SING N N 45
SJT C2 H8 SING N N 46
SJT C4 H9 SING N N 47
SJT C4 H10 SING N N 48
SJT C4 H11 SING N N 49
SJT N H12 SING N N 50
SJT C1 H13 SING N N 51
SJT C10 H14 SING N N 52
SJT C11 H15 SING N N 53
SJT C12 H16 SING N N 54
SJT C12 H17 SING N N 55
SJT C12 H18 SING N N 56
SJT C13 H19 SING N N 57
SJT C13 H20 SING N N 58
SJT C14 H21 SING N N 59
SJT C14 H22 SING N N 60
SJT C15 H23 SING N N 61
SJT C17 H24 SING N N 62
SJT C17 H25 SING N N 63
SJT C17 H26 SING N N 64
SJT C18 H27 SING N N 65
SJT C19 H28 SING N N 66
SJT C20 H29 SING N N 67
SJT C21 H30 SING N N 68
SJT C23 H31 SING N N 69
SJT C23 H32 SING N N 70
SJT C23 H33 SING N N 71
SJT C24 H34 SING N N 72
SJT C24 H35 SING N N 73
SJT C26 H36 SING N N 74
SJT C26 H37 SING N N 75
SJT C26 H38 SING N N 76
SJT C27 H39 SING N N 77
SJT C27 H40 SING N N 78
SJT C27 H41 SING N N 79
SJT C3 H42 SING N N 80
SJT C7 H43 SING N N 81
SJT O4 H44 SING N N 82
SJT O5 H45 SING N N 83
#
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
SJT InChI InChI 1.03 'InChI=1S/C28H45NO8/c1-17(10-13-24-26(32)27(6,33)16-28(7,34-8)37-24)9-12-23-18(2)15-22(20(4)36-23)29-25(31)14-11-19(3)35-21(5)30/h9-11,13-14,18-20,22-24,26,32-33H,12,15-16H2,1-8H3,(H,29,31)/b13-10+,14-11-,17-9+/t18-,19-,20+,22+,23-,24+,26+,27-,28-/m0/s1'
SJT InChIKey InChI 1.03 KFBJURVXOOMXKK-GSHHMAPISA-N
SJT SMILES_CANONICAL CACTVS 3.385 'CO[C@]1(C)C[C@](C)(O)[C@H](O)[C@H](O1)/C=C/C(C)=C/C[C@@H]2O[C@H](C)[C@@H](C[C@@H]2C)NC(=O)\C=C/[C@H](C)OC(C)=O'
SJT SMILES CACTVS 3.385 'CO[C]1(C)C[C](C)(O)[CH](O)[CH](O1)C=CC(C)=CC[CH]2O[CH](C)[CH](C[CH]2C)NC(=O)C=C[CH](C)OC(C)=O'
SJT SMILES_CANONICAL 'OpenEye OEToolkits' 2.0.7 'C[C@H]1C[C@H]([C@H](O[C@H]1C/C=C(\C)/C=C/[C@@H]2[C@H]([C@@](C[C@@](O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)/C=C\[C@H](C)OC(=O)C'
SJT SMILES 'OpenEye OEToolkits' 2.0.7 'CC1CC(C(OC1CC=C(C)C=CC2C(C(CC(O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)C=CC(C)OC(=O)C'
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id SJT
_pdbx_chem_comp_identifier.type 'SYSTEMATIC NAME'
_pdbx_chem_comp_identifier.program 'OpenEye OEToolkits'
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
'[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate'
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id SJT
_pdbx_chem_comp_synonyms.name
'[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate'
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance PDB
_pdbx_chem_comp_synonyms.type ?
#
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
SJT 'Create component' 2020-11-20 PDBE
SJT 'Modify synonyms' 2021-03-13 RCSB
SJT 'Initial release' 2021-08-04 RCSB
SJT 'Modify PCM' 2024-09-27 PDBE
#
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id 1
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id SJT
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id CYS
_pdbx_chem_comp_pcm.type None
_pdbx_chem_comp_pcm.category 'Covalent chemical modification'
_pdbx_chem_comp_pcm.position 'Amino-acid side chain'
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position 'Any position'
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom C23
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom SG
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession ?
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession ?
_pdbx_chem_comp_pcm.first_instance_model_db_code 7B0I
#
_pdbe_chem_comp_synonyms.comp_id SJT
_pdbe_chem_comp_synonyms.name
'[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate'
_pdbe_chem_comp_synonyms.provenance wwPDB
_pdbe_chem_comp_synonyms.type ?
#
loop_
_software.name
_software.version
_software.description
rdkit 2023.03.3 'Core functionality.'
pdbeccdutils 0.8.4 'Wrapper to provide 2D templates and molecular fragments.'
