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Curso Internacional: Estrategias bioinformáticas para el estudio de enfermedades tropicales desatendidas (ETDs)
Este curso ofrecerá entrenamiento en herramientas y estrategias bioinformáticas para el estudio de enfermedades tropicales desde una perspectiva molecular. Las sesiones cubrirán el análisis de datos provenientes de múltiples repositorios ómicos con información relacionada sobre los patógenos causantes de las enfermedades. El objetivo principal es explorar metodologías para el descubrimiento de blancos moleculares e inhibidores que sirvan para modularlos, usando una perspectiva traslacional de los hallazgos computacionales. Información estructural de las proteínas y redes de interacción proteína-proteína serán cubiertas en detalle, además de otros recursos disponibles en la web.
El curso será transmitido via Zoom. Los participantes deben asegurar que tengán activo y funcionando el sistema de audio para escuchar y hablar durante el evento.
Who is this course for?
El curso está dirigido para académicos de países latinoamericanos, que incluyen estudiantes de posgrados, postdocs e investigadores iniciando su carrera científica. En todos los casos, se prefiere que estén trabajando en metodologías moleculares para el estudio de enfermedades tropicales. Conocimiento en biología molecular es requerido, al igual que estar familiarizados con conceptos básicos en Bioinformática. Esperamos tener alrededor de 30 participantes de diferentes países latinoamericanos.
Se alienta especialmente a participantes de grupos étnicos y de géneros subrepresentados a postularse para este curso.
Tenga en cuenta que este curso se impartirá en español. Sin embargo, algunos de los formadores dominan el inglés y/o el portugués, por lo que se ofrecerá apoyo lingüístico cuando sea posible. Se dará prioridad de asistencia a aquellos que aún no hayan asistido a un evento de CABANA.
What will I learn?
Learning outcomes
Resultados
Luego del curso podrán realizar las siguientes actividades:
- Acceder a repositorios con información de patógenos con el fin de analizar información sobre sus proteínas y las rutas moleculares en las que están involucradas
- Validar potenciales inhibidores y blancos de varias enfermedades con datos disponibles y herramientas de predicción.
- Predecir y analizar propiedades básicas de péptidos antimicrobianos y sus efectos con ciertas enfermedades.
- Construir y analizar interacciones proteína-proteína para estudiar propiedades de potenciales blancos moleculares.
- Aplicar herramientas de bioinformática estructural para predecir interacciones con otras proteínas y moléculas pequeñas.
Course content
Herramientas y recursos
Durante este curso se aprenderá sobre:
- Recursos bioinformáticos y bases de datos sobre patógenos
- Bases de datos sobre blancos moleculares y compuestos
- Herramientas para el estudio de péptidos antimicrobianos
- Análisis de interacción de proteínas
- Simulación de interacciones con docking molecular y herramientas de virtual screening
- Uso de unix y comandos base
Trainers
Rodrigo Ochoa
Max Planck Tandem Group BioTD, Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia Gustavo Sandoval
Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Abraham Espinoza Culupú
Instituto Butantan, Universidad de São Paulo, São Paulo, Brasil Dario Fernandez Do Porto
Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina Pablo Ivan Pereira Ramos
Fundación Oswaldo Cruz - Fiocruz, Salvador, Brasil Adrián Turjanski
Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina Laurent Dardenne
Laboratorio Nacional de Computación Científica (LNCC), Petrópolis, Brasil Marisa Nicolas
Laboratorio Nacional de Computación Científica (LNCC), Petrópolis, Brasil Jeanneth Mosquera
Grupo de Bacteriología y Micobacterias, Corporación para Investigaciones Biológicas CIB, Medellín, Colombia Pablo Smircich
Instituto Clemente Estable y Universidad de la República, Montevideo, Uruguay
Programme
Hora
Tema
Entrenador
Día 1 – Lunes 21, Junio 2021
10:00-11:00
Registro
11:00-11:30
Bienvenida e introducción
11:30-12:30
Enfermedades Tropicales Desatendidas: Retos y Oportunidades en Latinoamérica
Gustavo Sandoval
12:30-13:30
Almuerzo
13:30-15:00
Introducción a la bioinformática de proteínas y estructural
Rodrigo Ochoa
15:00-15:30
Coffee Break
15:30-17:00
Bases de datos de bioactividad: búsqueda de blancos y ligandos
Rodrigo Ochoa
17:00
Fin del día 1
Hora
Tema
Entrenador
Día 2 – Martes 22, Junio 2021
09:00-10:30
Datos ómicos de patógenos: bases de datos y herramientas (teoría)
Jeanneth Mosquera
10:30-11:00
Coffee Break
11:00-12:30
Estrategias para analizar datos de patógenos (práctica)
Jeanneth Mosquera
12:30-13:30
Almuerzo
13:30-15:30
Neglected tropical diseases: protein signatures for major pathogens
Marisa Nicolas
15:30-16:00
Coffee Break
16:00-18:00
Charlas cortas participantes
18:00
Final del día 2
Hora
Tema
Entrenador
Día 3 – Miércoles 23, Junio 2021
09:00-10:30
Proteómica de venenos animales y su potencial uso biotecnológico (teoría)
Gustavo Sandoval
10:30-11:00
Coffee Break
11:00-13:00
Bioinformática y estrategias en peptidómica (teoría)
Abraham Espinoza Culupú
13:00-14:00
Almuerzo
14:00-16:00
Herramientas para la predicción de péptidos antimicrobianos (práctica)
Abraham Espinoza Culupú
16:00-17:00
Coffee Break
17:00-18:00
Modelamiento de péptidos (teoría)
Abraham Espinoza Culupú / Rodrigo Ochoa
18:00
Final del día 3
Hora
Tema
Entrenador
Día 4 – Jueves 24, Junio 2021
09:00-10:30
Base de datos Target Pathogen (teoría)
Dario Fernandez Do Porto
10:30-11:00
Coffee Break
11:00-12:30
Base de datos Target Pathogen (práctica)
Dario Fernandez Do Porto
12:30-13:30
Almuerzo
13:30-15:00
Análisis global de varios tipos de redes (teoría)
Pablo Ramos
15:00-15:30
Coffee Break
15:30-17:00
Construction de redes: ejemplos (práctica)
Pablo Ramos
17:00-19:00
Charlas cortas participantes
19:00
Final del día 4
Hora
Tema
Entrenador
Día 5 – Viernes 25, Junio 2021
09:00-10:30
Modelamiento de proteínas usando diferentes estrategias (práctica)
Dario Fernandez Do Porto
10:30-11:00
Coffee Break
11:00-13:00
Docking Ligando-Proteína (teoría)
Adrian Turjanski
13:00-14:00
Almuerzo
14:00-15:30
DockThor-VS Platform: Receptor-ligand docking and virtual screening
Laurent Dardenne
15:30-16:00
Coffee break
16:00-17:30
Traductomica como herramienta para comprender mecanismos regulatorios
Pablo Smircich
17:30
Retroalimentación y Final del día 5
Para poder ser considerado como asistente al curso, los interesados deben aplicar a través de un formulario online. Aplicaciones incompletas no serán consideradas. Cualquier duda puede ser consultada en el correo.
Tendremos un máximo de 30 participantes en el curso y el registro depende de la selección de participantes luego del proceso de aplicación.
Las aplicaciones cierran el día 23 de mayo a las 23:59 (PET time)
Para registrarse y aplicar al curso acceder al siguiente link.
Preguntas marcadas con * son obligatorias. Aplicaciones incompletas no serán revisadas.
