Ribonuclease HI (M-CSA:163)

Proteins that are close homologues to the M-CSA reference protein and have the same catalytic residues (highlighted in green, below) probably share the same mechanism. Please also check if the homologue shares the same FunTree Structural Cluster and the same Pfam family, as another measure of similarity.

Legend:
Reference Residue Conserved Residue Non Conserved Residue Outside Alignment Reference Residue not in this chain

The residue id shown is the one in the PDB sequence. This may be different from the resid given by the author of the PDB file.

PDB sequences identical to 1rdd

In these PDB chains all the catalytic residues are conserved and have the same numbering as the reference.

1rch(A), 1rnh(A), 2rn2(A), 4z0u(A, B)

PDB sequences homologous to 1rdd

Reference PDB chains/ identical chains Homologous PDB chains Asp10A Glu48A Asp134A Gly11A (main-C) His124A Asp70A
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1wsj(E,C,G,F,D,A,H,B)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 Ala124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1ril(A)
PfamFunTree
Asp14 Glu52 Asp139 Gly15 His129 Asp74
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1kvb(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 His134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rbv(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1goa(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp135 Gly11 His125 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
4ly7(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1law(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1g15(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
3aa2(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rbs(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
3aa4(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rdc(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asn70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2z1g(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2e4l(A)
PfamFunTree
Asp12 Glu50 Asp136 Gly13 His126 Asp72
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1jxb(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2yv0(X)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 His134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2z1h(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rda(A)
PfamFunTree
Asn10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rdb(A)
PfamFunTree
Asp10 Gln48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1kvc(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asn134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1kva(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Ala134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1gob(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2rpi(A)
PfamFunTree
Asp14 Glu31 not aligned Gly15 His108 Asp53
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rbr(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
4ibn(A)
PfamFunTree
Asp22 Ala71 Asn159 Glu23 His149 Asp96
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1wsi(C,B,A,D)
PfamFunTree
1wsg(C,B,A,D)
PfamFunTree
Asp10 Ala48 Asn134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1lav(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2zqb(C,B,A,D)
PfamFunTree
Asp12 Glu50 His136 Gly13 His126 Asp72
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
3aa3(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2qkk(E,W,N,R,F,S,I,A,J,M,B)
PfamFunTree
2qkb(B,A)
PfamFunTree
2qk9(A)
PfamFunTree
Asp13 Glu54 Asp142 Gly14 His132 Asn78
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2z1i(B,A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1wsf(C,B,A,D)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Ala134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rbt(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1wsh(C,B,A,D)
PfamFunTree
1wse(B,A)
PfamFunTree
Asp10 Ala48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rbu(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1f21(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
2z1j(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
3h08(B,A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp135 Gly11 His125 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1jl1(A)
PfamFunTree
Ala10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1goc(A)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp135 Gly11 His125 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
3aa5(X)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp134 Gly11 His124 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
3hyf(A)
PfamFunTree
3qio(A)
PfamFunTree
3qin(A)
PfamFunTree
Asp18 Glu53 Asp138 Gly19 His128 Asp73
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
1jl2(C,B,A,D)
PfamFunTree
Asp10 Glu48 Asp135 Gly11 His125 Asp70
1rdd(A)
PfamFunTree
1rnh(A)
PfamFunTree
2rn2(A)
PfamFunTree
1rch(A)
PfamFunTree
4z0u(B,A)
PfamFunTree
6vrd(A)
PfamFunTree
Asp153 Glu194 Asp282 Gly154 His272 Asn218