#
loop_
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.atom_id
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.element
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_x
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.model_Cartn_y
_pdbe_chem_comp_atom_depiction.pdbx_ordinal
SJT C9 C 13.392 -3.934 1
SJT C8 C 12.093 -3.184 2
SJT C5 C 4.299 -7.684 3
SJT C6 C 4.299 -6.184 4
SJT C2 C 8.196 -8.434 5
SJT C4 C 6.897 -6.184 6
SJT N N 10.794 -5.434 7
SJT C C 9.495 -6.184 8
SJT O O 8.196 -5.434 9
SJT C1 C 9.495 -7.684 10
SJT C10 C 10.794 -0.934 11
SJT C11 C 9.495 -1.685 12
SJT C12 C 8.196 -0.934 13
SJT C13 C 9.495 -3.184 14
SJT C14 C 10.794 0.566 15
SJT C15 C 12.093 1.315 16
SJT C16 C 12.093 2.816 17
SJT C17 C 10.794 3.566 18
SJT C18 C 13.392 3.566 19
SJT C19 C 13.392 5.066 20
SJT C20 C 14.691 5.816 21
SJT C21 C 14.691 7.316 22
SJT C22 C 15.990 8.066 23
SJT C23 C 15.240 9.364 24
SJT C24 C 17.290 7.316 25
SJT C25 C 17.290 5.816 26
SJT C26 C 18.790 5.816 27
SJT C27 C 17.290 3.217 28
SJT C3 C 6.897 -7.684 29
SJT C7 C 10.794 -3.934 30
SJT O1 O 5.598 -8.434 31
SJT O2 O 3.000 -8.434 32
SJT O3 O 12.093 -1.685 33
SJT O4 O 13.392 8.066 34
SJT O5 O 16.740 9.364 35
SJT O6 O 15.990 5.066 36
SJT O7 O 18.040 4.516 37
#
loop_
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.comp_id
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_1
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.atom_id_2
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.value_order
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.bond_dir
_pdbe_chem_comp_bond_depiction.pdbx_ordinal
SJT C3 C4 SINGLE BEGINWEDGE 1
SJT C3 O1 SINGLE NONE 2
SJT C3 C2 SINGLE ENDUPRIGHT 3
SJT O1 C5 SINGLE NONE 4
SJT C2 C1 DOUBLE NONE 5
SJT C1 C SINGLE ENDDOWNRIGHT 6
SJT O C DOUBLE NONE 7
SJT C N SINGLE NONE 8
SJT C6 C5 SINGLE NONE 9
SJT C5 O2 DOUBLE NONE 10
SJT C8 C9 SINGLE BEGINDASH 11
SJT C7 N SINGLE BEGINDASH 12
SJT C7 C8 SINGLE NONE 13
SJT C7 C13 SINGLE NONE 14
SJT C8 O3 SINGLE NONE 15
SJT C13 C11 SINGLE NONE 16
SJT O3 C10 SINGLE NONE 17
SJT C11 C10 SINGLE NONE 18
SJT C11 C12 SINGLE BEGINDASH 19
SJT C10 C14 SINGLE BEGINDASH 20
SJT C14 C15 SINGLE ENDUPRIGHT 21
SJT C15 C16 DOUBLE NONE 22
SJT C16 C17 SINGLE ENDDOWNRIGHT 23
SJT C16 C18 SINGLE ENDUPRIGHT 24
SJT C18 C19 DOUBLE NONE 25
SJT C20 C19 SINGLE BEGINDASH 26
SJT C21 O4 SINGLE BEGINWEDGE 27
SJT C20 C21 SINGLE NONE 28
SJT C20 O6 SINGLE NONE 29
SJT C21 C22 SINGLE NONE 30
SJT O5 C22 SINGLE NONE 31
SJT O6 C25 SINGLE NONE 32
SJT C27 O7 SINGLE NONE 33
SJT C22 C23 SINGLE BEGINDASH 34
SJT C22 C24 SINGLE NONE 35
SJT O7 C25 SINGLE NONE 36
SJT C25 C24 SINGLE NONE 37
SJT C25 C26 SINGLE BEGINDASH 38
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_name
_pdbe_chem_comp_substructure.id
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_type
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_smiles
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchis
_pdbe_chem_comp_substructure.substructure_inchikeys
SJT MurckoScaffold S1 scaffold 'C(/C=C/[C@@H]1CCCCO1)=C\C[C@H]1CCCCO1' InChI=1S/C15H24O2/c1(2-8-14-10-4-6-12-16-14)3-9-15-11-5-7-13-17-15/h1-3,8,14-15H,4-7,9-13H2/b3-1+,8-2+/t14-,15+/m1/s1 UYNASBQWLAXGIZ-SJHBYQDMSA-N
SJT amide F1 fragment CC(N)=O InChI=1S/C2H5NO/c1-2(3)4/h1H3,(H2,3,4) DLFVBJFMPXGRIB-UHFFFAOYSA-N
SJT pyranose F2 fragment OC1CCCCO1 InChI=1S/C5H10O2/c6-5-3-1-2-4-7-5/h5-6H,1-4H2 CELWCAITJAEQNL-UHFFFAOYSA-N
#
loop_
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.comp_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.atom_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_id