Fechas importantes:
Apertura de aplicaciones: 30 de abril, 2021
Fecha límite de aplicaciones: 23 de mayo, 2021
Notificación de aceptación: 6 de junio, 2021
Max Planck Tandem Group BioTD, Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia
Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú
Instituto Butantan, Universidad de São Paulo, São Paulo, Brasil
Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Fundación Oswaldo Cruz - Fiocruz, Salvador, Brasil
Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina
Laboratorio Nacional de Computación Científica (LNCC), Petrópolis, Brasil
Laboratorio Nacional de Computación Científica (LNCC), Petrópolis, Brasil
Grupo de Bacteriología y Micobacterias, Corporación para Investigaciones Biológicas CIB, Medellín, Colombia
Instituto Clemente Estable y Universidad de la República, Montevideo, Uruguay
Programme
Hora |
Tema |
Entrenador |
Día 1 – Lunes 21, Junio 2021 |
||
10:00-11:00 |
Registro |
|
11:00-11:30 |
Bienvenida e introducción |
|
11:30-12:30 |
Enfermedades Tropicales Desatendidas: Retos y Oportunidades en Latinoamérica |
Gustavo Sandoval |
12:30-13:30 |
Almuerzo |
|
13:30-15:00 |
Introducción a la bioinformática de proteínas y estructural |
Rodrigo Ochoa |
15:00-15:30 |
Coffee Break |
|
15:30-17:00 |
Bases de datos de bioactividad: búsqueda de blancos y ligandos |
Rodrigo Ochoa |
17:00 |
Fin del día 1 |
Hora |
Tema |
Entrenador |
Día 2 – Martes 22, Junio 2021 |
||
09:00-10:30 |
Datos ómicos de patógenos: bases de datos y herramientas (teoría) |
Jeanneth Mosquera |
10:30-11:00 |
Coffee Break |
|
11:00-12:30 |
Estrategias para analizar datos de patógenos (práctica) |
Jeanneth Mosquera |
12:30-13:30 |
Almuerzo |
|
13:30-15:30 |
Neglected tropical diseases: protein signatures for major pathogens |
Marisa Nicolas |
15:30-16:00 |
Coffee Break |
|
16:00-18:00 |
Charlas cortas participantes |
|
18:00 |
Final del día 2 |
Hora |
Tema |
Entrenador |
Día 3 – Miércoles 23, Junio 2021 |
||
09:00-10:30 |
Proteómica de venenos animales y su potencial uso biotecnológico (teoría) |
Gustavo Sandoval |
10:30-11:00 |
Coffee Break |
|
11:00-13:00 |
Bioinformática y estrategias en peptidómica (teoría) |
Abraham Espinoza Culupú |
13:00-14:00 |
Almuerzo |
|
14:00-16:00 |
Herramientas para la predicción de péptidos antimicrobianos (práctica) |
Abraham Espinoza Culupú |
16:00-17:00 |
Coffee Break |
|
17:00-18:00 |
Modelamiento de péptidos (teoría) |
Abraham Espinoza Culupú / Rodrigo Ochoa |
18:00 |
Final del día 3 |
Hora |
Tema |
Entrenador |
Día 4 – Jueves 24, Junio 2021 |
||
09:00-10:30 |
Base de datos Target Pathogen (teoría) |
Dario Fernandez Do Porto |
10:30-11:00 |
Coffee Break |
|
11:00-12:30 |
Base de datos Target Pathogen (práctica) |
Dario Fernandez Do Porto |
12:30-13:30 |
Almuerzo |
|
13:30-15:00 |
Análisis global de varios tipos de redes (teoría) |
Pablo Ramos |
15:00-15:30 |
Coffee Break |
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15:30-17:00 |
Construction de redes: ejemplos (práctica) |
Pablo Ramos |
17:00-19:00 |
Charlas cortas participantes |
|
19:00 |
Final del día 4 |
Hora |
Tema |
Entrenador |
Día 5 – Viernes 25, Junio 2021 |
||
09:00-10:30 |
Modelamiento de proteínas usando diferentes estrategias (práctica) |
Dario Fernandez Do Porto |
10:30-11:00 |
Coffee Break |
|
11:00-13:00 |
Docking Ligando-Proteína (teoría) |
Adrian Turjanski |
13:00-14:00 |
Almuerzo |
|
14:00-15:30 |
DockThor-VS Platform: Receptor-ligand docking and virtual screening |
Laurent Dardenne |
15:30-16:00 |
Coffee break |
|
16:00-17:30 |
Traductomica como herramienta para comprender mecanismos regulatorios |
Pablo Smircich |
17:30 |
Retroalimentación y Final del día 5 |
Para poder ser considerado como asistente al curso, los interesados deben aplicar a través de un formulario online. Aplicaciones incompletas no serán consideradas. Cualquier duda puede ser consultada en el correo.
Tendremos un máximo de 30 participantes en el curso y el registro depende de la selección de participantes luego del proceso de aplicación.
Las aplicaciones cierran el día 23 de mayo a las 23:59 (PET time)
Para registrarse y aplicar al curso acceder al siguiente link.
Preguntas marcadas con * son obligatorias. Aplicaciones incompletas no serán revisadas.
Fechas importantes:
Apertura de aplicaciones: 30 de abril, 2021
Fecha límite de aplicaciones: 23 de mayo, 2021
Notificación de aceptación: 6 de junio, 2021