_pdbe_chem_comp_substructure_mapping.substructure_ordinal
SJT C8 S1 1
SJT C10 S1 1
SJT C11 S1 1
SJT C13 S1 1
SJT C14 S1 1
SJT C15 S1 1
SJT C16 S1 1
SJT C18 S1 1
SJT C19 S1 1
SJT C20 S1 1
SJT C21 S1 1
SJT C22 S1 1
SJT C24 S1 1
SJT C25 S1 1
SJT C7 S1 1
SJT O3 S1 1
SJT O6 S1 1
SJT N F1 1
SJT C F1 1
SJT O F1 1
SJT C1 F1 1
SJT C21 F2 1
SJT C20 F2 1
SJT O6 F2 1
SJT C25 F2 1
SJT C24 F2 1
SJT C22 F2 1
SJT O7 F2 1
#
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.comp_id SJT
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.exactmw 523.315
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.amw 523.667
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.lipinskiHBA 9
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.lipinskiHBD 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumRotatableBonds 19
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHBD 3
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHBA 8
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeavyAtoms 37
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAtoms 82
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeteroatoms 9
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAmideBonds 1
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.FractionCSP3 0.714
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumRings 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAromaticRings 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAliphaticRings 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSaturatedRings 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumHeterocycles 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAromaticHeterocycles 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSaturatedHeterocycles 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAliphaticHeterocycles 2
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumSpiroAtoms 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumBridgeheadAtoms 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumAtomStereoCenters 9
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.NumUnspecifiedAtomStereoCenters 0
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.labuteASA 283.883
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.tpsa 123.550
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.CrippenClogP 2.949
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.CrippenMR 139.463
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi0v 17.713
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi1v 8.897
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi2v 3.439
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi3v 3.439
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi4v 2.020
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi0n 62.713
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi1n 31.160
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi2n 3.439
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi3n 3.439
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.chi4n 2.020
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.hallKierAlpha -2.040
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa1 6.151
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa2 13.154
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.kappa3 9.335
_pdbe_chem_comp_rdkit_properties.Phi 2.187
#
_pdbe_chem_comp_external_mappings.comp_id SJT
_pdbe_chem_comp_external_mappings.source UniChem
_pdbe_chem_comp_external_mappings.resource PDBe
_pdbe_chem_comp_external_mappings.resource_id SJT
#
loop_
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.comp_id
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.atom_id
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_x_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_y_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.Cartn_z_rdkit
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.rdkit_method
_pdbe_chem_comp_rdkit_conformer.rdkit_ordinal
SJT C9 4.430 -0.704 3.535 ETKDGv3 1
SJT C8 3.346 -1.082 2.522 ETKDGv3 2
SJT C5 10.538 -0.763 -3.116 ETKDGv3 3
SJT C6 11.609 -0.225 -4.003 ETKDGv3 4
SJT C2 8.094 0.900 -0.866 ETKDGv3 5
SJT C4 9.481 -1.048 -0.155 ETKDGv3 6
SJT N 4.828 -0.070 0.785 ETKDGv3 7
SJT C 6.030 -0.261 0.024 ETKDGv3 8
SJT O 6.326 -1.411 -0.396 ETKDGv3 9
SJT C1 6.891 0.910 -0.265 ETKDGv3 10
SJT C10 1.099 -0.634 1.967 ETKDGv3 11
SJT C11 1.392 -1.516 0.690 ETKDGv3 12
SJT C12 0.268 -1.577 -0.357 ETKDGv3 13
SJT C13 2.718 -1.083 0.048 ETKDGv3 14
SJT C14 0.215 0.605 1.686 ETKDGv3 15
SJT C15 -1.259 0.281 1.623 ETKDGv3 16
SJT C16 -2.196 1.152 1.202 ETKDGv3 17
SJT C17 -1.833 2.552 0.761 ETKDGv3 18
SJT C18 -3.600 0.676 1.115 ETKDGv3 19
SJT C19 -4.522 1.246 0.328 ETKDGv3 20
SJT C20 -5.927 0.709 0.239 ETKDGv3 21
SJT C21 -5.982 -0.460 -0.773 ETKDGv3 22
SJT C22 -7.443 -0.943 -1.006 ETKDGv3 23
SJT C23 -7.495 -1.827 -2.266 ETKDGv3 24
SJT C24 -8.374 0.274 -1.217 ETKDGv3 25
SJT C25 -8.145 1.406 -0.183 ETKDGv3 26
SJT C26 -8.965 2.630 -0.650 ETKDGv3 27
SJT C27 -8.435 1.927 2.113 ETKDGv3 28
SJT C3 8.842 -0.319 -1.343 ETKDGv3 29
SJT C7 3.880 -1.156 1.065 ETKDGv3 30
SJT O1 9.863 0.104 -2.249 ETKDGv3 31
SJT O2 10.220 -1.980 -3.191 ETKDGv3 32
SJT O3 2.288 -0.148 2.592 ETKDGv3 33
SJT O4 -5.193 -1.526 -0.305 ETKDGv3 34
SJT O5 -7.914 -1.736 0.064 ETKDGv3 35
SJT O6 -6.769 1.774 -0.172 ETKDGv3 36
SJT O7 -8.597 0.957 1.095 ETKDGv3 37
SJT H1 4.760 0.347 3.394 ETKDGv3 38
SJT H2 4.027 -0.803 4.566 ETKDGv3 39
SJT H3 5.305 -1.381 3.432 ETKDGv3 40
SJT H4 2.987 -2.093 2.829 ETKDGv3 41
SJT H5 12.415 -0.977 -4.128 ETKDGv3 42
SJT H6 12.043 0.695 -3.558 ETKDGv3 43
SJT H7 11.177 0.020 -4.996 ETKDGv3 44
SJT H8 8.582 1.858 -1.003 ETKDGv3 45
SJT H9 9.985 -1.974 -0.501 ETKDGv3 46
SJT H10 8.718 -1.332 0.598 ETKDGv3 47
SJT H11 10.236 -0.395 0.333 ETKDGv3 48
SJT H12 4.542 0.907 1.028 ETKDGv3 49
SJT H13 6.511 1.876 0.044 ETKDGv3 50
SJT H14 0.572 -1.272 2.712 ETKDGv3 51
SJT H15 1.527 -2.565 1.036 ETKDGv3 52
SJT H16 -0.666 -1.961 0.102 ETKDGv3 53
SJT H17 0.549 -2.280 -1.169 ETKDGv3 54
SJT H18 0.082 -0.584 -0.817 ETKDGv3 55
SJT H19 2.602 -0.044 -0.334 ETKDGv3 56
SJT H20 2.956 -1.734 -0.822 ETKDGv3 57
SJT H21 0.552 1.095 0.748 ETKDGv3 58
SJT H22 0.353 1.338 2.511 ETKDGv3 59
SJT H23 -1.571 -0.715 1.916 ETKDGv3 60
SJT H24 -0.977 2.958 1.338 ETKDGv3 61
SJT H25 -2.679 3.249 0.934 ETKDGv3 62
SJT H26 -1.578 2.547 -0.320 ETKDGv3 63
SJT H27 -3.879 -0.202 1.688 ETKDGv3 64
SJT H28 -4.265 2.093 -0.295 ETKDGv3 65
SJT H29 -6.212 0.363 1.257 ETKDGv3 66
SJT H30 -5.573 -0.072 -1.739 ETKDGv3 67
SJT H31 -8.540 -2.144 -2.470 ETKDGv3 68
SJT H32 -6.883 -2.743 -2.124 ETKDGv3 69
SJT H33 -7.113 -1.282 -3.156 ETKDGv3 70
SJT H34 -9.436 -0.058 -1.181 ETKDGv3 71
SJT H35 -8.190 0.685 -2.236 ETKDGv3 72
SJT H36 -8.714 2.898 -1.699 ETKDGv3 73
SJT H37 -10.053 2.414 -0.586 ETKDGv3 74
SJT H38 -8.739 3.522 -0.029 ETKDGv3 75
SJT H39 -7.475 2.483 2.044 ETKDGv3 76
SJT H40 -9.290 2.635 2.108 ETKDGv3 77
SJT H41 -8.443 1.408 3.093 ETKDGv3 78
SJT H42 8.150 -0.992 -1.892 ETKDGv3 79
SJT H43 4.387 -2.140 0.957 ETKDGv3 80
SJT H44 -4.793 -1.966 -1.099 ETKDGv3 81
SJT H45 -7.658 -1.318 0.923 ETKDGv3 82
#